Ленин предлагал объединить силы Муравьева с частями, идущей за большевиками, 8-й армии, которая должна была наступать в Бессарабию из района Подолии, захватить всю Молдову, вернуть ее под власть Советской России. Так Москва отреагировала на требования правительства Советской Украины отозвать Муравьева с Украины, предать его революционному суду и больше не назначать командующим на территориях Украины.
За сутки М. Муравьев привел свою трехтысячную армию из-под Житомира и Киева к Днестру, где румынские войска вышли к городу Бендеры. Приехав в Одессу (место дислокации его штаба), М. Муравьев телеграфирует В. Ленину: «Положение чрезвычайно серьезное. Войска бывшего фронта дезорганизованы, в действительности фронта нет, остались только штабы, место нахождения которых не выяснено. Надежда только на подкрепления извне. Одесский пролетариат дезорганизован и политически неграмотный. Не обращая внимания на то, что враг приближается к Одессе, они не думают волноваться. Отношение к делу очень холодное — специфически одесское».
Положение дел Муравьев решает изменить расстрелами и затоплением барж с арестованными офицерами и буржуями. В подобных ситуациях он чувствовал себя полубогом, «хозяином жизни».
М. Муравьеву было приказано объединить свою армию с «одесской» армией и возглавить это соединение. Позиции «одесской» армии левого эсера П. Лазарева располагались по левому берегу Днестра от Овидиополя до Рыбницы, штаб находился в Тирасполе. Армия состояла из мало дисциплинированных отрядов численностью около 4–5 тысяч человек. В составе армии находились отдельные «революционные дружины» одесситов, преимущественно большевиков, левых эсеров и анархистов, а так же небольшие части старой армии, что прорвались с Румынского фронта к Днестру. «Особая» армия в начале февраля 18-го успела разгромить румынские части, что попытались переправиться через Днестр, после чего румынское командование пошло на перемирие предложенное Румчеродом. С 18 февраля 19-го «Особая» армия передавалась в состав группы войск М. Муравьева действующих против Румынии.
Еврейская боевая дружина анархиста Винницкого — Мишки Япончика вошла в состав Одесской советской армии как резерв одесского правительства и командования, и была переведена на государственное содержание.
Однако румынское командование избрало тактику затягивания переговоров. Большевиками была создана «Верховная коллегия российско-румынских дел» (еще одно название — «Верховная коллегия по борьбе с румынской и бессарабской контрреволюции») во главе с Христианом Раковским. Первым шагом «Комиссии» было прекращение переговоров о перемирии и предъявление Румынии ультиматума о немедленном очищении Бесарабии. Румыны отказались выполнить ультиматум и 16 февраля 17-го, после четырех дней перемирия, военные действия вновь возобновились.
Для успешной борьбы с румынами требовались большие деньги, и М. Муравьев обращается к Одесской городской Думе и местной буржуазии с речью, в которой требует, в трехдневный срок, предоставить ему 10 миллионов рублей на оборону: «Черноморский флот мною сосредоточен, и я вам говорю, что от ваших дворцов ничего не останется, если вы не придете мне на помощь! — взывал к буржуям Муравьев. — С камнем на шее я утоплю Вас в воде и отдам семьи ваши на растерзание. Я знаю, что в ваших сундуках есть деньги. Я люблю начинать мирно… Дайте немного денег, будете с нами вместе… Я знаю этот город. Деньги есть. К сожалению, во многих городах находятся самозванцы-большевики, которые грабят, но я имею достаточно сил уничтожить их.» Свою речь он завершает предложением «положить в Гос. Банк десять миллионов на мое имя».
В середине февраля 1918 года румынские войска подошли к Бендерам создавая реальную угрозу для Одессы. На отдельных участках румынские войска переправились на левый берег Днестра (на территорию Херсонской губернии — Одесской республики), пытались там укрепиться — создать плацдармы.
В конце 1917 г. бывший уголовник Г. Котовский становится уполномоченным Румчерода и собирает отряд для борьбы против румынских войск. 14 января 18-го отряд Котовского прикрывает отход «красных» войск из Кишинева. Потом он возглавляет южный участок обороны Бендер от румынских войск. 24 января 18-го отряд Котовского в 400 бойцов направился под Дубоссары, разбив румынские передовые части. Котовский становиться командиром «Партизанского революционного отряда борющегося против румынской олигархии» в составе Одесской советской армии. В феврале 1918 г. конная сотня Г. Котовского была включена в состав одной из частей Особой советской армии — в Тираспольский отряд. Но уже 19 февраля Котовский, расформировав свою сотню, выходит из подчинения командованию и начинает действовать самостоятельно. «Партизанско-разведывательный отряд» Котовского бежал из Приднестровья через Раздельную и Березовку на Елизаветград.
