Академии предполагалось впредь принимать выпускников Семинарий. «Духовные Академии, говорилось в проекте, не препоминались в поприще, им предназначенном, первоначальным и так сказать стихийным обучением наук, грамматических и исторических, займут в науках философских и богословских пространство, им приличное, и станут на чреде просвещения, высшему духовному образованию свойственной».
Академический курс рассчитан был на 4 года и разделен на 2 двухлетних отделения: общеобразовательное, на котором преподавались высшая математика, физика, философская грамматика, древние и новые языки, эстетика, всеобщая и церковная история, и специальное богословское с изучением догматики, нравственного и полемического богословия, герменевтики, гомилетики, канонического права. Выпускники Академии по окончании курса удостаивались ученых степеней кандидата и магистра.
На Академии возлагалось также научно-методическое и административное руководство Семинариями. В связи с этим образованы были Петербургский, Московский, Киевский и Казанский учебные округа. Казанскую Академию на новых началах устроить не удалось, и поэтому она временно была преобразована в Семинарию, а ее учебный округ соединен с Московским.
Средними духовными школами, по плану, являлись семинарии - по одной на епархию, с шестилетним обучением, разделенным на три двухлетних отделения, которые по-старинному именовались риторическим, философским и богословским. В Семинариях преподавали словесность, гражданскую историю, географию, математику, физику, философию, а из богословских дисциплин - Священное Писание, герменевтику, догматическое, нравственное и пастырское богословие, церковную историю с археологией, древние и новые языки.
В семинарии принимались выпускники уездных духовных училищ (с шестилетним курсом), в которых изучали грамматику, арифметику, историю, географию, пение, пространный катехизис, церковный устав и классические языки. Уездные училища подчинены были епархиальным Семинариям. Кроме того, планом комитета предусматривалось открытие в благочиннических округах приходских училищ с обучением чтению, чистописанию, грамматике, пению, арифметике и краткому катехизису.
Для управления Духовными школами из членов временного комитета в 1808 году была составлена комиссия Духовных училищ. По семинариям рассылались вновь составленные конспекты по богословским и философским наукам. К 1814 году трудами, главным образом, архиепископа Феофилакта (Русанова) и М. М. Сперанского были разработаны уставы новых Академий, Семинарий и училищ. Новый академический устав, в противоположность старой школе, главное внимание уделял не механическому запоминанию учебного материала, а его свободному, творческому усвоению: «Добрая метода учения заключается в том, чтобы способствовать к раскрытию собственных сил и деятельности разума воспитанников». Устав особое значение придавал письменным упражнениям учащихся на всех степенях обучения. Всячески поощрялось чтение литературы кроме учебных программ. В принципе в уставе осуждалось засилие латыни: «Введение в училищах латинской словесности, хотя в некотором отношении принесло им великую пользу, но исключительное в ней упражнение было причиною того, что во многих из них учение письмен словесных и еллинских, только для Церкви нашей необходимых, мало-помалу ослабевало». Тем не менее латынь осталась языком преподавания.
Преобразование Духовных школ проводилось постепенно, начиная с Петербургской Академии. В ней уже в 1809 году начинались занятия по новым программам, и первый выпуск преобразованной Академии, состоявшийся в 1814 году, убедил комиссию в целесообразности реформы. На очереди стояла Московская Академия, преобразованная в 1814 году, одновременно с переводом в Троице-Сергиеву Лавру; в связи с чем, Троицкую Семинарию переместили в подмосковный
После реформы началось оживлённое строительство новых школьных помещений и общежитий. Заметно улучшилось содержание учителей и воспитанников, но средств по-прежнему не хватало, училищное начальство вынуждено было принимать на казенный кошт бедных учеников сверх предусмотренных штатов.
