запланировано переделать под новый образец (10 в Виллакублэ у 'Мо- ран-Солнье' и полдюжины в Бурже у SNCAC) из-за продвижения немцев так и остались 'гибридами', имея либо четыре пулемета, либо неподвижный радиатор. Другие были захвачены или уничтожены на земле до или после переделки. Среди самолетов, о которых было доложено, что они прошли полную переделку, были № 1040, 1051 и 1052, которые сдали ВВС в апреле-мае 1940 г., но нет никаких сведений об их успехах и вообще о участии в боевых операциях.
В первые месяцы 1940 г. выдали заказ 1022/0, требовавший переделки 500 MS.406 в MS.410. Другой заказ дали заводу SNCAC в Бийянкуре; он включал 150 комплектов крыльев MS410. В середине мая 1940 г. окончательно решили, что за исключением нескольких экземпляров, находящихся в переделке в Виллакублэ и Бурже, вся работа по MS.410 должна проводиться в ремонтных мастерских ВВС в Клермон-Ферране. Их должны были вести над поврежденными MS.406, а не забирать
исправные самолеты из частей, как первоначально планировалось. Считалось, что очень неэффективный прицел образца 1931 г. будет заменяться прицелом Бале-Лемаре GH-38, винт-автомат Ратье 1607 диаметром 3,1 м станет стандартным и будет применяться эжекторная выхлопная система 'GAL-Бронза- виа'. Во время испытаний в CEV в Орлеане в апреле 1940 г. выхлопные патрубки эжекторного типа установили на MS.406 № 1035 для сравнения со старыми. Это привело к увеличению максимальной скорости на 20 км/ч на высоте 2000 м, на 44 км/ч – на 4000 м и на 52 км/ч – на 7000 м. По несчастью, ни один MS.410 не сошел с переделочной линии в Клермон-Ферране до того времени, когда 25 июня вошло в силу перемирие.
Когда 20 июля 1940 г. провели учет всех самолетов в не оккупированной зоне, выявилось, что в это число входят 453 MS.406, хотя значительная доля их была непригодна к полетам, а многие даже не подлежали ремонту. Группы 1/2,11/2, III/5, 1/6, II/6 и 1/9 были расформированы в июле-августе 1940 г. за исключением GCI/7, базировавшейся в Раяке в Ливане. Эта группа
имела несчастье противостоять силам союзников в мае-июле 1941 г. Она выполнила 591 боевой вылет и одержала две подтвержденные и две 'вероятные' победы. Аналогичная судьба выпала в мае 1942 г. 565-й истребительной эскадрилье, базировавшейся в Диего- Суаресе на Мадагаскаре. На 1 ноября 1941 г. она насчитывала 17 самолетов, а к 1 октября 1942 г. ее состав сократился до трех машин.
Когда 10 июня 1940 г. Италия вступила в войну, французское верховное командование, думая о возможности появления нового фронта в Триполитании, решило перебросить GCI/7 из Сирии в Исмаилию на Суэцком канале. 23 июня три MS.406 вылетели в Египет в качестве авангардной группы; один из них разбился при посадке и был списан. Когда двумя днями спустя вступило в силу перемирие между Францией, Германией и Италией, остальная часть группы осталась в Сирии. Французские летчики, перелетевшие в Исмаилию, решили присоединиться к силам 'Свободной Франции'. Два уцелевших MS.406, получившие британские номера, вместе с двумя Потэ 63.11, двумя Мартин 167F и одним Блок 81 образовали звено 'Свободной Франции' №2. MS.406 летали на боевые задания с 'Гладиаторами' и 'Харрикейнами' 274- й эскадрильи, до того как в сентябре их перебросили в Хайфу. 13 ноября 1940 г. один из них отклонился от полосы при посадке во время испытательного полета в Хайфе; шасси подломилось на неровном грунте и левое крыло было повреждено. Другой MS.406 удрал из Ливана 5 декабря и перелетел в Хайфу, получив там британский номер. Использование французских истребителей ограничивалось недостатком запчастей.С расформированием 2-го звена 9 апреля 1941 г. самолеты перешли к 107-й вспомогательной части. В июле, с завершением сирийской кампании, в руки англичан попала дюжина уцелевших боеспособных MS.406, ранее принадлежавших GCI/7. Впоследствии они стали первоначальным вооружением группы 'Эльзас', сформированной 15 сентября 1941 г. в Раяке.
