За послуги запорожців у війні 1788 року на Чорному морі Потьомкін, виконуючи волю цариці, звелів запорозьким “вірним” козакам зватися надалі “Військом Вірних Чорноморських козаків”. Проте, як тільки на зиму припинилася війна, про чорноморців зараз же й забули: Чепігу з вершниками направили зимувати на Громоклію, де не було й оберемка сіна, так що він, щоб врятувати коней, мусив розпустити козаків до весни, хто куди знає; на острові Березані запорожці мало не пухли з голоду, бо їм не підвозили припасу, а від морозу вони рятувалися тільки тим, що палили фортечні будівлі; з Васильківського коша чорноморцям наказано було вийти, а курені віддати під турецьких бранців. Козаки, мабуть би, загинули взимку, та старший не послухався наказу генерала Хрущова й зимував із козаками на коші, а на дрова розламав цілий поверх фрегата “Василій Великий”, що стояв у Бузькому лимані, затертий кригою.
Тієї зими взагалі багато суден затерло льодом, і, щоб зберегти всіляке корабельне приладдя, Потьомкін звелів вирядити 300 чорноморців, наказавши генералу Суворову забезпечити їх теплим одягом, видати харчі й платити за роботу по 12 карбованців на місяць. Але Суворов нічого того не зробив, через що багато козаків, працюючи на воді й на льоду, покалічились, а коли звернулись до генерала Фалієва, що завідував роботами, щоб зарадив лихові, то той пригрозив, що як коли вони відмовляться працювати, то будуть “вистріляні й виколоті”.
Що мали діяти чорноморці? Сорок вісім душ із них одвезли на Кіш з відмороженими руками та ногами; декілька замерзло на смерть, а решта втекли, мабуть, на Дунай. Замість втікачів та покалічених, кіш вислав інших 300 козаків, але й ті або незабаром похворіли або невідомо де поділись, бо хоч і дуже чорноморці хотіли заслужити царицину ласку, та працювати за таких умов було неможливо. Всього вважають, за зиму 1788 - 89 років з голоду, холоду й надсадних робіт загинуло біля 500 чорноморців.
Чимало зазнали за сей рік лиха запорожці й на колишній власній землі. Коли, з наказу Потьомкіна, Чепіга, Сидір Білий та Головатий ще по весні року 1788-го почали збирати під бунчук кошового всіх запорожців, то більшість поміщиків, незважаючи на повеління князя, яким доводилося до відома що запорожці збираються з волі цариці, силоміць не пускали запорожців од себе, вважаючи їх своїми кріпаками. От що пише добродій Короленко про те, що перетерпіли козаки в 1788 році:
“Щоб не пустити запорожців на військову службу, поміщики мало що чинили всілякі перешкоди, а й примушували їх до тяжких без спочинку робіт і, що найголовніше, відрізували у козаків оселедці, ознаку козацької честі. Були випадки, що поміщики змушували козачу сім'ю удень робити без спочинку, а на ніч забивали в колодки, щоб не втекли з панщини, і те мордування чинили не раз; інших після тяжких поденних робіт увечері сікли різками й кидали на ніч у ями, а один пан, довідавшись, що від нього втекло кілька колишніх запорожців до кошового, замкнув їхні сім'ї в пустку, не давав їм їсти і по тричі на день бив батогами не тільки жінок втікачів, а навіть дітей-підлітків”.
Послані з Коша запорозькі старшини нічого не могли вдіяти з панами, бо їхню руку тягли, не зважаючи на накази Потьомкіна, всі повітові урядовці, й навіть бувало так, що ті запорозькі старшини, яких Чепіга посилав визволяти своїх товаришів з неволі, самі не знали, як уникнути від цупких панських пазурів.
Боліючи серцем за покривджене запорозьке товариство, Чепіга, в жовтні 1788 року, написав про всі ті кривди Потьомкіну, прохаючи його дати війську свої грунти, на які можна б переселити родини запорожців із поміщицьких земель. Треба гадати, що сам князь до того часу випустив уже на волю тих запорожців, які були в кріпацтві у нього самого, бо він видав новий наказ про те, щоб урядовці пильнували, аби колишнім запорозьким козакам не чинилося ніяких перешкод до переходу у Військо Вірних Козаків і щоб родини тих козаків ніхто в неволі не тримав і кривд їм не завдавав.
