Части под общим командованием Дитерихса подошли к Тоболу, однако, не получив подкреплений, остановились. Сознавая, что Омск не имеет резервов, отправил рапорт в Ставку, в котором просил приступить к разгрузке и вывозу на восток омских складов и материальной части.
Колчак прочитал направленный рапорт в присутствии генерала Сахарова, случившегося быть у Верховного правителя в тот момент на приеме:
Сахаров возмущенно поддержал удивление Верховного правителя предложением Дитерихса, заявив, что главнокомандующий не способен правильно оценивать ситуацию, что эвакуация Омска вызовет неприятный резонанс у союзников и что Омск, равно как и Иртыш, можно и должно превратить в укрепленные районы и надолго остановить большевиков. Это решило судьбу Дитерихса. Безгранично доверявший Сахарову еще со времени сидения в тюрьме у большевиков, адмирал Колчак принял решение отозвать Дитерихса в тыл, для формирования добровольческих частей, а на его место назначил генерала Сахарова.
Приказ нового главнокомандующего, гласящий о том, что Иртыш и Омск преобразуются в неприступные для большевиков крепости, был расклеен по всему городу.
Было уже начало ноября, и температура воздуха быстро падала. С неизбежным замерзанием реки эта естественная оборонительная преграда должна была исчезнуть и предрешить судьбу Омска, ибо по льду большевики могли обойти в любом месте белые войска, оборонявшие город. В самых первых числах ноября Иртыш замерз, и Сахарову стало очевидным, как он подвел Верховного правителя. Когда главнокомандующий доложил Колчаку о том, что его эшелон готов к выходу и, чтобы не задерживать движение, должен выйти из Омска к вечеру, адмирал удивленно спросил его, как же можно покидать город, после выпуска приказа о создании из него крепости? Сахаров отвечал, что этого требовала обстановка, и это стало еще одним разочарованием Верховного правителя в людях, которым он привык безгранично верить. На станции Татарская Колчак попросил соединить его с генералом Каппелем, последним, на кого у Верховного правителя оставалась хоть какая-то надежда. Накануне Колчак просил его принять пост главнокомандующего, на что Каппель отвечал Верховному правителю телеграммой, что считает себя неподготовленным для такой должности и молодым, в то время как есть много старших и опытных. В телефонном разговоре Колчак дал понять генералу, что, несмотря на его 37 лет, он считает его способным справиться, и что ранее он уже предлагал этот пост старшим генералам. Колчак спросил Каппеля, что тот станет делать, если получит приказ, на что получил ответ, что приказ генерал будет должен исполнить. Спустя час Колчак прислал телеграфный приказ о назначении Владимира Оскаровича Каппеля главнокомандующим с 11 декабря 1919 года.
Уезжая из Омска, Сахаров не посчитал нужным передать дела оставляемому им в качестве заместителя Каппелю, словно забыв рассказать тому о плане эвакуации и общем расположении частей.
В 6 верстах от Омска строилась линия обороны города, командовать которой было поручено генералу Войцеховскому, однако занять ее так и не удалось: с 12 ноября, по льду ставшего Иртыша, началось повально неуправляемое бегство частей за реку. Эвакуация принимала характер всеобщего бегства: из Омска пытались уехать не только военные и гражданские учреждения, но и мирные обыватели, рабочие и служащие.
Верховный правитель оставался в Омске до последнего. Накануне своего отъезда, в ночь на 13 ноября, днем 12 ноября он отправил эшелон с золотым запасом из города. 14 ноября 1919 года в город вступили большевистские части, устремившиеся в преследование отступавших колчаковцев, которое Фрунзе поручил 5-й армии Тухачевского. Из состава 3-й армии ему дополнительно передавались 30-я и 51-я стрелковые дивизии.
Состояние подвижного состава, используемого отступавшими, оставляло желать много лучшего, нередко случались аварии, приводившие к многочасовым задержкам движения, произволу железнодорожников, требующих себе отдельную плату за дальнейший ход поезда. Даже литерный поезд — «золотой эшелон» — и тот потерпел незначительное крушение, столкнувшись с другим составом. Трассу от Новониколаевска до Иркутска занимал 60-тысячный отряд чехословаков, изначально размещенный там для охраны, который оказался хозяином положения, а в критическое время омской катастрофы превратился в целое бедствие для беженцев и отходящих русских частей. Жаждая добраться домой, прилично обогатившись за счет русских бед, захватив массу имущества и ценностей; в трагические для колчаковской армии дни, чехословаки решили отправиться домой. В связи с этим по Чехословацкому корпусу был отдан приказ — не пропускать за станцию Тайга русских эшелонов, пока в обратном направлении не проедут все части чехов. Русские вагоны останавливались, отгонялись в тупики, у эшелонов чехословаками изымались паровозы. Пассажиры, оставленные в вагонах, после того как паровозы захватывались стремящимися во что бы то ни стало пробраться на восток чехословаками, оказывались беззащитными против сибирских морозов, нападения местных банд или партизан, рыскающих в округе в надежде поживиться за счет беженцев. Единственный поезд, более или менее постоянно продвигающийся на восток, был оставался у Верховного правителя. Добравшись до потерпевшего крушение «золотого эшелона», Колчак приказал собрать вагоны и продолжил движение вместе с бесценным грузом. Разбитая армия продолжала свое отступление по Сибирскому тракту, поскольку чехословаки не пускали их на железную дорогу. Колчак направлял протесты по поводу бесчинств чехословаков генералу Жанену, однако сил для принятия каких- либо мер для обуздания чехословацких бесчинств у Колчака не было. 9 декабря 1919 года, добравшись до станции Тайга, Верховный правитель получил ультиматум от генерала Пепеляева, в котором тот требовал немедленного созыва Сибирского Земского Собора, прилагая проект соответствующего указа, призывал Верховного правителя к отставке генерала Сахарова и проведении расследования о сдаче Сахаровым Омска без боя. Оскорбленный Колчак уже был готов к вооруженному столкновению с Пепеляевым, во главе 60 офицеров и 500 солдат собственного конвоя, но из Иркутска посредником прибыл брат генерала, В. Пепеляев, и конфликт удалось погасить. Узнав от прибывшего о том, что творится в Иркутске, Колчак назначил походного атамана Забайкальского казачьего войска Григория Михайловича Семенова командующим войсками Дальнего Востока и Иркутского округа, прося его навести сколь бы то ни было возможный порядок силами его казачьих войск.