29 августа: Военной коллегией Верховного Суда СССР бывший руководитель военной контрразведки НКВД СССР в 1938 году Л.М. Заковский приговорен к расстрелу. Не реабилитирован.
20 сентября: принято Постановление Политбюро ЦК ВКП(б) об учете, проверке и утверждении в ЦК ВКП(б) номенклатуры ответственных работников ряда наркоматов, в том числе и НКВД.
Сентябрь — декабрь: арестованы 332 руководящих работника НКВД, проведена почти полная замена руководителей центрального аппарата, республиканских, областных и краевых УНКВД.
24—25 сентября: женский экипаж ВВС в составе В.С. Гризодубовой, П.С. Осипенко и уполномоченного Управления особых отделов НКВД М.М. Расковой на самолете АНТ-37 «Родина» совершил рекордный беспосадочный перелет по маршруту Москва — Дальний Восток.
29 сентября: на основании Постановления Политбюро ЦК ВКП(б) «О структуре НКВД СССР» Приказом НКВД объявлена новая структура Наркомата. Восстановлено ГУГБ во главе с Л.П. Берией, на базе управления особых отделов организован 4-й (Особый) отдел ГУГБ НКВД СССР.
30 сентября: Германия захватила Судетскую область Чехословакии.
25 октября: арестован бывший руководитель военной контрразведки НКВД в 1937–1938 годах Н.Г. Николаев-Журид. Приговорен к высшей мере наказания, расстрелян. Не реабилитирован.
Ноябрь: на заседании Военного совета при наркоме обороны маршал К.Е. Ворошилов заявил, что за последние два года из армии было «вычищено» более 40 тысяч человек.
Начальником 4-го (Особого) отдела ГУГБ НКВД СССР назначен В.М. Бочков.
2 ноября: уполномоченному 4-го (Особого) отдела ГУГБ НКВД летчице М.М. Расковой присвоено звание Героя Советского Союза.
9 ноября: в результате пыток и избиений следователями НКВД в Лефортовской тюрьме скончался находившийся под следствием бывший командующий Дальневосточным фронтом, Маршал Советского Союза, почетный работник ВЧК-ГПУ В.К. Блюхер.
12 ноября: застрелился начальник УНКВД по Ленинградской области комиссар госбезопасности 3-го ранга М.И. Литвин.
14 ноября:
17 ноября: за подписями И.В. Сталина и В.М. Молотова вышло Постановление ЦК ВКП(б) и Совета народных комиссаров СССР «Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия». По смыслу и содержанию постановления вся вина за массовые репрессии возлагалась на НКВД и Прокуратуру СССР.
23 ноября: Н.И. Ежов письменно обратился в Политбюро ЦК ВКП(б) с просьбой об освобождении от должности наркома внутренних дел. В письме Ежов отметил, что
24 ноября: Постановлением Политбюро ЦК ВКП(б) Н.И. Ежов освобожден от должности наркома внутренних дел с сохранением за ним должности секретаря ЦК ВКП(б), председателя комиссии партийного контроля ЦК ВКП(б) и наркома водного транспорта.
25 ноября: руководителем НКВД назначен Л.П. Берия.
26 ноября: издан Приказ наркома внутренних дел Л.П. Берии «О порядке осуществления Постановления СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года “Об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия”».
28 ноября арестован начальник 4-го (Особого) отдела ГУГБ НКВД СССР Н.Н. Федоров.
Декабрь: по решению Политбюро ЦК ВКП(б) направлены на работу в органы НКВД более 1500 партийных и советских работников, военнослужащих командного и политического состава РККА, передовых производственников.
«За принадлежность к контрреволюционной организации» к восьми годам заключения в исправительно-трудовом лагере (ИТЛ) осужден видный теоретик советских спецслужб, автор фундаментального труда «Шпионаж» С.С. Турло.
За год по материалам НКВД арестованы 638 509 человек, осуждены — 554 258, приговорены к высшей мере наказания — 328 618.
1939 год
7 января: нарком внутренних дел Л.П. Берия представил на имя И.В. Сталина проект Положения об особом техническом бюро при народном комиссаре внутренних дел, в котором в целях использования заключенных, имеющих специальные технические знания и опыт, предлагалось организовать конструирование и производство новых средств вооружения армии и флота.
10 января:
