сентябре 1950 года в США был принят закон о внутренней безопасности (закон Маккарена — Вуда), по которому срок тюремного заключения за шпионаж в мирное время был увеличен до десяти лет. В соответствии с этим законом десять миллионов американцев — государственных чиновников и сотрудников частных фирм — подверглись проверке на лояльность. В конгрессе США была создана пресловутая комиссия сенатора Маккарти по расследованию антиамериканской деятельности, жертвами которой стало более ста тысяч человек.
Антисоветская истерия ещё больше усилилась после того, как 29 августа 1949 года в Советском Союзе было проведено испытание атомной бомбы. Власти США были настолько напуганы наступившим концом своей монополии на это смертоносное оружие, что объявили об этом событии только спустя две недели, инспирировав предварительно специальный запрос журналистов. В результате проведённого расследования ФБР США пришло к выводу, что американские атомные секреты Советскому Союзу выдал английский учёный-пацифист Клаус Фукс. К тому времени Фукс уже был в Англии. Американцы передали данные на Фукса англичанам. В Англии Фукс был осуждён на 14 лет тюремного заключения, хотя к моменту ареста Фукса ни англичане, ни американцы не имели никаких конкретных данных для предъявления ему обвинения. До момента, когда Фукс сам признался, никто ничего толком не мог доказать.
2 февраля 1950 года К. Фукс был арестован, и ему было предъявлено официальное обвинение. Американские власти просили правительство Великобритании о выдаче Фукса, но английские власти отказались.
24 июня 1959 года, после девяти с половиной лет заключения, за примерное поведение Фукс был освобождён. Он сразу же направился в Восточный Берлин, хотя имел много предложений от университетов Англии, Канады и ФРГ. В ГДР он и прожил до последних своих дней.
В результате предательства Э. Бентли советская агентурная сеть в США была разрушена и её пришлось создавать заново. Для решения этой задачи в 1949 году в США прибыл разведчик-нелегал В. Г. Фишер, ставший затем известным как Р. Абель. Нелегалам Филоненко было поручено работать параллельно с ним в Латинской Америке. Совершив предварительно несколько поездок в ряд латиноамериканских стран с целью закрепления легенды-биографии и проверки документов, в январе 1955 года они выехали в Бразилию, где Михаилу Ивановичу, выдававшему себя за бизнесмена, предстояло заниматься коммерческой деятельностью. На плечи Анны Фёдоровны легли заботы по выполнению оперативно-технических задач — обеспечение сохранности секретных документов, «страховка» мужа при его выходах на встречи в городе. Поначалу всё вроде бы шло неплохо, однако первая попытка Михаила стать бизнесменом провалилась. Созданная им коммерческая фирма разорилась: сказалась неопытность в делах подобного рода.
Впрочем, для Бразилии того времени это не было чем-то необычным: годы благополучной экономической конъюнктуры сменились годами затяжной депрессии. Ежедневно в стране разорялось несколько десятков больших и малых фирм. «Было время, когда опускались руки, казалось, что лучше всё бросить», — вспоминала Анна Фёдоровна. Но даже первый печальный опыт предпринимательства принёс разведчикам пользу. Михаилу несколько раз удалось удачно сыграть на бирже. Заработанных денег с лихвой хватило, чтобы открыть новую фирму и начать коммерческую деятельность с чистого листа. Постепенно бизнес Михаила стал приносить ощутимые дивиденды, и коммерческие дела резко пошли в гору.
Через год Михаил уже завоевал репутацию серьёзного и преуспевающего бизнесмена, часто ездил по континенту, заводил связи среди крупных чиновников, представителей военной и аристократической элиты Латинской Америки, в деловых кругах.
Когда их легализация в Новом Свете закончилась, супруги Филоненко приступили к выполнению разведывательных заданий Центра.
Главной задачей разведчиков было выявление реальных планов США в отношении нашей страны, особенно — военно-политических. В Латинской Америке получить такую информацию было легче, чем в самих Соединенных Штатах: Вашингтон делился с партнёрами из Западного полушария своими планами, имея в виду их использование в будущей войне против СССР.