Не вcе из задуманного удалось осуществить. Количество Духовных школ, открытых к концу царствования Александр I, было значительно меньше предусмотренного проектом, но всё-таки оно заметно выросло. В 1808 году в России насчитывалось 150 Духовных школ, а в 1824 году их было уже 344. Уровень образования в Семинариях заметно вырос, а Академии, освобожденные от семинарского курса, становились ведущими центрами богословской науки.
После реформы в академическом и семинарском образовании происходил постепенный переход на русский язык. Митрополит Филарет (Дроздов) писал об этой перемене так: «От сего… знание латинского языка сделалось слабее, но зато, школьная терминология начала уступать место более чистому и ясному изложению истины; распространение существенных познаний усилилось, и сообщение оных народу в «поучениях» облегчилось… Богословские понятия, преподаваемые на латинском языке, не свободно действовали в умах во время: учения, и: после, учения с трудом переносимы были на русский язык для сообщения народу». Но в 20-х годах против перехода в обучении на русский язык выступил архиепископ Рязанский Филарет (Амфитеатров). Он настаивал на сохранении латинского языка и для поддержания высокой учености, и главным образом, из опасений, как бы через русские книги и лекции не получили широкой огласки заблуждения, опровергаемые в догматике. Однако и он считал, что нравственное богословие надо преподавать по-русски.
В Петербургской Академии вслед за преосвященным Филаретом (Дроздовым) на русском языке читал лекции Григорий (Постников), впоследствии митрополит, а в Москве - Кирилл (Богословский-Платонов), в Киеве - ректор архимандрит Моисей, а за ним святой Мелетий (Леонтович). Постепенно и в Семинариях латынь стала выходить из употребления, оставаясь лишь одним из учебных предметов. В 40-е годы уже во всех школах богословие преподавалось на русском языке.
При обер-прокуроре Протасове в связи с общим изменением церковно-политического курса поставлен был вопрос о пересмотре уставов 1814 года. Но комиссия Духовных училищ не захотела поддержать замысел обер-прокурора. Тогда Протасов пошел на роспуск комиссии, вместо которой в 1839 году было учреждено Духовно-учебное управление, действовавшее не как авторитетная коллегия, а как служебное подразделение, подчиненное обер-прокурору. Замысел Протасова клонился к тому, чтобы понизить образовательно-культурный уровень Духовных школ, который казался ему не соответствующим потребностям церковной жизни.
Протасов крепко бранил «мертвящую ученость», особенно доставалось от него «нечестивой и безбожной науке» философии. В Семинариях, считал он, курс наук необходимо приспособить к условиям сельской жизни: «Из Семинарий поступают в священники по селам. Им надобно знать сельский быт и уметь быть полезными крестьянину даже в его делах житейских. И так, на что такая огромная богословия сельскому священнику? К чему нужна ему философия, наука вольномыслия, вздоров, эгоизма, фанфаронства? На что ему тригонометрия, дифференциалы, интегралы? Пусть лучше затвердит хорошенько катехизисы, церковный устав, нотное пение. И довольно. Высокие науки пусть останутся в Академиях», - так передавал наставления Протасова ректор Вятской Семинарии архимандрит
Проведению Протасовской реформы решительно воспротивился митрополит Московский Филарет. И поэтому свой план крайнего «опрощения» среднего духовного образования Протасову не удалось осуществить вполне. Тем не менее, правила, введенные в 1840 году, значительно сокращали число общеобразовательных предметов в семинариях. Оставлены были только логика и психология (вместо философии), российская словесность, история, физика, геометрия и классические языки. Вместо упраздненных общеобразовательных дисциплин вводились, основы медицины, сельское хозяйство, в отдельных семинариях - иконописание и инородческие языки. В учебные планы по богословию были включены библейская история и историческое учение об отцах Церкви; усиливалось изучение русской церковной истории. Вводились катехизические беседы с воспитанниками, которые должны были служить образцом для бесед священника с прихожанами. В академическом образовании больше внимания стали уделять истории Русской Церкви; вводились новые курсы - патристика, логика с психологией и педагогика.
