период немецкой оккупации 125 307 человек погибло в тюрьмах и концлагерях, а 132 000 было угнано в Германию (данные из Сообщения чрезвычайной государственной комиссии о злодеяниях фашистов и их пособников от 29 ноября 1944 года)
Аналогичные военизированные формирования существовали и в Латвии («Айсарги») и в Литве («Железные волки» и «Лесные братья»). Вспомогательные полицейские батальоны были наделены карательными функциями, предназначались, прежде всего, для подавления партизанского движения и действовали совместно с немецкими карателями. С конца лета 1942 года начали формироваться так называемые охранные батальоны (20 единиц, общая численность до 8 тыс. человек), которые несли «охранную службу» (в первую очередь имелась в виду борьба с партизанами) на территории Украины, Белоруссии, Югославии и Италии.
С конца 1942 года в германской армии стала ощущаться острая нехватка живой силы, и одним из источников ее пополнения стала Прибалтика. Первой прибалтийской воинской частью, воевавшей против СССР (в сентябре 1942 года, под Волховом) стал отдельный эстонский батальон. В дальнейшем прибалтийские подразделения воевали против советской армии под Колпино (1943 год), Новгородом, Псковом и на Украине (1944 год)
Понятно, что летом 1944 года, когда советские войска вступили в Прибалтику, у этих людей было два пути: перебираться на Запад или уходить в подполье. Второй вариант означал превращение в обычных уголовников.
Когда советские войска вступили в Прибалтику, то, как фашистские пособники, так и националисты начали активное сопротивление Советской Армии. Для одних это был последний шанс спасти собственную жизнь, а для других — еще одна попытка завоевать независимость для своей родины. Впрочем, разница была в мотивах — но не в поступках…
11 августа 1944 года Лаврентий Берия докладывал в Москву: «Во всех освобожденных уездах (Литовской республики. — Прим. авт.) местная администрация, состоявшая исключительно из литовцев, сбежала. Полицию и карательные органы немцы оставляли на месте, организовывали из них отряды самообороны и предлагали им защищать свой город. Так, например, города Тракай и Паневеж защищали отряды самообороны. После того как Советская Армия входила в город, эти отряды скрывались в лесах»
На ушедших в подполье фашистских карателей советскими органами госбезопасности была объявлена настоящая охота. 29 мая 1945 года Приказом НКГБ №00252 была введена в действие «Инструкция по учету и розыску агентуры разведывательных, контрразведывательных, карательных и полицейских органов воевавших против СССР стран, предателей, пособников, ставленников немецко-фашистских оккупантов»
Впрочем, жесткие меры, не дожидаясь никаких инструкций, начали приниматься сразу же после освобождения Прибалтики от немцев. Об их эффективности можно судить по фрагменту одного из отчетов, согласно которому, в результате оперативно-чекистких мероприятий «с 14 по 20 июля 1944 года НКВД и НКГБ Литовской ССР было арестовано 516 человек, в том числе 51 шпион, 302 активных пособника немецких оккупационных властей, 36 участников подпольных антисоветских националистических организаций и 35 уголовников. На освобожденной территории Латвии в мае-августе 1944 года были арестованы 190 немецких агентов, сотрудников полиции, предателей, изъято 1412 винтовок, 162 автомата, 66 пулеметов, 670 гранат, 43 револьвера. На территории Эстонии, в октябре-декабре того же года, отдел по борьбе с бандитизмом НКВД СССР провел несколько чекистско-войсковых операций, в результате которых были задержаны: 356 повстанцев и 333 бандпособника. А также изъяты: 712 винтовок, 28 автоматов, 45 пулеметов, 32 револьвера и 43 500 патронов»
Еще одна малоизвестная тема — организация борьбы с «лесными братьями». В советской художественно-документальной литературе в роли «ликвидаторов» обычно выступали чекисты, которые внедрялись в банды, вербовали агентуру в городах, командовали отрадами при облавах и т.п. В публикациях современных прибалтийских историков фигурируют воинские подразделения НКВД, которые планомерно уничтожали местных националистов. Как обычно, истина где-то посредине.