4 сентября 1945 года Объединенный разведывательный комитет объединенного комитета начальников штабов США составил меморандум для президента Гарри Трумэна, в котором в предполагаемой войне против СССР намечалось двадцать целей для нанесения по ним атомных ударов. Этот план не был реализован, поскольку Тогда Соединенные Штаты к крупномасштабной войне против нашей страны ещё не были готовы.
В 1946 году разрабатывается новый уточненный план «Бройдер». А в 1948 году на свет появится сразу целая серия планов войны против СССР: «Граббер», «Эразер», «Даблстар», «Лафмин», «Интермеццо», «Флитвуд», «Сиззл».
Следующий, 1949 год ознаменовался принятием новых планов тотального уничтожения нашей страны: «Дротшоп» и «Оффтэкл». Так Вашингтон реагировал на появление атомного оружия в СССР. Планам ядерного нападения США на СССР и страны народной демократии специально давались бессмысленные наименования, дабы «ввести противника в заблуждение». И каждый план, каждая разработка сценария мировой катастрофы лишь увеличивала число целей для ядерных бомбардировок. Сейчас можно с полной уверенностью утверждать, что мир был спасён от ядерной катастрофы только потому, что СССР, еще не оправившись от страшных разрушений войны, смог мобилизовать все силы и создать собственное атомное оружие, а в 70-е годы — достичь ядерного паритета с Соединенными Штатами.
Важное место в деятельности разведчиков-нелегалов занимало освещение политики США и их союзников на международной арене. Накануне каждой сессии Генеральной Ассамблеи Организации Объединенных Наций на стол советской делегации ложились документы, содержавшие подробную информацию о позиции основных стран мирового сообщества. Эти документы добывали нелегалы Филоненко.
Анна Фёдоровна была надёжной подругой и помощницей мужа. Во время частого осложнения обстановки в стране, в которой военные перевороты не были редкостью, она проявляла выдержку и самообладание. Этому способствовало и прочное положение нелегалов на континенте. Михаилу Ивановичу удалось проникнуть в окружение президента Бразилии, завязать знакомство со многими министрами правительства страны, которых он часто приглашал на обеды к себе на виллу.
Михаил подружился даже с парагвайским диктатором Стресснером. Будучи в прошлом офицером германского вермахта и знатоком стрелкового оружия, хозяин Парагвая однажды увидел, как метко стреляет элегантный коммерсант, и пришёл в неописуемый восторг. В дальнейшем он неоднократно приглашал Михаила поохотиться на крокодилов. В беседах с разведчиком был предельно откровенен. Подобной «чести» удостаивались лишь избранные.
В результате хорошо налаженной разведывательной работы от нелегалов регулярно поступала актуальная политическая информация. Вскоре в семье родился ещё один ребёнок, сын Ваня.
Но не всё всегда бывает гладко. Уже в Москве они вспоминали такой случай. На помощь супругам, воспитывающим троих детей, Центр прислал молодого сотрудника. Встреча с ним состоялась в небольшом ресторане. Не успев ещё сообщить Михаилу Ивановичу указания Центра, этот работник принялся активно пробовать горячительные напитки, затем заказал оркестру популярную танцевальную мелодию, стал её напевать, приплясывать на танцевальном пятаке и тем самым привлекать внимание окружающих.
Такое поведение недопустимо для нелегального работника. По легенде, Михаил Иванович должен был познакомиться в ресторане с молодым, перспективным бизнесменом и установить с ним в дальнейшем партнерские отношения. Видя, что поведение посланца Центра выходит за все установленные для разведки рамки и грозит расшифровкой, Михаил Иванович поспешил доставить парня в гостиницу, в которой тот остановился, и направил в Центр телеграмму с просьбой срочно отозвать в Москву гуляку.
В 1957 году в Нью-Йорке был арестован разведчик-нелегал Вильям Фишер, назвавшийся при аресте Рудольфом Абелем, параллельно с которым работали супруги Филоненко. Во избежание их расшифровки и сохранения созданной ими агентурной сети, имевшей выходы на США, Центр принял решение изменить условия связи с разведчиками-нелегалами. Связь с Центром поддерживалась теперь только по радио. Разведчикам передали коротковолновую быстродействующую радиостанцию, «выстреливавшую» информацию за секунды. Анне Фёдоровне пришлось вспомнить свою военную специальность радистки.