Наред с това Георги Петров получава от цялата страна оплаквания, че при извършени обиски милиционери изземват от домовете на арестуваните лични вещи и покъщнина, преди те да бъдат подведени под съдебна отговорност. На много места се констатира и отнемане на жилища, след което в тях се настаняват „непознати лица“. А съгласно Наредбата-закон, възмущава се Георги Петров, конфискацията може да настъпи едва след постановяването й в присъда. В случай че тя е оправдателна, нито вещите няма да могат да бъдат върнати обратно на пострадалите, нито пък жилищата им — освободени. По-късно Георги Петров пише: „Един вид вършим експроприация на движимата и недвижимата собственост на задържаните лица, и то по един съвършено неразумен начин. Това беше стихия на безначалието и на беззаконието и даваше страшно отражение дори в нашите собствени отечественофронтовски среди.“
В архивите са запазени стотици документи, разкриващи механизма на „изчезване“, който е твърде типичен.
На 9 септември 1944 г. в Търговище е задържан околийският управител на града о. з. капитан Марко Суланов заедно с още 26 души. Те са поставени под арест в училището на с. Въбел, Търговищко, до 1 октомври 1944 г., след което следите им се губят. При направената справка в милицията от съпругата на околийския управител е отговорено, че той е изпратен в Софийския централен затвор при народните представители за разследване. Оттам обаче й заявяват, че такова лице в затвора не е постъпило. По-късно „изчезналият“ Марко Суланов е осъден задочно на смърт от Народния съд. А междувременно неговата съпруга заедно с двете си деца е изгонена от къщата й, без да й бъде позволено да вземе вещите си. В дома се настанява семейството на Найден Младенов — партизанин, по занятие каменар.
В доклад до МВР от декември 1944 г. новият околийски управител на Търговище потвърждава, че същите 26 лица са отведени с камион и оттогава са в „неизвестност“. Но на близките им е казано, че са изпратени за съдене в София.
По същата схема на съпругата на свещеника Йордан Камберов от с. Поибрене — Панагюрско, народният обвинител в Новоселци, Софийско, съобщава, че той не е привлечен да отговаря по Наредбата-закон за Народния съд.
Сведение за изчезналия си съпруг от НК на ОФ и министъра на вътрешните работи иска и Иванка Христова от с. Брестово, Ловешко. Той е „задигнат“ по нейните думи на 5 октомври 1944 г. от непознати лица с камион заедно с още пет души и откарани в неизвестна посока.
По нареждане на министъра на правосъдието д-р Минчо Нейчев Георги Петров обикаля всички области в страната с цел да ускори предварителната подготовка на Народния съд. Наред с това той посещава Дирекцията на народната милиция, местните милиционерски участъци и Софийския централен затвор. Главният народен обвинител установява, че и тук има нарушения на определения ред. „Задържаните лица — пише той до ЦК на БРП (к), — между които имаше и невинни, задържани по лично донесение и за лична мъст, се държаха с месеци без завивки (черги и одеяла) и без бельо за преобличане... В резултат на това хората бяха въшлясали и имаше голяма опасност да се появи някоя инфекциозна болест, която би застрашила и софийските граждани. Появила се бе и краста.“ Георги Петров има и точни сведения, че някои от народните обвинители, бивши следователи, инквизират арестуваните и проявяват към тях излишна бруталност. Воден от разбирането, че отговорността за всичко това, вършено в името на Народния съд, пада върху него като главен обвинител, той се опитва да вземе някои мерки. Но интервенцията на Георги Петров пред ръководството на милицията да се поправят извършените „нередности“ се смята за проявена „мекота“ и се посреща с неприязън. „Очевидно — отбелязва той — ни делеше нещо съществено в нашите разбирания по някои тактически въпроси на времето.“
Георги Петров споделя становището на Комунистическата партия, че Народният съд е продължение на чистката, но държи тя да става в рамките на закона. Затова той се обръща с писма до Дирекцията на народната милиция в София с копие до областните и околийските директори, милиционерски началници, кметове и комитетите на ОФ, в което предупреждава:
Да се разбере, че когато апаратът на народното обвинителство е вече в действие, Народната милиция остава един помощен и крайно полезен орган на народната обвинителска власт.
— Да престанат всякакви ексцесии, грабежи, бруталност и беззакония, за да се запази престижът на органите на Народния съд.
