В течение 1944-1945 годов в ликвидации «лесных братьев» участвовали семь пограничных полков: сначала 94-й, 95-й, 97-й, 23-й, а затем 113-й, 115-й и 116-й. Первые четыре из них участвовали в контрпартизанской борьбе до февраля 1945 года, затем 23-й полк направили для охраны побережья Балтийского моря, охранять границу между Литвой и Восточной Пруссией назначили 97-й и, частично, 95-й полк. А обеспечивать непроходимость границы между Литвой и Польшей возложили на 94-й и 95-й полки. Эти подразделения, численностью до 1000 человек, боролись с «лесными братьями» в пограничной полосе шириной 50—70 км, а также ловили тех, кто пытался тайно перейти сухопутную границу. К концу 1947 года, когда граница была полностью оснащена инженерно-техническими средствами охраны, оборудована минными полями и размещены пограничные посты, нелегально пересечь ее стало очень опасно. Это привело к тому, что западные разведки были вынуждены забрасывать своих агентов морским или воздушным путем.
Части и подразделения 4-й стрелковой дивизии внутренних войск НКВД (при содействии соединений и частей Советской Армии) участвовали с 1944 по 1945 год в 1764 операциях и 1413 боевых столкновений. В ходе них было убито и захвачено в плен 30 596 повстанцев и собрано 17 968 единиц стрелкового оружия.
Прибалтийские историки выделяют три этапа борьбы войск советской госбезопасности с повстанцами.
Первый этап продлился с 1944 по 1945 год. В это время советское командование активно использовало так называемую тактику «Каменного казака» «Tartar-Cossak». На практике это означало проведение контрпартизанских операций на территории всей республики.
Второй этап начался в марте 1946 года, когда войска были размещены в более чем 200 гарнизонах, и закончился в 1948 году, когда были подавлены основные очаги сопротивления повстанцев.
Третий этап начался в 1949 году, когда большинство населения Литвы начало поддерживать советскую власть.
Непосредственное участие в облавах, обысках и арестах принимали не все военнослужащие полков НКВД, средняя численность каждого из которых — примерно 1500 солдат и офицеров. Из них только 700— 800 человек участвовали в боевых операциях. Остальные охраняли штаб полка и командование трех батальонов, а так же служили в вспомогательных подразделениях: связь, транспорт, медицина, снабжение и т.п.
По-другому, выглядела ситуация с пограничными полками. Они имели постоянные места дислокации. Каждый полк состоял из трех батальонов (каждый численностью 300 человек). Соответственно, каждый батальон из трех рот (в каждой от 60 до 70 человек). Три взвода (в каждом от 15 до 25 солдат) образовывали роту. А каждый взвод состоял из трех отделений (в каждом от 6 до 8 человек)
Формально, борьба с политическим бандитизмом — это задача Главного управления Борьбы с бандитизмом (ГУ ББ) НКВД СССР и его региональных подразделений. До 1 декабря 1944 года ГУ ББ именовался Отделом борьбы с бандитизмом (ОББ) НКВД СССР. Самостоятельным подразделением НКВД ОББ стал 30 сентября 1941 года, когда его вывели из состава Главного управления милиции (ГУМ) НКВД. ГУ ББ НКВД СССР просуществовал до 4 февраля 1950 года, когда его преобразовали в Главное управление оперативного розыска (ГУОР) МВД СССР
О героической борьбе с бандитизмом сотрудников ГУ ББ НКВД на территории СССР прекрасно рассказано в повести Эдуарда Хруцкого «Приступить к ликвидации» (по ней снят одноименный фильм) и романе «Четвертый эшелон». На самом деле в борьбе с повстанцами участвовали почти все сотрудники местных органов госбезопасности. Упомянутый выше Николай Захаров регулярно выезжал на боевые операции, часто попадал в засады, а два раза от гибели его спасло только чудо. То же самое можно сказать о других руководителях республиканского НКВД, большинство из которых были латышами по национальности.
