В этот период сформировался «первый состав» команды Квашнина, куда вошли:
Вячеслав Тихомиров (тогда – Командующий временной объединенной группировки; позже – командующий внутренними войсками, друг Квашнина);
Виктор Казанцев (тогда – начальник штаба СКВО; сейчас – Полномочный Представитель Президента РФ в Южном федеральном округе);
Геннадий Трошев (Командующий 58-й армией);
Владимир Шаманов (тогда – командующий группировкой МО; сейчас – губернатор Ульяновской области);
Константин Пуликовский (Полномочный Представитель Президента РФ в Дальневосточном федеральном округе).
Тогда же Квашнин, по некоторым данным, установил доверительные отношения с Валентином Корабельниковым , начальником ГРУ ГШ МО РФ.
В 1996 году Евгений Савостьянов стал начальником Главного управления кадров Администрации Президента РФ, курирующим ВС. Говорят, что тогда наладился хороший контакт с между ним и Квашниным – оба выступали с жестких позиций по отношению к Чечне. В том же году сторонники Квашнина Георгий Шпак (сейчас Шпак и Квашнин – противники) и Валерий Манилов стали соответственно Командующим ВДВ и заместителем начальника Генштаба (курировал идеологию).
Спустя год, в мае 1997 года, с подачи Савостьянова, уже – заместителя Руководителя Администрации Президента РФ, лидер группы Квашнин был назначен и.о. начальника Генштаба, а в июне был утвержден в этой должности Б.Ельциным.
На этом посту Квашнин, как говорят, развил бурную деятельность, в краткие сроки разработав план реструктуризации ВС РФ и фактически превратив Генштаб в самостоятельное от министерства обороны ведомство. Он, как уже упоминалось, даже инициировал подписание Б.Ельциным распоряжения, позволяющего ему в экстренных случаях обращаться напрямую к Президенту, минуя министра. Забегая немного вперед, скажем, что в ответ министр обороны инициировал создание Главного командования стратегических ядерных сил, не подчиняющееся начальнику Генштаба. Кстати, именно в этом кроется причина патологического неприятия Квашниным РВСН.
Несмотря на то, что министром обороны стал противник Квашнина Игорь Сергеев, начальник Генштаба начал кадровые продвижения своих людей: Виктор Казанцев стал Командующим СКВО, Геннадий Трошев стал его заместителем; в августе 1997 года начальником Главного оперативного управления ГШ стал Юрий Балуевский; в ноябре – Главнокомандующим ВМФ стал однокурсник Квашнина по академии ГШ Владимир Куроедов.
В августе 1997 года министром юстиции был назначен другой член команды – Сергей Степашин. В результате, по некоторым данным, сформировалась связка: Савостьянов – Степашин – Квашнин. Говорят, что в круг лиц, с которыми контактировал в Администрации Президента РФ Квашнин в этот период входил и Владимир Путин .
В ходе войны Квашнина с Игорем Сергеевым, был отставлен Петр Дейнекин, Главком ВВС, сопротивлявшийся объединению ВВС и ПВО. На его место был поставлен генерал-полковник авиации Анатолий Корнуков
