Hs-129B-2/R2 - вариант с подфюзеляжной установкой 30-мм автоматической пушки МК-101 (с лета 1943 г. МК-103) с боекомплектом в 100 снарядов. Пушка МК-103 представляла собой дальнейшее развитие орудия МК-101, МК-103 имела более высокую начальную скорость снаряда и более настильную траекторию.
HS-129B-2/R3 - вариант, вооруженный пушкой ВК-3,7 с боекомплектом из 12 снарядов. Пушка ВК-3,7 представляла собой модификацию зенитного орудия Flak-3,7 калибра 37 мм. При установки комплекта R3 снимались штатные фюзеляжные пулеметы штурмовика.
Орудиями ВК-3,7 вооружались немногие штурмовики, поскольку более легкие пушки МК-103 имели больший боекомплект и больше подходили для борьбы с танками. Кроме того, существовал определенный дефицит 37-мм пушек, которые в первую очередь шли на вооружение противотанковых Ju-87G, по две пушки на один самолет). О боевом применении Hs-129B-2/R3 сведений не имеется.
Штурмовики, вооруженные пушками ВК-7,5 калибра 75 мм получили обозначение Hs-129B-3, однако встречалось и обозначение Hs-129B-2/R4.
Наиболее интересным противотанковым оружием, из числа использовавшихся на Hs-129B были безоткатные «специальные устройства» - Sondergerat SG-113A «Forstersonde». Три таких самолета поступили в испытательный центр Тарновитц. Устройство SG-113A представляло собой шесть стволов калибра 77 мм. обращенных дулами вниз под углом 15 град, к вертикали. Каждый ствол снаряжался сдвоенным зарядом, один из которых компенсировал отдачу при выстреле. Снаряд калибра 77 мм из мягкой стали имел сердечник из твердого сплава диаметром 45 мм. Оружие в теории приводилось в действие автоматически по сигналу Т-образного магнитомера, смонтированного на штанге в передней части фюзеляжа самолета. Предполагалось, что в полете на высоте 5-15 м над землей магнитомер будет способен обнаруживать крупные металлические объекты - танки. Никаких сведений об использовании вооруженных подобным образом самолетов на фронтах не сохранилось.
Начиная с осени 1942 г. постоянно росло не только количество русских танков, но улучшалось и их качество. Новые варианты KB и Т-34 превосходили по своим характеристикам немецкие PzKpfw.III и PzKpfw.IV.
Новые модели русских танков создали проблемы для летчиков подразделений Panzerjager: снаряды пушек МК-101 не пробивали ни 75-мм лобовую броню KB, ни лобовую броню толщиной 45 м танка Т-34. В штаб люфтваффе поступил рапорт следующего содержания: - во многих случаях пушка МК-101 оказывается не эффективным оружием. Часто танки противника продолжают движение даже после нескольких прямых попаданий 30-мм снарядами. Необходимо вооружить самолеты Hs-129 более мощным оружием, способным поражать вражеские танки с одного-двух выстрелов.