Одновременно с этой реформою предпринято было преобразование податной системы. Подати союзников уже в 424 г. были увеличены до такой меры, что о дальнейшем повышении их нельзя было думать, особенно в данный момент, когда держава колебалась в своих основах. Поэтому решено было совершенно уничтожить их и заменить пятипроцентною пошлиной со всех товаров, ввозимых и вывози мых из гаваней союзного государства. От этой меры ожидали прежде всего увеличения государственных доходов; другое преимущество новой системы заключалось в том, что она устраняла насильственное взыскание недоимок, которое более всего другого возбуждало ненависть союзников против афинского владычества. Так как взимание пошлин всюду отдавалось на откуп подрядчикам, то реформу удалось про вести без большого труда; единственное отличие нового порядка от старого состояло в том, что сбор отдавался теперь на откуп от лица государства. Это был, конечно, важный шаг со стороны Афин по пути к объединению государства; но при данном положении дел были бы уместны еще гораздо более решительные меры. Во всяком случае эта система оказалась удобною, потому что, когда во время Коринфской войны Афины принялись восстановлять распавшуюся державу, они вернулись не к системе податей, а к системе портовых пошлин.
Между тем Афинское государство начало распадаться. Важнейшие острова — Эвбея, Лесбос и Хиос — тайно отправили послов к Агису в Декелею или прямо в Спарту и заявили о своей готовности отпасть, как только у их берегов покажется пелопоннесский флот. В Спарте решено было прежде всего протянуть руку Хиосу, присоединение которого, ввиду значительности его флота и богатства финансовых средств, представлялось особенно важным. В Коринфе снаряжена была эскадра в двадцать одну триеру, предназначенная для отправки к Хиосу, но коринфяне наотрез отказались выйти в море до окончания предстоявших Истмийских празднеств. Благодаря этому в Афинах узнали о замыслах врагов, и когда пелопоннесцы, наконец, отплыли, они были встречены не менее сильным афинским флотом и принужде ны искать убежища в Пирее, уединенной гавани на границе между Коринфом и Эпидавром. Здесь они подверглись блокаде со стороны афинян.
Тем временем из Лаконии отправилась прямо к Хиосу эскадра в пять кораблей под начальством спартанца Халкидея. Его появления в гавани было достаточно, чтобы город перешел на сторону пелопоннесцев (около середины лета 412 г.); Эрифры, Клазомены, Теос тотчас последовали примеру могущественного соседа. Экипаж пелопоннесских кораблей остался на Хиосе в качестве гарнизона: сам Халкидей с 25 хиосскими кораблями отплыл дальше, к Милету, и склонил его также к отложению, между тем как другая хиосская эскадра, поддерживаемая сухопутным войском, заставила примкнуть к восстанию соседние с Теосом города Эры и Лебедос. Затем 13 хиосских кораблей отправились к Лесбосу, где оба главных города, Метимна и Митилена, тотчас же перешли на их сторону; то же самое сделали и Кима, и Фокея на противолежащем Лесбосу материке.
Наконец, к союзу против Афин примкнула теперь и Персия. Отношения между обеими державами никогда не были хороши, а в последние годы еще значительно ухудшились. Дело в том, что малоазиатские сатрапы воспользовались войною Афин с Пелопоннесом для расширения пределов своего господства в Ионии; еще в 430 г. Колофон был взят персами, а во время Сицилийской войны к ним перешел, по- видимому, Эфес. Персия вступила в переговоры и со Спартою, однако безуспешно. С другой стороны, афинское правительство оказало поддержку восстанию сатрапа Писсуфна против персидского царя, а затем, после подавления мятежа, взяло под свою защиту сына Писсуфна, Аморга, который бежал в Ясос вблизи Милета. Теперь сицилийская катастрофа, казалось, давала Персии возможность осуществить ее старые притязания на греческие прибрежные города в Малой Азии. Немедленно, еще зимою 413/412 г., Фарнабаз, сатрап Фригии при Геллеспонте, и Тиссаферн, новый сардский сатрап, завязали переговоры со Спартою и, как только Милет перешел к пелопоннесцам, Тиссаферн именем царя заключил с ними союз. Пелопоннесцы признали право царя на все области, принадлежавшие раньше ему самому и его предкам; царь со своей стороны обязался платить жалованье действовавшему в азиатских водах пелопоннесскому флоту впредь до окончания войны с Афинами. Таким образом, пелопоннесцы сразу избавились от всяких финансовых забот — правда, ценою выдачи азиатских греков варварам. Но об этом пелопоннесцы мало беспокоились; напротив, они заключали договор с заднею мыслью отнять у персов их добычу, как только покончат с Афинами. Однако, и Спарте пришлось убедиться, что, вызвав духов, их не всегда бывает легко прогнать обратно. Пример, поданный Спартою, нашел среди ее врагов немало подражателей; таким образом, Милетский договор оказался первым звеном в той роковой цепи событий, которая в течение немногих десятилетий должна была сделать царя Персии верховным судьею во всех греческих делах.
