Смоленском положение изменилось в пользу поляков. Смоленск был взят приступом. Сигизмунд оставил в городе гарнизон под начальством коменданта Якуба Потоцкого, и с войсками ушел в Польшу. Был созван Сейм и в торжественной обстановке королю были представлены знатные московские пленные, в числе которых были бывший царь Василий Шуйский, его брат, защитник Смоленска, воевода Шеин и великое посольство, во главе с Филаретом. Сеймом было принято решение послать в Москву помощь гранизону под начальством гетмана Ходкевича. Организация отправки войск была поручена коменданту Смоленска Потоцкому. Ходкевичу было дано 3 000 пехоты и потом присоединены были 1 500 всадников. С этими войсками Ходкевич двинулся к Москве. Движение его сопровождалось все время стычками с «шиши», или русскими партизанами. В начале октября Ходкевич приблизился к Москве и выслал отряд запорожских казаков с извещением осажденных о своем походе. Отряд этот попал в засаду «шиши» и весь был уничтожен, спасся один их атаман Ван-сович. 4 октября Ходкевич приблизится к Москве и 12 двинулся на ступ позиции казаков. Приступ казаками был отбит и Ходкевич отошел с войсками в Красное Село. Не имея возможности прорвать линию обороны казаков, Ходкевич ограничивался отдельными стычками. Но положение казаков после его подхода к Москве осложнилось, и казаки из осаждавших превратились в осажденных. «И бысть в русском стане глад велик, свинцу и пороху недостаток». Трубецкой и Заруцкий писали в Обитель, чтобы слали свинец и порох, и слали грамоты с призывом людей на помощь. После того, как патриарх Гермоген был посажен под стражу поляками, роль призыва к борьбе русското народа против поляков перешла к Троицко-Сергиевской лагре. Архимандрит Дионисий с келарем Авраамием Палицыным с Собором рассылали грамоты по всей стране и казакам послали на помощь пеших слуг, свинец и порох (Авраамий Палицьгн. «Сказание об осаде Троицко-Сергиевской Лавры»), На разосланные грамоты и призыв стали собираться ополчении разных городов, и одним из более значительных оказалось нижегородское.
В это время в Пскове появился третий Лжедимитрий, и часть холопей казаков, стоявших под Москвой, целовала ему крест. Лавра отвергла это целование, однако это событие произвело резкий раскол среди казаков. Донские казаки поднялись против «голытьбы», возглавлявшейся Заруцким и совершенно отделились от них.
В течение месяца Ходкевич оставался в Красном Селе, тревожимый все время партизанами и имея стычки с казаками. Не имея возможности изменить участь осажденных, гетман отправился с войсками к Рогачеву и остановился у Волоколамска, предоставив осажденных своей участи. Продолжавшаяся осада Москвы истощила казаков материально: они были босы и наги, испытывали недостаток в военных припасах, и к весне ожидался поход к Москве Ходкевича, усиленного литовскими войсками. Руководители ополчении Нижнего города Пожарский и Минин, не торопились двигаться к Москве. Вначале поджидали подхода ополчении казанцев, но не дождавшись, перешли в Ярославль и оставались в нем. Пожарский решительно уклонился от соединении с казаками и целью его было избрание царя без участия казаков. Из Ярославля Минин и Пожарский рассылали грамоты с призывом выборных людей от городов для избрания законного государя. Вместе с тем, он вел переписку через Новгород с шведским королем, прося его отпустить наследного принца на московский престол, и в то же время вел переписку и с австрийским императором, прося его сына на московское царство. Пожарский, как и многие представители московского боярства, был сторонником иноземного кандидата на московский престол. По заявлению псковского летописца: «Народи же не восхотеша тому быти». В народе, и главным образом среди казаков, избрание царем иноземного происхождения было неприемлемо. Среди казаков давно уже называлось имя «ближайшего братенича блаженнаго государя Федора Иоанновича, сына Федора Никитича Романова — Михаила». В этом отношении Пожарский и казачий стан были непримиримы. Примирение между казаками и лагерем Пожарского взяла на себя Сергиевская лавра. Чтобы принудить Пожарского идти с ополчением к Москве, Дионисий и Авраамий послали к нему послов с нареканием, что если Ходкевич раньше вашего «к Москве придет, то всуе труд будет и тще ваше собрание». Пожарский «старцев в Обитель отправил и косно и медленно о шествии помышлял, некоих ради междуусобных и смутных словес в Ярославле стояше и войско учреждаше». После чего Авраамий, с благословения архимандрита и братии, 28 июля выехал в Ярославль.
