Новыми правилами приходские училища соединялись с уездными. Курс обучения в них разделялся на 3 двухлетних отделения.
В конце 40-х годов из-за быстрого роста числа учащихся недостаточность средств довела Духовные школы до нестерпимой бедности. Как и в XIII веке, казеннокоштные бурсаки голодали, здания школ годами стояли без ремонта. Переполнение Духовных школ воспитанниками заставило Святейший Синод в 1850 году отменить обязательное обучение детей клириков в Духовных училищах.
В царствование Александра II, когда глубоким преобразованиям подверглись все стороны национальной жизни, в церковной печати открыто стал обсуждаться вопрос о новой реформе Духовной школы. От архиереев, от ректоров Академий и Семинарий Синод затребовал их мнения и предложения, а в 1860 году под председательством архиепископа Херсонского Дмитрия (Муретова) был составлен особый комитет, который за 4 года разработал план новых преобразований. Архиепископ Дмитрий предложил радикальные меры. Он хотел перестроить существовавшие семинарии в общеобразовательные школы для детей духовенства, а богословские классы Семинарий преобразовать в закрытые пастырские школы с полу монастырским уставом, и принимать в них сложившихся, зрелых людей, искренне стремившихся послужить Церкви, причём не только из духовного чина, но из всех сословий. Комитет, однако, не пошёл на столь решительную ломку существовавшей системы. Часть его членов считала более целесообразным попросту вернуться к уставам 1814 года. В итоге решили в общих чертах сохранить сложившиеся типы Духовных школ, с той только переменной, чтобы в Семинариях богословские предметы были выделены в особый курс и сосредоточены в последних классах.
Разработанный прежде проект был передан на рассмотрение епархиальный архиереев, ректоров и академических конференций, и в 1866 году составился новый Комитет во главе с митрополитом Киевским
Эти уставы предусматривали новое устройство управления Духовными школами. Оно сосредотачивалось в Учебном комитете при Святейшем Синоде, вместо прежнего Духовно-учебного управления, подчиненного непосредственно обер-прокурору. Упразднялись академические учебные округа, и Академии в связи с этим освобождались от управления Семинариями. Из ведения Академий изымались возложенная на них старым уставом духовная цензура.
Внутренняя администрация Духовных школ строилась на началах широкой коллегиальности и самоуправления. Вводились академические советы, а также семинарские и училищные правления из преподавателей и выборных представителей местного духовенства. Педагогическим корпорациям предоставлялось право выбора ректоров и инспекторов, ректоры Академий назначались Синодом.
Новый устав ставил перед Академией двойную задачу: быть не только высшей богословской школой, но и своего рода педагогическим институтом духовного ведомства. В связи с этим учебные планы подвергались существенным изменениям. Круг наук сокращался, из учебных планов полностью устранялись физико-математические дисциплины, что позволяло сосредоточиться на богословских предметах и преподаванию их придать более научный характер. Общеобязательных дисциплин оставалось немного. Остальные предметы распределялись по трем отделениям, своего рода факультетам; богословскому, церковно-историческому и церковно-практическому; 2 двухгодичных курса заменялись четырьмя одногодичными. Лишь лучшие студенты оставлялись на четвертом курсе для работы над кандидатской или магистерской диссертацией - остальные выпускались после третьего курса со званием «действительного студента». Магистерские диссертации, как и в университетах, подавались в печатном виде и подлежали публичной защите.
Главным достоинством академического устава было требование научного характера высшей богословской школы. Но «жертвой» научности порой становилась церковность академического богословия. Стремясь придать своим академическим лекциям, диссертациям и монографиям научный характер, ученые богословы силились во что бы то ни стало догнать западноевропейскую науку, и часто совсем не критично заимствовали ее выводы, в эту эпоху опасные уже не столько своим инославием, сколько рационалистическим направлением.
В Духовных семинариях вместо прежних 3 двухгодичных классов риторики, философии и богословия вводилось два курса: общеобразова-тельный (1-4 классы) и богословский (5-6 классы). Из прежней многопредметной программы исключались сельское хозяйство, основы медицины, катехизаторское обучение, библейская история, патрология, полемическое богословие, учение о богослужебных книгах, церковная археология, в общем, предметы, введенные при Протасове. Вместо них вводились основное богословие и педагогика, усиленно было изучение Священного Писания, философии, математики, классических языков. Один из новых языков признан обязательным предметом.
В уездных Духовных училищах шестилетний курс заменялся четырех годичным с приготовительным классом. Из училищ одни выпускники шли в семинарии, другие - псаломщиками на приходское послушание.
Во все Духовные школы, которые до тех пор сохраняли сословный характер, открыт был доступ выходцам из всякого чина, а выпускники семинарий получали право поступать в светские высшие школы. Значительно повышено было материальное обеспечение Духовных школ, содержание учащихся, оклады преподавателей. Немалые суммы стали отпускаться на ремонт и строительство учебных корпусов и общежитий.
В 70-х годах происходил быстрый рост числа Духовно-учебных заведений. К 1881 году в России насчитывалось уже 4 Академии, 53 семинарии и 183 Духовных училища, а к концу века в дополнение к ним открыто еще 5 новых семинарий и 2 училища.
Однако ревизии, проведенные в 70-е годы, обнаружили серьезные недостатки в постановке учебно- воспитательной работы, снижение церковности учащихся и падение дисциплины. Уход выпускников Семинарий на светскую службу и в университеты был непомерно велик.
В 1881 году при Святейшем Синоде была образована комиссия для пересмотра учебных уставов во главе с епископом Сергием (Ляпидевским), впоследствии митрополитом Московским. Новые уставы были разработаны в 1884 году. На характер нововведений большое влияние оказали мнения обер-прокурора К. П. Победоносцева. Во всех Духовных школах была усилена власть епархиальных архиереев и ректоров. В Академиях отменялась специализация студентов по отделениям. Все богословские и философские дисциплины стали общеобразовательными, и лишь второстепенные исторические и филологические предметы подразделялись на два отдела и предлагались студентам на выбор. Отменялась публичность академических диспутов при защите диссертаций. Докторская степень присваивалась без защиты, по отзыву рецензентов. Вводилось также различение докторской степени: богословия, церковной истории и канонического права. Магистерские диссертации защищались на расширенном академическом совете.
В семинариях совершенно отменялось выборное начало. Богословские предметы распределялись по всем классам. Увеличилось количество отводившихся для них учебных часов. Восстановлено было преподавание библейской истории, сравнительного богословия. Вводился новый предмет под названием «история и обличение раскола». Церковное пение из факультативного сделано было обязательным. Сокращались программы по математике, философии, педагогике. Новые языки стали факультативными, а программы по классическим языкам, занимавшие прежде более трети всего учебного времени, были значительно сокращены. Для улучшения религиозно-нравственного воспитания учащихся вводилась должность духовника семинарии.
В уездных Духовных училищах усилено было изучение русского и церковнославянского языка, а также церковного пения.
В 1889 году были изданы особые «Правила для рассмотрения сочинений, представленных на соискание ученых богословских степеней». Правила требовали, «чтобы сочинения заключали в себе такую полноту и определенность изложения…, при которой не оставалось бы сомнения в истинности православного учения, а также такую точность выражений, которые устраняли бы всякий повод к ложным вопросам… Не могут быть признаны соответствующими требованию ученого богословского сочинения такие труды, в которых отрицается, хотя бы и с видимостью научных оснований, достоверность таких событий, к которым церковное предание и народное верование привыкли относиться как к достоверным событиям».