Хотя ни одна боевая часть авиации Виши в не оккупированной зоне не летала на MS.406, некоторые из них продолжали использоваться в летных школах и учебных эскадрильях в Тулузе и Блиде (Алжир) для поддержания навыков пилотирования в 1942 г. В этом же году правительство Виши согласилось продать 30 MS.406, хранившихся в консервации, финскому правительству. Финские ВВС ранее получили 30 MS.406 со складов французских ВВС зимой 1939-40 годов. Они поступили в истребительную эскадрилью HLeLv28, сформированную 8 декабря 1939 г. Она вступила в боевые действия в феврале 1940 г. из Сакулы. 29 из них пережили 'зимнюю войну' и в 1941 г. были дополнены 27 самолетами, купленными в Германии и включавшими и MS.406, и MS.410, захваченные вермахтом во Франции. Перед поставкой в Финляндию на них поставили немецкие радиостанции FuG 7а вместо Радио-Индустри 537, немецкие приборы, хвостовое колесо и броню для радиатора и пилота общим весом 80 кг. HLeLv28 специализировалась на охоте за поездами на Мурманской железной дороге. На некоторых экземплярах MS.406 в этой части 20-мм пушки HS9 или HS404 заменялись трофейными 12,7-мм пулеметами Березина (УБ). Хотя MS.406 был в общем-то популярен у финских летчиков, он оказался весьма неприятным в условиях суровой зимы и HLeLv28 страдала от низкой боеспособности самолетов.
Когда вермахт оккупировал в ноябре 1942 г. вишистскую Францию, среди захваченных самолетов оказались MS.406 летных школ и учебных эскадрилий, а также небольшое количество истребителей этого типа, хранившихся в резерве. Большая часть из 46 выявленных MS.406 после переборки была передана ВВС Хорватии и составила вооружение двух эскадрилий.
Тем временем выпуск MS.406 по лицензии продолжался в Швейцарии, где в 1942 г. он стал самым массовым истребителем ВВС. После оценки в конце 1937 г. MS.405 швейцарским летчиком, швейцарское правительство запросило лицензию на его производство и заказало два самолета-образца у фирмы- разработчика. Эти самолеты-образцы в основном были подобны серийным MS.406 для французских ВВС и отличались только требуемыми приборами, радиостанцией и вооружением. Обозначенные MS.406H, они сохранили мотор Испано-Сюиза 12Y31 и были оборудованы под установку одного 7,49-мм швейцарского пулемета в каждом крыле. Первый MS.406 был оснащен винтом Шавьер 351 и вылетел из Виллакублэ в Швейцарию 11 сентября 1938 г., второй, с винтом Испано-Сюиза 270, последовал за ним 15 апреля 1939 г. Тем временем шла подготовка к сборке самолетов у 'Эйдгеноссишен флюгцойгверк' (EFW) в Эммене. Эту сборочную линию должны были снабжать несколько субподрядчиков. Моторы 12Y31 по лицензии должны были строить компании 'Заурер' и SLM, а винты изготовлять фирма 'Эшер-Висс'. Обозначенный в Швейцарии D-3800, MS.406H начал покидать сборочную линию EFW в ноябре 1939 г. В апреле 1940 г. три разведывательные части – 13-я, 14-я и 20- я были превращены в истребительные и вооружены D-3800, а 19 -я заменила свои устаревшие Девуатин D.27 на истребители постройки EFW. Последовательно изготовили 80 D-3800, последний из которых был поставлен 29 августа 1940 г. Позднее, в 1942 г., еще два D- 3800 были собраны из запчастей.
Наиболее серьезным недостатком MS.406 было отсутствие достаточно мощного двигателя. Швейцарцы в значительной мере разрешили эту проблему приспособлением истребителя к мотору Заурер -SLMY31, дававшему 1020 л.с. на взлете и 975 л.с. на 3250 м. А. Заурер получил лицензию на производство