Деятельность Феоктиста, за короткий срок сделавшего бедный монастырь и безлюдный край процветающими и богатыми, поражала воображение. И невольно возникала у людей мысль: да что бы было у нас на Руси, если бы не опричнина, не террор, не дурацкая, никому не нужная Северная война, вымотавшая все ресурсы государства?! И такие разговоры люди вели между собой, тем более что недовольных царем в Сарском монастыре было более чем достаточно. Шила в мешке не утаишь, пошли доносы в Москву: мол, ссыльные живут себе здесь припеваючи, царя-государя хулят, заговоры плетут, с князем Курбским переписываются. Кончилось дело тем, что направил царь к Сарскому монастырю военный отряд во главе с Баскаковым. Вот тут крепостные стены и пригодились. Постоял под ними месяца три Баскаков, пока не разграбил окрестных крестьян и не кончились у него все запасы продовольствия (а в монастыре их на пять лет хватит!), и ушел не солоно хлебавши.
Феоктист, однако, был достаточно умным человеком, чтобы понять, что одними стенами от царя не защититься. Собрал он в ризнице драгоценные предметы огромной стоимости — будет монастырь, еще наживем! — и направил в дар царю, казна которого была разорена дурацкою войною, — тем и откупился.
Смутное время не оказало какого-либо существенного влияния на судьбу Сарского монастыря ввиду его удаленности от мест, где происходили основные события. Но насельники обители горячо переживали происходящее, предавали анафеме самозванцев, рассылали послания в различные русские города с призывом постоять за Православие, внесли большое пожертвование на ополчение и, разумеется, усердно молились за спасение отечества.
Во времена Михаила Федоровича и Алексея Михайловича событий, особо достойных внимания, в жизни монастыря не происходило, в связи с чем мы можем сказать: «И слава Богу!» Прочная афонская традиция, заложенная Даниилом и Филофеем, помогла монастырю избежать соблазна раскола. Конечно, вызывает сожаление, что духовное горение, достигшее там наивысшей силы при Филофее, все более и более угасало. Но такова была эпоха. Впрочем, в начале XVIII века в Сарской обители неожиданно произошел новый духовный взлет.
В 1705 году игуменом обители был назначен иеромонах Московского Чудова монастыря Тихон. Формально это было для него повышение. Но в действительности таким образом Местоблюститель Патриаршего Престола митрополит Стефан Яворский удалял из Москвы одного из самых активных представителей грекофильской партии и противника латинофилов.
Постепенное проникновение в Москву латинской учености с Украины (после ее присоединения к России) вызвало в первопрестольном граде неоднозначную реакцию. Киевские ученые мужи, среди которых наиболее яркой личностью был Симеон Полоцкий, нашли восторженный прием при дворе и в высших слоях общества, где усиливается интерес к западной, и особенно польской, культуре. Иначе отнеслись к этому монашеские круги, тяготевшие к греческой традиции. Для обеих сторон было ясно, что дело тут не в языке. Речь шла о том, на какой системе, на какой традиции будут воспитываться наши будущие поколения, какой образ мыслей, менталитет, какие духовные ценности будут формироваться у них.
Этот же вопрос беспокоил и восточных патриархов, на протяжении столетия настойчиво убеждавших царей в необходимости создания в Москве греческой школы. И вот в 1681 году такая школа была создана. Ее основал русский иеромонах Тимофей, 14 лет проведший на Востоке. Смысл и значение этого события поняли и грекофилы и представители латинской партии, сразу же начавшие строить против нее козни. В письме царю, выражая радость в связи с учреждением в Москве «еллинской школы», Иерусалимский патриарх Досифей писал: «Сие есть Божественное дело, еже учити христианом греческий язык, во еже разумети книги православным веры... и наипаче, дабы отдалены были от латинских, иже исполнены суть лукавства и прелести, ереси и безбожества...»
Такова была обстановка в Москве, когда Тихон, достаточно уже разумевший греческий язык, по благословению своего духовного отца старца Евфимия поступил на учебу в школу Тимофея. Проучившись там четыре года, он уже мог свободно читать и говорить по-гречески.
В 1685 году в Москву для создания там высшей школы, академии, приехали из Греции братья Лихуды. На девятый день пребывания в столице им было предложено принять участие в диспуте с другим претендентом на пост ректора академии, прибывшим из Польши, Яном Белобоцким. В качестве темы был избран вопрос о времени пресуществления Святых Даров, который уже длительное время будоражил город: о нем спорили в храмах, во дворцах, на улицах, в трактирах, на базарах. Страсти иногда накалялись настолько, что дело доходило до рукоприкладства. Вот почему диспут привлек внимание двора и всей Москвы. Проходил он в присутствии вдовствующей царицы Марфы.
Тихону с большим трудом удалось проникнуть на диспут. Затаив дыхание, он следил за жаркими дебатами. Братья Лихуды побеждали, в этом не было сомнения, их аргументы были убедительными и неоспоримыми. И, слушая их, Тихон постиг истинный смысл того, из-за чего кипели страсти. Это не был схоластический спор. Лихуды защищали православный обряд и православную литургию от нападок рационалистов. «Вот в чем теперь главная опасность,— думал Тихон. — Враг Церкви будет теперь стремиться разложить ее изнутри, убив ее как единый мистический организм, а мертвую, окаменевшую структуру использовать в своих бесовских целях».
Тихон понял: нужны знания, но одних знаний для борьбы с грозящей опасностью недостаточно. Вот почему он отказался от предложения Лихудов поступить в их академию и затворился в Чудовом монастыре. Отношений с Лихудами он, однако, не порывал и пытался поддерживать их в тех бедах и «прещениях», которые, как жаловались они, сыпались на них «на всяк день», сначала от фанатичного приверженца латинского обучения Сильвестра Медведева, доверенного лица царевны Софьи и князя Василия Голицына, затем от его последователей. С приходом к власти Петра латинофильская партия еще больше укрепила свои позиции. Славяно-греко-латинская академия, в которой Лихудов заменили киевские учителя, стала Славяно-латинской.