— Задължава ръководните органи на Народната милиция да организират служба за даване сведения на заинтересуваните близки — къде се намират задържаните лица, да се приемат необходимите им дрехи и храна.
Конфликтът с Дамян Велчев
На 25 октомври 1944 г. завеждащият Военния отдел на ЦК на БРП (к) полк. Георги Дамянов докладва пред Политбюро и членовете на контролната комисия за положението във войската. Той изнася данни, че от общо три хиляди действащи офицери, без запасните, досега са арестувани 151, а уволнени — 289. Отделно от тях в първите дни след 9 септември 1944 г. са задържани 350 офицери. На подготовка във Военното училище са изпратени 2000 ремсисти. Секретарят на РМС Титко Черноколев докладва, че към неговите централен, областен и околийски комитети има създадени военни отдели, които подпомагат чистката във войската. Политбюро обаче констатира, че тя съвсем не е задоволителна, и решава срокът й да бъде удължен до 15 ноември 1944 г.
В резултат последва нова вълна от масови репресии, засягащи кадровия потенциал на войската.
За „партийната чистка“ на 7 ноември 1944 г. полк. Георги Дамянов изпраща подробен доклад на Георги Димитров в Москва. Според него са арестувани 17 генерали, 45 полковници, 45 подполковници, 38 майори, 123 капитани, 204 поручици, 234 подпоручици и 40 офицерски кандидати — общо 746. С тях се води следствие и се готвят за Народния съд. Търсят се да бъдат задържани още 687 офицери, една част от които се укриват, други са на фронта, а трети „не ги дават началниците им“. „Още трябва да бъдат изгонени от войската — пише Георги Дамянов — 1650 офицери.“ Офицерски чин са получили 720 души партизани, повечето без военна подготовка и средно образование. А на 18 септември 1944 г. правителството е утвърдило заповедта на Главния щаб на НОВА за произвеждане в чин генерал-майор на „народните борци“: Тодор Тошев — о. з. майор, Петър Илиев — капитан, Владимир Стойчев — подполковник, Крум Лекарски — о. з. майор, Стоян Трендафилов — о. з. майор, Кирил Станчев — о. з. майор, Димитър Попов — капитан, и Димитър Томов — капитан. Те са главните действащи фигури в завземането на военното министерство и стратегическите пунктове на столицата през нощта на 8 срещу 9 септември 1944 г. По онова време посочените лица са членове на Военния съюз и политическия кръг „Звено“.
На 13 ноември 1944 г. министър-председателят Кимон Георгиев и министърът на войната Дамян Велчев се срещат с политическия секретар на ЦК на БРП (к) Трайчо Костов. Пред него те изказват остро недоволство от продължаващите на места „своеволни арести“, обиски и конфискации. Те подхвърлят „опасната“ според Трайчо Костов мисъл, че „ако милицията не е в състояние да се справи, да й се даде в помощ войската“. В случая неговото безпокойство идва от това, че в действителност войсковите части ще бъдат изпратени да контролират действията на органите на милицията и да предотвратяват незаконните арести. Затова Трайчо Костов отхвърля тяхното предложение, като им обяснява, че линията на партията е „за решителна борба против своеволията. Но настроенията на масите са олевели и стихията не може изведнъж да се овладее“. Обаче Трайчо Костов и дума не споменава за решението на Политбюро да се удължи срокът на чистката.
Но военният министър Дамян Велчев няма намерение да бъде страничен наблюдател. При това на 14 ноември 1944 г. е произведен в чин генерал-лейтенант, С окръжно от 18 ноември 1944 г. до гарнизонните и войсковите поделения той нарежда да не се допуска арестуването на военни, които са на фронта или са се завърнали от него. На 23 ноември 1944 г. Министерският съвет одобрява постановление № 4, внесено от военния министър. На заседанието не присъстват министрите на БРП (к). Според Никола Петков то е било подкрепено, за „да се вслушаме в съвета, даден на делегацията по примирието в Москва от министъра на външните работи В. Молотов, да се пазят офицерските кадри, понеже много трудно се създават“.
Съгласно постановление № 4 всички офицери, подофицери и войници от действащата войска и запасни, които са извършили или се уличават в извършване на престъпления по Наредбата-закон за Народния съд, ако изявят желание, могат да бъдат изпратени на фронта. Проявилите се да бъдат третирани по следния начин: ранените или наградените с орден за храброст се считат за напълно невиновни и се освобождават от