Между тем афиняне усердно готовились к предстоявшей войне, понимая, что она будет борьбою на жизнь и смерть. Получив известие об отложении Хиоса, они решили тронуть ту тысячу талантов, которая раньше была отложена как последний запас на случай крайней нужды. Эскадра из восьми триер, тотчас отплывшая в Самос под командою Стромбихида, была, конечно, слишком слаба сравнительно с превосходными морскими силами Хиоса, чтобы удержать другие города от отложения. Но скоро стали приходить подкрепления за подкреплениями: сначала 12 кораблей под начальством Фрасикла, затем 16 под командою Диомедонта и наконец 10 под командою Леонта; теперь Лесбос и Клазомены были снова покорены, Милет обложен блокадою, на Хиос были высажены войска, граждане его разбиты в нескольких сражениях и богатый остров сильно опустошен. Между тем запертым в Пирее пелопоннесским кораблям удалось прорвать афинскую блокаду и найти убежище в Кенхреях, коринфской гавани у Саронического залива. Сюда прибыл к флоту лакедемонский адмирал Астиох и тотчас с четырьмя кораблями отплыл в Хиос.
К концу лета в Ионию отправился еще один афинский флот: 48 триер под командою Фриниха, Ономакла и Скиронида, с десантом в 3500 гоплитов, из которых 1500 были аргосцы. Войско высадилось близ Милета; граждане и их пелопоннесские и персидские союзники были разбиты в открытом сражении перед городом, и афиняне уже готовились начать осаду, когда пришло известие о приближении сильного неприятельского флота. Он состоял из 55 триер, в числе которых были 22, присланные Сиракузами и Селинунтом на помощь их пелопоннесским союзникам. Афиняне не рискнули вступить в морское сражение с таким флотом в виду Милета, потому что в случае поражения их сухопутное войско неминуемо погибло бы; поэтому они посадили войско на корабли и возвратились в Самос. Аргосцы, понесшие в битве при Милете очень тяжелые потери, отправились домой; по-видимому, Аргос вскоре затем заключил мир со Спартой; по крайней мере мы не имеем никаких известий о его дальнейшем участии в войне. Пелопоннесцы соединились с теми 25 хиосскими кораблями, которых афинская блокада до сих пор держала в Милетской гавани. Неожиданным нападением они взяли Ясос, столицу Аморга, а его самого захватили в плен и выдали Тиссаферну, которому они отдали также и город. Пелопоннесские наемники Аморга перешли на службу к своим землякам и были отправлены в Хиос под начальством спартанца Педарита. Лакедемонский адмирал Астиох отправился в Милет и принял начальство над главным пелопоннесским флотом.
Между тем афиняне перевели в Самос стоявшую у Хиоса эскадру, чтобы сравняться в силах с 80 пелопоннесскими кораблями, собравшимися у Милета. Осенью они получили новое подкрепление в 35 триер, и это дало им возможность возобновить нападение на Хиос. Главные силы, именно 74 корабля, остались у Самоса, а 30 кораблей с десантом отправились в Хиос, где они заняли сильную позицию около храма Аполлона Дельфиния, к северу от города. Теперь Хиос был заперт и с моря, и с суши; скоро в городе начал обнаруживаться голод, рабы массами перебегали к осаждающим, в среде граждан снова подняла голову аттическая партия, и только при помощи беспощадной строгости Педарит мог поддерживать порядок. Наконец, потеряв надежду получить помощь от соединенного пелопоннесского флота, он попы тался спасти город вылазкой, но потерпел полное поражение и сам пал в битве.
Между тем Книд также отложился и перешел на сторону Тиссаферна и пелопоннесцев; попытка афинян взять открытый город штурмом не имела успеха. В середине зимы из Пелопоннеса отправилось в Азию новое подкрепление — эскадра в 27 кораблей, но из страха перед более сильным афинским флотом она не решилась идти прямо к Милету и в конце концов попала в Кавн на южном берегу Карии. Чтобы воспрепятствовать соединению этой эскадры с главными силами пелопоннесцев, афиняне послали из Самоса в родосские воды 20 триер под начальством Хармина; но у небольшого острова Симы они неожиданно подверглись нападению соединенного пелопоннесского флота под командой Астиоха и потерпели поражение, потеряв 6 кораблей. Затем лакедемонский адмирал призвал к себе стоявшую в Кавне эскадру и с 94 триерами направился к Родосу, который тотчас передался ему; экипаж флота остался на этом богатом острове до наступления весны.