Из числа наиболее преданных рабочих Гапон организовал Тайный комитет, который собирался на его квартире. Ближайшими соратниками попа- революционера были рабочие И. В. Васильев и Н. М. Варнашёв. На собраниях комитета читалась нелегальная литература, изучалась история революционного движения и обсуждались планы будущей борьбы рабочих за свои права. Замысел Гапона состоял в том, чтобы объединить широкие рабочие массы и поднять их на борьбу за свои человеческие права, за свои экономические и политические интересы.
При этом активный и целеустремленный Гапон вербовал все новых и новых сторонников. Осенью 1903 года ему удалось привлечь к работе в Собрании влиятельную группу рабочих с Васильевского острова, известную как «группа Карелина». Ведущую роль в ней играли супруги Алексей Карелин и Вера Карелина. Последним Гапон открыл свой план, состоявший в том, чтобы постепенно объединить рабочих всей страны.
В конце 1903 года рабочие из группы Карелина вступили в Собрание и заняли в нем руководящие посты. А в марте 1904 года Григорием Гапоном и рабочими И. В. Васильевым, Н. М. Варнашёвым, Д. В. Кузиным и А. Е. Карелиным была принята так называемая «программа пяти», ставшая тайной программой организации. Именно она впоследствии практически целиком вошла в состав петиции, с которой рабочие шли к царю 9 января 1905 года.
С мая 1904 года началось открытие новых отделов Собрания в разных частях города. Затем Гапон попытался распространить деятельность Собрания и на другие города России, совершив поездку в Москву, Киев, Харьков и Полтаву. В Москве по приказу московского генерал-губернатора Сергея Александровича Гапон был арестован и выслан из столицы, и на него был написан донос министру внутренних дел Вячеславу Плеве. Однако того вскоре взорвали, посему рассмотреть донос не успели.
В отличие от большинства революционеров Гапон не являлся интеллектуалом, не читал книг и не любил аргументированных разглагольствований. Его сила была в незаурядном ораторском таланте и практическом складе ума. Известный эсер Б. В. Савинков говорил, что у Гапона было «бьющее в глаза ораторское дарование». Большевик Д. Д. Гиммер указывал на «громадный демагогический талант», а французский журналист Э. Авенар считал, что Гапон обладал «даром народного, всепобеждающего красноречия». Современники поражались, что, будучи неинтересным и невнятным собеседником, перед большой аудиторией вождь рабочих мог без запинки произносить длинные речи, производя сильнейшее впечатление и приковывая к себе всеобщее внимание. Когда он выступал перед толпой, тысячи людей слушали затаив дыхание, сохраняя полнейшую тишину и стараясь уловить каждое слово. Речи Гапона, хотя и не отличались содержательностью, оказывали магическое действие на людей.
Важным моментом был и тот факт, что, в отличие от Ленина с Троцким и других типичных революционеров, Гапон не происходил из интеллигентской среды, воспринимался простым народом как свой, умный и добрый батюшка, который всегда защитит и приласкает. К тому же Гапон не был евреем, армянином и даже мордвином, у него было типичное русское, да еще приятное лицо. В общем, по всему было видно – «свой» человек.
Сам же Гапон говорил, что его устами говорит сам Господь. И это очень точно отражало его взгляды. По всей вероятности, революционный священник считал себя мессией, можно сказать, вторым Иисусом Христом. Даже внешность Гапона чем-то напоминала последнего. Да и сам формат общения и отношений его с рабочими, с простым людом очень напоминал проповеди Иисуса. Мол, идите за мной, люди добрые, и я спасу вас, приведу к лучшей жизни.