И. В. Сталин (с 8 августа — главнокомандующий), В. М. Молотов, К. Е. Ворошилов, Б. М. Шапошников, С. М. Буденный, Г. К. Жуков. Представители Ставки направлялись на фронт.
30 июня 1941 г. был создан верховный орган, сосредоточивший всю власть в стране, — Государственный комитет обороны (ГКО) под председательством Сталина. В Комитет вошли В. М. Молотов, Л. П. Берия, Г. М. Маленков и К. Е. Ворошилов. Постановления ГКО имели силу законов военного времени. В прифронтовых городах создавались городские комитеты обороны (всего более 60). Были образованы и другие чрезвычайные органы, такие как Совет по эвакуации и Управление по эвакуации населения при СНК СССР.
3 июля 1941 г. Сталин после долгого молчания выступил по радио и в газетах. Его обращение начиналось тепло: «Товарищи! Граждане! Братья и сестры! Бойцы нашей армии и флота! К вам обращаюсь я, друзья мои». В трудный для страны час Сталин просил поддержки у своего народа, взывая к патриотическим чувствам людей: «Дело идет, таким образом, о жизни и смерти Советского государства, о жизни и смерти народов СССР…» Призыв лидера был услышан. Люди шли в бой за Родину и за Сталина, не щадили сил для отпора врагу.
Советская стратегия исходила из того, что Красная армия должна только наступать. Ее части, сосредоточенные вдоль границы, еще только развертывались для ведения наступления, что делало их уязвимыми. Многие части, особенно авиационные и танковые, еще не были полностью укомплектованы, и техника стояла без движения. Сотни советских самолетов на приграничных аэродромах были уничтожены при первом воздушном ударе Германии. Подобная участь постигла и другую технику. Германская армия имела богатый опыт военных операций, подготовка советских войск была гораздо хуже.
Неготовность СССР к оборонительной войне и лучшая подготовка германской армии обеспечили агрессору успех в первые месяцы войны. Уже 28 июня 1941 г. германская армия взяла Минск, весь советский Западный фронт попал в окружение и был разгромлен. Руководители Западного фронта, которых объявили ответственными за поражение, были расстреляны.
Вскоре после нападения началась перестройка советского общества на военный лад. Вся жизнь советских людей отныне подчинялась задаче обеспечения победы над фашизмом.
Миллионы людей добровольно приходили на призывные участки и шли на фронт. Резервные части выдвигались из глубины страны навстречу наступающей немецкой армии. Однако и они несли большие потери, так как не имели боевого опыта, поддержки танков и авиации (основная часть которых была потеряна в приграничных округах).
Отступать без приказа запрещалось. Выход из-под удара часто расценивался как преступление, и командиры боялись отдавать такие приказы. Части Красной армии не отходили под ударами противника, когда их соседи на флангах уже были разбиты, что облегчало нацистам окружение дивизий и даже фронтов. Это обрекало миллионы солдат на гибель и позор плена.
16 августа 1941 г. в приказе Ставки № 270 пленные были названы трусами и дезертирами. Сталин не делал различия между понятиями «сдаться в плен» и «оказаться в плену». Однако подавляющее большинство советских солдат попали в плен из-за грубых стратегических просчетов военно- политического руководства. В соответствии с приказом дезертиров расстреливали на месте, все попавшие в плен объявлялись предателями. Этот жесткий приказ сыграл определенную роль в укреплении воинской дисциплины.
10 июля началось Смоленское сражение. Победа должна была расчистить вермахту дорогу на Москву. По плану «Барбаросса» «клещи» группы армий «Центр» должны были замкнуться у Смоленска, но из-за сопротивления Красной армии это пришлось сделать у Минска. Теперь группа «Центр» попыталась повторить маневр у Смоленска. Город был взят, две советские армии окружены под Смоленском, еще две — южнее. Казалось, произошла новая катастрофа. Однако окруженные под Смоленском армии не сдались, а продолжали бороться за этот город. В конце июля — начале августа 1941 г. окруженная группировка прорвалась к своим.
Основной удар немцы нанесли на Украине. Стремясь выиграть время, Ставка слишком поздно разрешила отход Юго-Западному фронту. 15 сентября Юго-Западный фронт оказался в окружении. 20 сентября штаб фронта был разгромлен, а командующий М. П. Кирпонос погиб. В плен попали 650 тыс. человек.
Всего в 1941 г. Красная армия потеряла убитыми, пленными и пропавшими без вести более 3 млн человек — в основном тех, кто встал под ружье к началу войны. Однако вермахт упустил время, необходимое, чтобы успеть подойти к Москве до начала осенней распутицы и последующих морозов. На центральном участке фронта Красная армия даже предприняла контрнаступление под Ельней, освободив город 6 сентября 1941 г.
Одним из тяжелейших последствий отступления 1941 г. стало начало блокады Ленинграда. Решение Гитлера действовать сразу на трех стратегических направлениях делало задачи группы армий «Север» вспомогательными. Сил на штурм Ленинграда не оставалось, и 8 сентября 1941 г. город был блокирован. Гитлер планировал уничтожить этот второй после Москвы центр СССР. Однако немцам и их союзникам финнам пришлось остановить натиск на Ленинград. Блокада Ленинграда продолжалась полтора года. В городе стали заканчиваться запасы продуктов. Уже осенью норма выдачи продовольствия резко упала. Некоторым категориям населения выдавалось всего 125 г хлеба в день (но и этот кусочек представлял собой хлеб с примесями). В то же время ленинградцы сохранили ценнейшую коллекцию семян, собранную Н. И. Вавиловым, ни один экземпляр из которой не был съеден или утерян. Руководство города во главе с А. А. Ждановым пыталось поддерживать в городе культурную жизнь. Так, было организовано исполнение Ленинградской симфонии Д. Д. Шостаковича.