О том, как работали территориальные органы госбезопасности можно узнать из отчета Псковского управления НКВД за период с сентября 1944 года по март 1946 года. Формально это подразделение обслуживало территорию РСФСР, но в зону ее ответственности входили три района — Пыталовский, Качановский и Печерский, которые до сентября 1944 года были частью Латвии и Эстонии. По утверждению руководителя НКВД Псковской области, «в этих районах, расположенных на бывшей границе СССР, поселены на жительство бывшие активные участники белогвардейских отрядов, получивших от Латвийского буржуазного правительства наделы земли (хутора) и в период существования буржуазного правительства в Латвии, большинство из этих лиц являлись сотрудниками разведывательных органов, вели активную работу против Советского Союза. Эти же лица были базой для создания военно-фашистской организации 'айзсаргов', 'кайцелитов' и 'амокайтес', при помощи которых в Латвии было свергнуто демократическое правительство и восстановлен полуфашистский строй УЛЬМАНИСА.
В период временной оккупации немецко-фашистскими захватчиками этих районов, 'айзсарги', 'кайцелиты' и 'амокайтцы' возобновили свою связь с указанными организациями и активно оказывали помощь немцам, состоя на службе в полицейских и карательных органах, проводили зверскую расправу с советскими гражданами.
При освобождении от немцев местности, в этих районах, в результате проводимой агитации со стороны указанной категории лиц, до 75% населения уклонилось от службы в Красной Армии, перешло на нелегальное положение и вошло в контрреволюционные банды, которые на протяжении длительного времени ведут вооруженную борьбу с советской властью, ставят своей задачей свержение Советской власти в Прибалтике и совершение террористических актов над советско-партийным активом».
По утверждению чекиста, таких отрядов не меньше десяти. К ним следует добавить банды, проникающие на территорию Псковской области из соседних республик. С «лесными братьями» активно боролись. Так, за указанный выше период времени, ликвидировано бандитских групп 9, арестовано бандитов — 68 человек, убито — 16 человек, легализовано — 31 человек и арестовано пособников бандитов — 16 человек. А из десяти зарегистрированных на территории области банд в марте 1946 года продолжала действовать только одна. А вот несколько типичных преступлений, которые характерны для территории всей Прибалтики.
Банда численностью до 20 человек 28 февраля 1945 года произвела массовое ограбление 13-ти хозяйств в деревне Заходы, и тогда же этой бандой был разгромлен Заходский сельсовет.
В ночь на 2 мая 1945 года вооруженная банда, численностью до 10 человек, руководимая Питерсом Суппе, пришедшая с территории Латвийской ССР, совершила бандитский налет на хутор. Налетчики расстреляли семью крестьянина и ночевавшего у него местного сельсовета. Погибло 7 человек.
Эта же банда, 8 июня 1945 года, убила заместителя начальника УНКВД Псковской области.
А 6 июня 1945 года банда численностью до 10 человек, явилась в школу и сельсовет, разбила все окна и поломала мебель, а затем ограбила магазин СельПО и скрылась в лес на территории Латвийской ССР.
В ночь на 18 августа 1945 года бандой в количестве до 13 человек, перешедшей с территории Латвийской ССР ограблено пять крестьянских хозяйств.
Бандиты, вооруженные винтовками, автоматами и гранатами, 20 ноября 1945 года ограбили сначала сельсовет, затем одинокого прохожего, после этого в медпункте забрали весь перевязочный материал и часть лекарств, а у двух фельдшеров деньги. После этого они скрылись на территории Латвии.
Ночью 30 января 1946 года был совершен вооруженный налет на хутор. Хозяйку убили из огнестрельного оружия, а лошадь с санями, разные вещи и продукты питания забрали с собой
В конце сороковых — начале пятидесятых годов прошлого века агенты иностранных спецслужб часто действовали теми же методами (убийства, грабежи и т.п.), что и местные «лесные братья». Поэтому часто мероприятия по их нейтрализации, которые проводили советские правоохранительные органы, напоминали войсковые операции. Если о борьбе с бандитизмом в СССР было написано достаточно много, то о контрразведывательных операциях почти ничего.
Даже спустя полвека после тех событий Москва, Лондон, Вашингтон, Париж, Бонн и Стокгольм стараются избегать любых упоминаний в «открытой» печати подробностей операций собственных спецслужб. Ведь основу их работы в советской Прибалтике составлял факта существования антисоветско-