По приезде в Ярославль он увидел там «мятежников и ласкателей и трапезолюбителей и воздвижущих гнев велик и свары между собой, воевод и во всем воинстве». Авраамий убедил Пожарского и Минина поспешить идти к Москве, и они послали прежде себя в направлении Москвы Лопату и Сампсонова с дворянами и детьми боярскими, стрельцов и казаков, которых, по утверждению проф. Локоть, в ополчении Пожарского, «был значительный отряд, и всяких: служилых людей множество». (Авраамий Палицын, гл. 75, стр. 255). После чего двинулись к Москве Пожарский и Минин.
Движение ополчения к Москве произвело окончательный раскол среди казачьего стана. Пожарский, подойдя к Москве, решил стать отдельным от казаков станом. В стан казаков он послал своих послов, Кондырева и Беличева, которые стали склонять казаков на сторону Пожарского. Заруцкий приказал убить их. В стане произошел раскол — «стала рознь» и 17 июля Заруцкий с «воровским людом» принужден был бежать от Москвы в Коломну. Под Москвой с этого времени остались только казаки, составлявшие Войско Донское. Возглавителем их остался князь Трубецкой и при нем атаманы, среди которых более значительную роль играл Межаков. Спустя некоторое время к Москве подошел Ходкевич, в отряде которого было 4 000 днепровских казаков с гетманом Ширяем. За Ходкевичем в несколько сот возов шел обоз с набранным имуществом для гарнизона Москвы. Он должен был во что бы то ни стало прорваться в Москву и доставить продукты осажденным. Ополчение Пожарского занимало позиции у Новодевичьего монастыря. Казаки занимали Замоскворечье, хорошо укрепленное, где пришлось выдержать последний натиск поляков. Первый удар Ходкевич направил против ополчения Пожарского. Бой продолжался целый день, атаки везде были отбиты, но ополчение было потеснено и настолько обессилено, что, как говорит летописец, у воинов руки опустились и о дальнейшем сопротивлении уже не приходилось думать. К концу боя, когда ополчение выдерживало последний натиск поляков, казаки, во-иреки решению Трубецкого, двинулись на помощь русским. «В седьмой час битвы, ополчение патриотов было утомлено; князь Пожарский для поддержания пехоты принужден был спешить конницу, и просил о помощи князя Трубецкого, но он стоял и с места не трогался. Донской атаман Межаков, по убеждению присланного от Пожарского, видя, что поляки превозмогают, сказал Трубецкому: „От вашей не любви московскому государству пагуба становится!“ Крикнул своим войскам „на коней“ и под начальством походных атаманов Коломны — Романова и Козлова быстро напал на утружденного неприятеля, который в сей кровопролитной битве потерпел великий урон, и в беспорядке отступил к Поклонной горе». (Броневский. «История Донского войска и описание донской земли». Том 1, стр. 100.)
23 августа прошло без боя. 24 августа гетман решил идти на пролом. Пожарский стоял у Ильи Обыденного, Трубецкой — у Лужников. Гетман двинулся с возами и обозами. Левой стороной командовал caм Ходкевич, в середине шел с конницей Зборовский, е пехотою Неверский и Граевский, направо был Концепольский и 4 000 запорожцев с гетманом Ширяем.
Удар на этот раз был направлен против казаков. Казаки занимали устроенные ими рвы. Запорожцы первым натиском потеснили донских казаков и заняли рвы. Войско Ходкевича достигло острожка св. Климента и заняло его, куда и ввезли часть запасов. Донские казаки быстро оправились, бросились в атаку, заняли острожек и захватили запасы.
Но тут же казаки стали кричать: «Что же это мы бьемся, а дворяне только стоят да смотрят, и нам не помогают!» Об этом донесли Пожарскому, он обратился к Палицыну и заявил ему, что ополчение без казаков драться не в силах и умолял его идти к казакам с просьбой продолжать бой и не отказывать в помощи ополченною. Палицын, несмотря на свой возраст, пошел к казакам к острожку св. Климента, и увидел тут много литовских людей побитых и казаков с оружием стоявших: и стал убеждать их, «что они первые начали доброе дело, стоявшие крепко за веру православную, и раны и глад многие приемше…» и т. д. «Казаки зело умиленные обращением Авраамия Палицына, обещались умереть, и, не победив врагов, не возвращаться на Дон. Казаки все вышли из стана с оружием, приказали звонить и с криками „ясак“, поидоша се в бой…» (Авр., гл. 76). Казаки босые, оборванные, с оружием в руках жестоко напали на войско литовское. «Овии же боси, овии же наги, токмо единое оружие имуще в руках и мечь при бедре своем, побивающе же немилосердно». Бой, по описанию летописца, разыгрался «зело великий и преужасный…» В полдень казаки достигли польский обоз, и отрезали его и захватили 400 возов с запасами. Ходкевич понял, что все проиграно и все пропало. Цель, с которой он пришел, не достигнута. Он приказал спасать остатки