Вся тяжесть наведения порядка на освобождаемых территориях легла на спешно создаваемые территориальные аппараты НКВД. Например, в Латвию будущее руководство республиканского комиссариата госбезопасности вошло вместе со штабом Прибалтийского фронта. Красная Армия продолжала наступление, а спешно созданные правоохранительные органы начали борьбу с политическим бандитизмом. Какими «силовыми» и оперативными ресурсами они располагали? Истребительными батальонами — укомплектованными местными жителями (признанными негодными к строевой службе), лояльно относящимися к советской власти. Их называли «отрядами самообороны», так как они базировались по месту жительства солдат. Сотрудников НКВД, присланных из других республик СССР. Этих людей было немного, да и те, по признанию заместителя министра республиканского МВД по кадрам Николая Захарова, были не самыми лучшими. Например, всех выпускников курсов усовершенствования Высшей школы НКВД СССР отправили на Украину и Молдавию, где большинство из них возглавили районные и городские органы милиции. Была еще 5-я дивизия внутренних войск НКВД СССР под командованием генерала Леонтьева, которая действовала на территории Латвии. К ней претензий у руководства республиканского НКВД не было
В 1951 году из слушателей учебных заведений НКВД—МГБ расположенных в Саратове, Москве, Ленинграде и Орджоникидзе было сформированы отряды, общей численностью несколько сот человек, которые в течение нескольких месяцев находились на территории Латвии
В июле-августе 1944 года вслед за войсками 3-го Белорусского и 1-го Прибалтийского фронтов на территорию Литвы вступили подразделения внутренних войск НКВД. В их задачу входила очистка прифронтовой полосы и освобожденной территории от отставших солдат и офицеров германских частей, мародеров, дезертиров, вражеской агентуры, антисоветских элементов, пособников противника. И это было остро необходимо, поскольку в этот период заметно активизировались антисоветские силы.
В августе 1944 года на территорию республики вошла 4-я стрелковая дивизия НКВД под командованием генерал-майора Павла Ветрова. Сначала на территории Литвы дислоцировались четыре полка: 137-й, 25-й, 298-й и 261-й. В начале 1946 года к ним присоединились 32-й и 273-й полки, затем в марте 34-й, 262-й и 285-й. В конце 1946 года на территории республики базировались восемь полков: 25-й, 32-й, 34-й, 137-й, 261-й, 273-й, 298-й и 353-й. Все они были выведены после апреля 1951 года. Затем три из них (25-й, 137-й и 273-й) были ориентированы на охрану государственной границы. Оставшиеся пять полков в августе 1951 года были преобразованы в подразделения, предназначенные для проведения специальных операций. Они существовали до 1953 года, когда на территории Литвы были ликвидированы все повстанческие формирования
В Литве, в силу ряда причин, было самое многочисленное среди прибалтийских республик повстанческое движение. Например, весной 1945 года в нем участвовало до 30 тысяч человек. А в целом в послевоенные годы «партизанило» или скрывалось в лесах около 70—80 тысяч человек. Для сравнения, по состоянию на 1 января 1946 года в Латвии действовало 64 бандформирования общей численностью 753 человек, в Эстонии — 55, численностью 428 человек.
Для ликвидации националистического повстанческого движения в Литве в декабре 1944 года был образован руководящий главный штаб, который координировал деятельность по этим вопросам с командованием соединений и частей Советской Армии, дислоцировавшихся на территории Литвы.
В феврале 1945 года пять полков НКВД вместе с наступающими войсками Советской Армии из Литвы были переброшены в Восточную Пруссию. Часть из них (13-й, 86-й и 132-й) в июне 1945 года были возвращены обратно, а остальные расформированы — в связи с окончанием Великой Отечественной войны. Войска НКВД охраны тыла 1-го Прибалтийского фронта (31-й, 33-й и 216-й полки) так же сначала разместили на территории республики, потом их отправили в Восточную Пруссию, а затем снова вернули обратно. Правда, потом 216-й полк заменили да 217-й пограничный полк, который входил в состав Белорусского фронта. Из Латвии в Литву в июне 1945 года перебросили 12-й и 13-й пограничные полки. Затем 217-й пограничный полк был преобразован в 220-й пограничный полк. Его не отправили в Восточную Пруссию, зато его военнослужащим пришлось участвовать в ликвидации повстанческих отрядов.