Незважаючи на такий наказ, справники не тільки не визволяли з кріпацтва тих запорожців, що ще не були в Чорноморському війську, а навіть тих козаків, яких Чепіга розпустив на зиму по домівках, вони арештовували й передавали поміщикам як втікачів, а вже пани та їхні управителі немилосердно катували козаків і знову повертали в кріпацтво. Кошовий отаман ще раз посилав до поміщиків козацьку старшину, та тих старшин справники брали під варту, а “бумаги”, видані їм од кошового, з глузуванням дерли на шматки.
Через таке становище по весні козацтво збиралося до кошів дуже мляво. У травні Головатий перейшов зі своїм кошем із Василькова на устя річки Березані; Чепіга ж був у дуже непевному становищі, бо вершників у квітні згуртувалося біля нього лише 130 і ледве до 10 травня зібралося 570 душ, решта ж ніяк не могла вирватись од панів. Тільки після нових наказів Потьомкіна губернаторам та справникам, наприкінці травня їх зібралося коло Чепіги біля 1000 душ, з якими він, з наказу Потьомкіна й під рукою Кутузова, почав наступати чатами на Бендери.
Випередивши відділ донських козаків та російську кінноту, що йшли поруч із чорноморцями, Чепіга неподалік Бендер, на перевозі через Дністер, натрапив на 3000 турків і зчепився з ними, сподіваючись негайної помочі від донців. Але допомога чомусь забарилася й тисячі чорноморців довелося п'ять годин битися з утричі дужчим ворогом. Козаки опинилися в скруті; у бою було поранено в плече навіть самого Чепігу. І тоді лише підійшли донці й драгуни, й турків було добре відсунуто.
Зважаючи на тяжку рану, Чепіга викликав із Березані Головатого й передав йому клейноди, Потьомкін же звелів усю чорноморську кінноту перевести на річку Березань, щоб Головатому зручніше було керувати військом.
До осені Чорноморське військо збільшилося, бо князь посилав визволяти козаків од поміщиків уже не козацьку старшину, а особливих чиновників-засідателів, і ті силоміць дещо зробили. До серпня під рукою Головатого перебувало 2000 вершників і 5000 піших.
Разом із тим Потьомкін вживав заходи й до того, щоб побільшити Чорноморське військо ще й за кошт задунайських запорожців, і першого вересня послав із старшиною Чорноморського війська Черновим до них листа, в якому умовляв запорожців перейти на руську сторону, погрожуючи, що коли не покаються й на цей раз, то звелить розправлятися з ними, як із злодіями й ворогами Хреста. Тільки його заходи не дали наслідків. Задунайці мали певні відомості через чорноморців, що повтікали до них, як про важкі роботи, до яких примушували запорожців російські генерали, так і про брак у чорноморців харчів та про невиплату жалування. В Туреччині вони не знали такого лиха і через те не хотіли зраджувати султанові, що доволі правдиво піклувався про них.
У серпні чорноморцям наказали з частиною їхнього війська, а саме: з трьома комонними полками та трьома пішими, всього 3000 козаків, взяти Хаджибей. Перед тому військові вів полковий осавул Кіндрат Табанець, який зовсім несподівано для ворогів наблизився до Кривої Балки, що за 7 верст од Хаджибея. З 11 на 12 вересня туди ж прибув і генерал де Рібас із російським військом і серед ночі вирядив два полки чорноморців та один батальйон російської піхоти на штурм фортеці. Хоч турки й оборонялися, але тут запорожці не мали майже ніяких втрат.
Після Хаджибея чорноморці брали діяльну участь в завоюванні Акермана, Паланки та в під'їзді до Кілії.
Захопивши берег Чорного моря, Потьомкін направив все своє військо на Бендери. Першого листопада чорноморці, кількістю 2298 козаків, були під містом, разом із Чепігою, що вже одужав од рани; Головатий же, випливши з моря Дністром на п'ятдесяти байдаках, наблизився теж до фортеці. Чорноморці були тут дуже корисні, й під час штурмів одбивалися доти, поки Головатий не заїхав із байдаками Дністром у саме місто, колишню Тягиню, яку запорожці не один раз добували ще за два з половиною століття досі, а як тільки чорноморці почали обстрілювати місто з байдаків - турецький паша відразу ж здався.
За участь у війні 1789 року кошовий отаман Чепіга отримав армійський чин бригадира, Головатий - полковника. Проте у внутрішньому житті війська справи стояли погано. Хоч Потьомкін і щиро піклувався про чорноморців, та підручні йому генерали не слухали його наказів: жалування козацькому війську задержували,
