Комплект R-3 состоял из четырех пулеметов MG-17 калибра 7,92 мм, смонтированных на единой кон струкции, которая, также как и комплект R-2, монтировалась под фюзеляжем. Боекомплект состоял из 500 патронов на ствол.
Комплект R-4 представлял собой четыре бомбодержателя ЕТС-50, монтируемых в нижней передней части фюзеляжа. К комплекту прилагался переходник для подвески одной 250-кг бомбы или сбрасываемого топливного бака емкостью 300 литров. Известны фотографии Hs-129B с внешним бакам, сделанные только в заводских условиях. Скорее всего, на фронте внешние топливные баки на Хеншелях никогда не использовались, или применялись исключительно при перегонке машин. В то же время существует довольно большое количество фронтовых снимков, на которых запечатлены Hs-129B с подве шенной 250-кг бомбой, однако чаще использовались ЕТС-50 в «чистом» виде - для подвески четырех бомб SC-50 или четырех контейнеров АВ-24.
Для выполнения задач тактической фоторазведки предназначался комплект R-5, в его состав входил установленный в фюзеляже объективом вниз фотоаппарат Rb-20/30 или Rb-50/30. Установка данного комплекта уменьшала боекомплект к штатному бортовому стрелковому вооружению.
В январе 1942 г. было сформировано первое подразделение ударных самолетов поля боя -1. Gruppe/ Schlachtgeschwader-1, на вооружении которого состояли самолеты Hs-123 и Bf.l09E. На вооружение 4-го стаффеля этой группы, который базировался на аэродроме Липпштадт в северо-западной Германии поступили предсерийные Hs-129B-0 и первые серийные Hs-129В-1. Самолеты Николауса передали летчикам в середине апреля, а 10 мая 1942 г. стаффель прибыл на Восточный фронт. Штаб и две группы Schlachtgeschwader-1 находились в подчинении командования 4-го воздушного флота, действовавшего на южном участке советско-германского фронта. Летчики новой эскадры принимали участие в третьем штурме Севастополя, который начался 8 мая. В начале июня 4-й стаффель получили комплекты R-2 с 30-мм пушками и был переброшен под Харьков, где пилотам Hs-129 предстояло остановить наступающие советские танки. В боях под Харьковом новые штурмовики сыграли весьма заметную роль: к середине июня летчики стаффеля записали на свой счет 23 танка, а их действия порой вызвали панику личного состава подразделений Красной Армии. Успешный боевой дебют самолета Hs-129 омрачали проблемы с надежностью моторов Гном-Рон. В лучшем случае - двигатели «всего-навсего» не развивали полную мощность, в худшем - неожиданно загорались. Постоянно ощущалась не хватка запасных частей к Гном- Ронам, к тому же двигатели оказались крайне чувствительны к засорению посторонними частицами, которых в украинских степях оказалось более чем достаточно. Понятно, что механики люфтваффе не питали нежных чувств к французским моторам, а разработка новых фильтров к Гном-Ронам растянулась на целых пять месяцев.
Летчики 4.Sch.G-I не являлись пионерами в использовании 30-мм пушек для борьбы с танками противника, но они разработали новую тактику борьбы с танками. Пилоты навскидку выпускали весь боекомплект по одной цели, в результате с высокой вероятностью танк выводился из строя. Недостаток такого метода был один - в одном вылете поражалась только одна цель. В полевых условиях выяснилось, что авиационные оружейники не готовы обслуживать 30-мм пушки, процент отказавших орудий постоянно возрастал, соответственно росло и количество самолетов, на которых комплекты R-3 меняли на бомбодержатели ЕТС-50.
Летом 1942 г. каждой истребительной эскадре, действовавшей на Восточном фронте, планировалось придать по одному противотанковому стаффелю, вооруженному штурмовиками Hs-129B-1. Первым и пос ледним таким стаффелем стал Panzerjager Staffel/JG-51 «Molders». сформированный 1 августа 1942 г. Первым командиром данного подразделения стал обер-лейтенант Эггерс. Дальнейшие планы изменения структуры истребительных эскадр были аннулированы.
