Сан-Мартин взялся за дело с энтузиазмом. Сначала он вызвал из Буэнос-Айреса молодую жену. Вместе с родственницей, чернокожей рабыней Хесусой и тремя слугами она на дилижансе проехала семьсот миль по пыльным дорогам до Мендосы, по пути останавливаясь в дешевых гостиницах. Прелестная восемнадцатилетняя донья Ремедиос, или Ремедитос, как называл ее Сан-Мартин, быстро вошла в жизнь города. Она хорошо справлялась с обязанностями хозяйки дома и принимала у себя местное высшее общество. В августе 1816 года она родила дочь Мерседес Томасу. Город подарил малышке двести гектаров земли. Ее отец получил пятьдесят. Сан-Мартин все больше привязывался к городу, ему нравились окрестности. Об этом свидетельствует одно из его писем: «Провинция Куйо — одно из тех мест, которые я буду помнить всегда. Здесь живут добрые люди. В этом уголке я смогу с удовольствием посвятить себя работе на земле».
Сан-Мартин оказался энергичным и терпеливым администратором. Каждый вопрос он изучал до мельчайших подробностей, проводя разумную финансовую политику в своей провинции. Она была основана на налогообложении богатых людей и, разумеется, не нравилась им. Налогами облагались деятельность церкви, виноделие и любые доходы. Собственность землевладельцев, живущих за пределами страны, подлежала конфискации.
Сан-Мартин творил справедливость в духе Соломона. Например, крестьянку, плохо отзывавшуюся о своей стране, заставили из ее урожая выделить сто двадцать тыкв для армейской кухни. Один армейский офицер накопил большой карточный долг и признался в этом Сан-Мартину «как джентльмену». Ему дали денег, чтобы он смог расплатиться, но при этом сказали: «Никому не говори, кто дал их. Если генерал Сан- Мартин узнает, тебе несдобровать».
Сан-Мартин вставал с восходом солнца и работал до полудня, непрестанно куря большие черные сигары. У него была странная привычка завтракать стоя. После завтрака он отдыхал. Затем, когда наступала вечерняя прохлада, продолжал работу. После ужина любил сыграть партию в шахматы, а в десять часов вечера отправлялся спать. Здоровье его не улучшалось. Он регулярно употреблял настойку опия. Возможно, это стало пагубной привычкой. Опий спасал Сан-Мартина от ревматических болей и болей в желудке.
Сан-Мартин отличался величественной осанкой. Один из его офицеров отмечал, что Сан-Мартин «похож на орла… Он одинаково хорошо смотрится верхом на лошади (великолепной гнедой) и спешившись с нее».
Из своего уютного уголка Сан-Мартин следил за происходящим в Латинской Америке и был в курсе всех событий. Когда О’Хиггинс и его противник Луис Каррера перешли через Анды с разношерстной толпой беженцев и разбили лагерь в Мендосе, Сан-Мартин поддержал О’Хиггинса. Так он стал заклятым врагом братьев Каррера.
На севере колумбийское восстание теряло силу. Сан-Мартин узнал, что генерал Морильо покидает Испанию с большой армией и направляется в Ла-Плату. Это известие заставило донью Ремедиос срочно заняться сбором денег для создания новой армии патриотов. Она уговаривала знатных дам Мендосы жертвовать свои бриллианты и жемчуга ради борьбы за независимость страны. После поражения армии генерала Рондо под Сипе-Сипе в Северной Аргентине в ноябре 1815 года появились предположения, что именно армии Куйо придется защищать северо-западную границу. На одном из банкетов Сан-Мартин, не питавший иллюзий по поводу сложившейся ситуации, поднял бокал «за первую пулю, выпущенную в угнетателей Чили по ту сторону Анд».
Альвеар попытался сместить Сан-Мартина. В ответ горожане подняли восстание, а офицеры Сан- Мартина потребовали восстановления его в должности. Приказ об отставке был отменен. Однако через несколько месяцев от должности был отстранен сам Альвеар. В заговоре против него ключевую роль сыграл влиятельный свекор Сан-Мартина. В связи с образовавшимся вакуумом власти Сан-Мартин сумел оказать влияние на выбор делегатов на конгресс в Тукумане. После ряда военных неудач аргентинских войск на севере конгресс поспешил официально объявить о независимости. Позиция губернатора, без сомнения, повлияла на это решение.