20 февраля 1918 г. войска М. Муравьева начали наступление против румынских частей, оккупировавших Молдову. Главный удар наносился в районе Бендер. Там был разгромлен румынский полк и захвачено три орудия. Одновременно М. Муравьев приказывает 8-й армии ударить по румынам в районе Бельцы — Рыбница. За шесть дней боев он разгромил войска противника у Рыбницы и Слободзеи, сорвав попытки румын закрепиться в Приднестровье. У румынской армии было захвачено 15 орудий и большое количество стрелкового оружия, в плен попало 500 румынских солдат. Разгром у Рыбницы показал неспособность румынской армии к наступательным операциям.
М. Муравьев предложил Москве начать наступление на Кишинев силами своей армии. Информаторы тогда сообщали, что румынская армия «…разбросана по некоторым пунктам маленькими отрядами с незначительной артиллерией и их силы в общем ничтожны. Эти отряды держатся крайне пассивно и с их стороны намечаются лишь некоторые, весьма слабые попытки занять некоторые пункты у Днестра, где они могли бы закрепиться». С таким врагом М. Муравьев и его «армия» еще могли справиться…
Румынский премьер-министр Авереску (уроженец Измаильщины), на которого произвели впечатление военные успехи М. Муравьева на Украине, решил пойти на подписание мира на условиях вывода румынских войск из Бессарабии в течение двух месяцев. Под влиянием военных неудач румынское командование предложило перемирие, при содействии иностранного дипломатического корпуса в Яссах. Представители Антанты подталкивали Румынию к миру, до 3 марта 18-го еще надеясь организовать союз Румынии и Советских республик против наступления австро-немецких войск. «Верховная коллегия российско — румынских дел» так же стремилась к скорейшему подписанию перемирия и решению вопроса о границах. Переговоры по этим вопросам с румынскими представителями возобновились в Одессе в начале марта 18- го.
8–12 марта 1918 г., после переговоров в Одессе и Яссах, был подписан мирный договор — «Протокол ликвидации русско-румынского конфликта». 8 марта советские войска получили приказ прекратить военные действия против румынских войск. 1-й пункт мирного протокола гласил: «Румыния обязывается очистить Бессарабию в течении двух месяцев». Румынское командование обязывалось не вмешиваться во внутреннею жизнь Бессарабии. Тогда Авереску заявил: «Россия больна, без сомнения, она очень больна, но Россия не исчезла, и она выздоровеет. Нам, маленькой державе, не пристало пользоваться этим состоянием паралича, в котором находится сосед».
Однако через несколько дней, после переговоров с представителями Германии и Австро-Венгрии, румынская сторона аннулировала мирный договор с Советской Россией. С начала марта 1918 г. Румыния выходит из союза с Антантой и попадает под германо-австрийское влияние. Румынские власти понимают, что австро-германские войска, захватившие в начале марта 1918 г. Киев и Винницу, с дня на день будут в Одессе и уничтожат или заставят отступить армию Муравьева. Этим и объясняется то, что уже 9 марта 1918 года, забыв о своих обязательствах по договору, Румыния, захватывает Аккерман и соседнее село Шабо завершив этим захват Южной Бесарабии.
Военное положение быстро менялось. 18–19 февраля 18-го немецкие, австро-венгерские войска и отряды УНР начали фронтальное наступление против «красных» и к первому марта 1918 г. захватили Киев и большую часть Правобережья Украины.
24 февраля М. Муравьев объявляет Одессу на военном положении и приказывает уничтожить все винные склады. Он разгоняет городскую Думу, запрещает митинги и собрания, вводит строжайшую цензуру. Объявив Одессу на военном положении, М. Муравьев пытается установить в Одессе режим личной военной диктатуры, начав с разгона Городской Думы, запрещения митингов и собраний, с введения строжайшей цензуры.
4 марта 18-го М. Муравьев приказывает частям 3-й революционной армии (Одесская армия П. Лазарева) остановить продвижение австрогерманских войск вдоль линии Юго-Западной железной дороги от
