Проблемы у Атона — начались после досрочных президентских выборов. Маркулов и Щербань ставили на Кравчука, но неожиданно выиграл Л. Кучма. Премьер-министром — стал бывший глава СБУ Е. Марчук, но так как у него совершенно не было хозяйственного опыта — первым вице-премьером был назначен днепропетровский губернатор Павел Лазаренко, политик мафиозного типа, человек решительный и жестокий. Сразу же началась атака на Атон, в офис зачастили налоговики, а Маркулов был вынужден покинуть страну.
Есть кстати и другая версия этого конфликта: в приемной президента Украины (по другим данным, вице-премьера Звягильского) Маркулов сказал кому-то из бизнесменов — ориентироваться надо на меня, а не на этого вон. И кивнул на выходящего из кабинета только что ушедшего в отставку Кучму. Кучма это запомнил…
Щербань же остался и при Кучме. Он снова разделил бизнес с Маркуловым и Баскаковым, и принял исходящий из Киева и Днепропетровска политический вызов. Его ответ на этот вызов заключался в следующем:
— продвинуть на пост президента Украины донецкого губернатора В. Щербаня (однофамилец)
— создать донецкую политическую партию и добиться ее прохождения в Раду
— создать общественное объединение предпринимателей Донбасса и не допустить в область представителей других регионов, прежде всего Киева и Днепропетровска. Как Щербань выразился на собрании предпринимателей — сдадим свои позиции, и у наших детей даже ларька на своей земле — не будет.
Щербань создал новую финансово-промышленную группу — ИСД, Индустриальный союз Донбасса. Кроме того, Щербань взял в бизнес нового партнера — дальнего родственника Ахатя Брагина — Рината Ахметова.
По свидетельствам очевидцев — Щербань активно пытался выйти на Лазаренко и помириться, он неоднократно говорил ему: не будет меня — не будет и тебя (это оказалось правдой). За месяц до смерти — он заявил в телеинтервью, что есть силы, пытающиеся столкнуть лбами Донецк и Днепропетровск. Такой силой — мог быть только президент Украины Л. Кучма, и стоящие за ним силы.
В октябре 1995 года — на стадионе Шахтер прямо посреди футбольного матча был взорван криминальный авторитет Ахать Брагин. В июле 1996 года — на трассе Борисполь-Киев пытались подорвать машину Павла Лазаренко, который стал премьер-министром. Сам Щербань, понимая, что остался без прикрытия, и что Лазаренко может подумать, что это он пытался его взорвать — в июне 1996 года выехал в Чехию, но уже в июле вернулся.
Убийство Щербаня — по версии следствия совершила банда некоего Кушнира — как и многих других на Донбассе. Кушнир — якобы бросил вызов самому Брагину в попытке стать криминальным королем Донбасса. При этом, есть люди, которые вообще сомневаются в том, что такая банда была, а совершенные убийства (в том числе и Щербаня) — приписывают совсем другим людям…
Согласно обвинительному заключению по делу Щербаня — осенью 1996 года в Москве встретились криминальные авторитеты Магомед Алиев (Мага) из банды Кушнира, а так же Болотских и Синякин из Москвы. Болотских и Синякин высказали Маге претензии в неисполнении своих обязательств (судя по всему речь шла о каких-то кусках донецкого бизнеса в обмен на киллерские услуги, московские по версии следствия к этому моменту совершили уже пять заказных убийств). В ответ — Мага предложил ликвидировать Щербаня, на что Болотских (бывший боец Внутренних войск) и Синякин согласились. Мага сказал, что после ликвидации Щербаня его бизнес перейдет к нужным людям и от этого — что-то перепадет и москвичам.
Болотских, который был одновременно и бизнесменом и бандитом — собрал банду и обрисовал ей перспективы. Банда разработала план ликвидации Щербаня в аэропорту, так как было известно, что Щербань часто пользовался чартерными авиарейсами, то есть арендовал у местной авиакомпании самолет.
Подготавливая акцию, бандиты около месяца вели разведку, три раза посетили аэропорт. Им было важно получить схему движения в аэропорту, узнать про силы милиции в аэропорту и время их реагирования, куда и как заруливает на стоянку самолет, как подается машина. Вообще, на фоне обычных бандитских ликвидаций уровня «киллер в подъезде» банда Болотских отличалась организованностью и профессионализмом.
Исполнителями — стали сам Болотских, Геннадий Зангелиди и Валерий Пушняков. При этом, Болотских должен был стать непосредственным исполнителем, он должен был застрелить Щербаня, Зангелиди должен был обеспечивать силовое прикрытие Болотских (он располагал автоматическим оружием), Пушняков — должен был обеспечить быстрый отход банды, являясь водителем автомобиля. Однако, всего в ликвидации было задействовано свыше 15 бандитов — наблюдение и резерв.
Пушняков — до нападения дважды на Ваз-21099 заезжал на летное поле через ворота грузового терминала, чтобы проверить возможность этого. Болотских и Зангелиди отрабатывали проникновение пешком (в костюмах летных техников) и на велосипедах. Велось постоянное наблюдение за аэропортом, банда располагала современными рациями и средствами наблюдения, бандиты так же имели скрытые наушники и микрофоны для координации действий. Кроме того, банда располагала пистолетами, пистолетом-пулеметом Аграм-2000 и автоматом АК, который положили в машину Пушнякова.
Акция 03 ноября — по словам Болотских, была третьей. Две предыдущие стали неудачными — в одном случае Щербань уехал до того, как боевики проникли на летное поле, другой раз — его не оказалось в самолете. Однако, боевики не засветились и не были раскрыты.
03 ноября — Болотских и Зангелиди проникли в аэропорт на велосипедах, в то же время Пушняков, одетый в форму работника милиции — въехал на территорию аэропорта на машине. Щербань в тот день возвращался в Донецк с серебряной свадьбы И. Кобзона.
Болотских и Зангелиди приблизились к самолету, после чего Болотских, сделав вид, что собирается пройти к самолету, приблизился к группе людей,