«Сколько можно откладывать объявление нашей независимости? Неужели это не смешно — чеканить монеты, иметь собственный флаг и герб и вести войну против любого правительства, которое предположительно может поработить нас? Что тут еще можно добавить? Кроме того, как мы можем вступать в полноценные отношения с другими государствами, если действуем как подчиненные? Враг (имея для этого веские основания) называет нас бунтовщиками, в то время как мы все еще называем себя вассалами. Можете быть абсолютно уверены, что никто не станет помогать нам в такой ситуации. Кроме того, с обретением независимости страна будет получать на пятьдесят процентов больше прибыли. Мужайтесь! Великие дела совершают только храбрецы. Давайте трезво все взвесим, мой друг. Если мы не обретем независимость, конгресс не сможет принять ни одного полноценного решения. Суверенитет предполагает узурпацию власти у того, кто считает себя единственным законным сувереном. Я имею в виду маленького Фердинанда (короля Испании)».
Однако Сан-Мартину противостояло много фракций в конгрессе. В связи с этим он писал своему верному стороннику Томасу Гидо:
«Когда экспедиция в Чили состоится, будет слишком поздно. Я уверен, что это не будет сделано только потому, что я стою во главе ее. На мне лежит проклятие! Меня постоянно в чем-то подозревают. Вот почему я никогда не высказывал своего мнения по этому поводу. Друг мой, мы всего лишь жалкие твари, двуногие животные без шерсти!
Я прекрасно понимаю, что, пока стою во главе этой армии, никакая экспедиция в Чили не состоится, более того — мне никто не поможет. Меня будут стремиться отстранить от должности. Причиной тому не мое плохое здоровье, а то, о чем я только что сказал. Сан-Мартин всегда будет на подозрении в этой стране».
Сан-Мартин был одним из трех кандидатов, выдвинутых на пост верховного правителя Объединенных провинций Буэнос-Айреса после отставки Альвеара. Вместе с еще одним кандидатом, Бельграно, ему удалось устроить на это место компромиссную фигуру — Хуана Мартина де Пуэйрредона. Он был союзником и Сан-Мартина, и Бельграно. В июле 1816 года Пуэйрредон встретился с Сан-Мартином в Кордове. Пуэйрредон направился в Буэнос-Айрес, чтобы приступить к своим обязанностям. Он официально подтвердил согласие поддержать предполагаемую экспедицию через Анды.
В каком-то смысле у него не было выбора. Поражение под Сипе-Сипе вновь продемонстрировало тщетность попыток продвинуться вперед на северном направлении.
Для начала Пуэйрредон отправил 180 новобранцев из Одиннадцатого батальона в Мендосу. Затем из Буэнос-Айреса был послан Седьмой батальон, в котором было 450 солдат и 220 конных гренадеров. Сан- Мартин продолжал рекрутские наборы среди жителей Куйо. К концу года он собрал армию примерно из пяти тысяч солдат. В нее входило 700 конных гренадеров, 3 тысячи пехотинцев, 250 артиллеристов, 120 саперов, 1200 всадников — для транспортировки и других работ. Офицерами он назначил молодых людей из хороших местных семейств. Кавалеристами в основном были пастухи-гаучо. Освобожденные рабы составляли большинство пехотинцев, многие из них были чернокожими. Когда их рекрутировали, то говорили, что испанцы собираются восстановить рабство. Из чилийских беженцев Сан-Мартин организовал два пехотных корпуса, артиллерийский батальон и подразделение драгун под названием «Патриотическая лига». Он выпустил прокламацию, обращенную к чилийцам:
«Чили богата природными ресурсами. Географическое положение делает ее властительницей Тихого океана. В нашей стране живет много людей, развиты промышленность и средства коммуникации с соседними провинциями. Все это делает ее центром региона. Ее возрождение заложит основы нашего политического существования. Перу попадет под ее влияние, и континент будет объединен… Мы должны думать только об одной великой задаче — всеобщем освобождении… Основание чилийской армии сделает эту задачу выполнимой».
Сан-Мартин набрал батальон британских егерей. Он позволил им самим выбирать себе офицеров.