Головина Нагим, Годунов показывает его царю, требуя взятия Шуйского под стражу и, может быть, казни его. В случае отказа он грозит удалиться. Потрясенный Федор после долгих колебаний отказывается от услуг Годунова.
Иван Петрович Шуйский утешает княжну Мстиславскую: он не допустит ее
Клешнин докладывает Годунову, что Шуйские и их сторонники посажены в тюрьму, и вводит Василия Ивановича Шуйского. Тот поворачивает дело так, будто затеял челобитную для блага Годунова. Понимая, что Шуйский в его руках, Годунов его отпускает. Царица Ирина приходит заступиться за Ивана Петровича. Годунов, сознавая, что Шуйский не прекратит ему перечить, непреклонен. На площади перед собором нищие говорят о смене митрополита, неугодного Годунову, о казни купцов, стоявших за Шуйского. Царица Ирина приводит Мстиславскую просить за Шуйского. Из собора выходит Федор, отслужив панихиду по царю Ивану. Княжна бросается ему в ноги. Федор шлет князя Туренина за Шуйским. Но Туренин сообщает, что Шуйский ночью удавился, винится, что недосмотрел (потому что отбивал толпу, приведенную к тюрьме Шаховским, и отбил, лишь застрелив Шаховского). Федор бросается на Туренина, обвиняя его в убийстве Шуйского, и грозит ему казнью. Гонец приносит грамоту из Углича о гибели царевича. Потрясенный царь хочет сам дознаться правды. Приходит сообщение о приближении хана и скорой осаде Москвы. Годунов предлагает послать Клешнина и Василия Шуйского, и Федор уверяется в невиновности Годунова. Княжна Мстиславская говорит о намерении постричься. Федор, по совету жены, собирается всю тяжесть правления передать Борису и, поминая свое намерение «всех согласить, все сгладить», оплакивает свою участь и свой царский долг.
В день Борисова венчания на престол бояре исчисляют плоды его правления: и пресеченный мор, и завершенные войны, и урожаи. Они дивятся, как долго пришлось уговаривать Годунова принять власть, и лишь угроза отлучения от церкви его к тому принудила. Борис возвращается из собора, собираясь принимать послов. Воейков сообщает о победе над сибирским ханом. Английский посол предлагает невесту царевичу Федору; папский нунций — соглашение о соединении церквей; австрийский, литовский, шведский, флорентийский послы почтительно просят кто о помощи деньгами или войсками, кто о признании своих владений. Персидский и турецкий послы обвиняют друг друга в посягательствах на Иверию, посол иверского царя просит защиты. Всем царь дает подобающий ответ, исполненный достоинства и силы, и велит впустить всех желающих в царские палаты («Между народом русским и царем преграды нет!»). Оставшись один, Борис торжествует и, поминая смерть царевича, решает: то неизбежная цена за величье государства. Вскоре после, дожидаясь в монастырской келье постригшейся Ирины, Борис выслушивает донесения Семена Годунова на Романовых, недовольных отменой Юрьева дня; на Василия Шуйского, лукавого и ненадежного слугу, но, уверенный в своей силе, никого не хочет наказывать. Появляется Ирина, и Борис, напоминая ей свои колебания на пути к власти, просит оправдать его и признать, что благоденствие России стоит той неправды, через которую он стал царем. Ирина, одобряя его царство, требует, чтоб он не забывал о своей вине и не прощал себя сам. Оставшись каждый при своем, они расстаются.
Во дворце дети Бориса, Федор и Ксения, слушают рассказы Христиана, датского герцога, жениха Ксении, — о суровом детстве, о возвращении ко двору, о сражениях во Фландрии с испанскими войсками, но, когда Федор сетует на свою праздность, Христиан замечает, что его положение, позволяющее обучаться правлению при мудром государе, — много достойнее. Христиан рассказывает, как полюбил Ксению по рассказам послов, купцов и пленных, прославлявших наряду с величием России красоту, ум и кротость царевны. Заговаривают о Борисе, и все сходятся в любви к царю, забывающему себя ради славы и благополучия государства. Все трое клянутся помогать друг другу. Христиан просит вошедшего Бориса в случае войны позволить вести русские войска, но царь отговаривается наступившим на долгие годы миром. Дети уходят, а пришедший Семен Годунов объявляет слух о дивно спасшемся царевиче Димитрии. В своих покоях царица Мария Григорьевна расспрашивает дьяка Власьева о Христиане и, как ни юлит Власьев, дознается, что были толки, будто не король его отец, и старший брат, ныне царствующий, его недолюбливает. Не добившись от дьяка обещания свидетельствовать о том Борису, она зовет Дементьевну и с возрастающим раздражением узнает, что Ксения сидела вместе с братом и женихом, а царь приветствует новые обычаи. Пришедшей Волоховой царица жалуется, что Борис посватал Ксению за немчина, ее не спросясь, и немчин, видно, приворотил царевну. Волохова берется погадать, в чем сила Христиана, и сокрушить ее («Есть корешок такой»). В лесу, в разбойничьем стане, атаман Хлопко принимает новые пополнения крестьян, клянущих Бориса и отмену Юрьева дня. Появляется посадский, который без всякого страха требует освободить своих спутников, схваченных на московской дороге разбойничьим дозорным, и сообщает верную новость о появлении царевича Димитрия. Посадский подбивает Хлопка идти к Брянску и там, пристав к войскам царевича, получить прощение и воевать Годунова. Появляется Митька, волоча двух беглых монахов, Михаила Повадина и Гришку Отрепьева, которые просятся в хлопковское воинство. Когда посадский, позабавив разбойников борьбою с Митькой и велев выкатить бочки вина, вдруг пропадает, выясняется, что шедшие с ним монахи не знают, кто он таков.
Борис вынужден признаться в том, что появление нового врага толкнуло его на кровавый путь. Семен Годунов, отряженный выяснить, кто скрывается за именем Димитрия, говорит, что и ценою пыток не узнал ничего. Приискивают имя Гришки Отрепьева, беглого чудовского монаха, чтоб как-то переименовать врага. Борис распоряжается умножить шпионов и найти улику на Романовых и, кроме того, в силу продолжающегося голода раздать казну народу, повелев не слушать басен про царевича. Царевич Федор просит отправить его к войскам, царевна Ксения оплакивает перемену в Борисе и его проявившуюся жестокость; Христиан спрашивает, уверен ли Борис в смерти царевича, и пересказывает слухи. Дети уходят, появляется царица, полная язвительности и раздражения на Христиана, толкующего с детьми о «царенке». Царь остается глух к ее требованию отослать Христиана. Семен Годунов сообщает о быстром продвижении изменников, о переходе к ним войск и об упорном сопротивлении Басманова. Василий Шуйский предлагает Борису отправиться самому к войскам или уже послать за вдовствующей царицей, чтоб свидетельствовала о смерти сына. Наказав Шуйскому рвать языки тем, кто распускает слухи, Борис посылает за матерью Димитрия.
В доме Федора Никитича Романова бояре Романовы, Сицкий, Репнин и Черкасский пьют за царевича. Приходит Шуйский, сообщает о приказе Бориса, его расспрашивают о произведенном им розыске в Угличе, он отвечает туманно. Семен Годунов со стрельцами, обвинив собравшихся в желании отравой извести
