Людмила Василовская и одна из художниц — подверглись судебному преследованию и сами оказались на скамье подсудимых. Хулиганов же освободили как жертв свободы слова.
Дискуссия между сторонниками и критиками выставки подняла фундаментальные вопросы: как далеко распространяются границы свободы слова, за какие высказывания можно требовать защиты со стороны закона, а за какие — нет? нужно ли уделять особое внимание религиозным чувствам или же с различными вероисповеданиями следует обращаться так же, как и со всеми другими идеологиями? кто в этом деле ведет себя толерантно, а кто — нетерпимо, и что на самом деле означает быть "толерантным" и "нетерпимым", и насколько далеко простираются границы толерантности?
Дело закончилось тем, что весной 2005 года Самодуров и Василовская были осуждены за "разжигание религиозной ненависти" и "очевидное богохульство и оскорбление" русской православной веры, а третья обвиняемая, одна из художниц, была оправдана. Некоторое время спустя она совершила самоубийство[22] в Германии. Василовскую и Самодурова обязали выплатить по сто тысяч рублей штрафа (около двадцати тысяч датских крон). Они избежали длительного тюремного заключения, найдя влиятельного знакомого, который смог замолвить за них слово в высших кругах. Процесс заставил вдову борца за права человека Андрея Сахарова Елену Боннэр сделать заявление, что дело дискредитировало РПЦ, как фетва против Салмана Рушди в свое время — ислам. Оказалось, что церковь после распада СССР решила взять на себя роль верховного духовного судьи и цензора по вопросам идеологии — бывшую привилегию КПСС. Также обнаружилось, что российские христиане всего лишь за двадцать — двадцать пять лет прошли путь от преследуемого меньшинства к могущественной системе, которая с готовностью подняла знамя угнетения и преследования инакомыслящих.
Идеологический лидер нападения на музей отец Александр Шаргунов — настоятель храма свт. Николая в Пыжах, расположенного рядом с национальной Третьяковской галереей в российской столице, подобно критикам "карикатур на пророка Мухаммеда", сравнил выставку с насилием и терактом. "Это святотатство — то же самое, что и разрушить церковь", — заявил он в интервью газете "Нью-Йорк Таймс", намекая на уничтожение советским режимом тысяч церквей.
По словам Самодурова и Василовской, своей выставкой они намеревались инициировать дискуссию о роли религии в обществе, обратить внимание на то, что происходит, когда религия начинает требовать влияния на политику государства и бросает вызов светскому порядку. Он заявил, что учредители выставки и художники никоим образом не стремились оскорбить религиозные чувства других людей.
Интеллектуальные и духовные ценности Юрия Самодурова, геолога по образованию, сформировались под влиянием советского правозащитного движения 1970— 1980-х. В конце 1980-х он вместе с группой активистов добивался возведения первого памятника жертвам сталинских репрессий в СССР. Правозащитники также хотели создать публичный архив, музей и библиотеку для изучения и сохранения истории советского режима. В результате в 1989 году был основан "Мемориал" — организация, известная во всем мире своей борьбой за права человека, в том числе в Чечне, и просветительской работой, раскрывающей информацию о том, как советский режим нарушал права своих граждан, преследуя, в частности, РПЦ и представителей других конфессий. В конце 1980-х Самодуров также принимал участие в борьбе за рассекречивание советских архивов, чтобы правда о семидесяти годах коммунизма стала всем известна. В 1996 году его назначили директором нового Музея и общественного центра имени Андрея Сахарова, в задачу которого входило сохранение исторической памяти о жертвах советского режима. Кроме того, музею, как и Андрею Сахарову, внесшему значительный вклад в распространение мира и международного сотрудничества, предстояло бороться за открытое общество и демократические ценности.
Самодуров и Василовская подали жалобу на судебный приговор в Европейский суд по правам человека, который весной 2010 года сообщил, что не может занять позицию по данному делу на основании предоставленных материалов и нуждается в дополнительной информации, — решение, заставляющее снова беспокоиться за свободу слова. Вердикт российского суда интересен, прежде всего, своей ссылкой на решение Европейского суда по правам человека о поддержке запрета британской цензурой восемнадцатиминутного фильма Найджела Уингроу "Видения экстаза". В снятом в 1989 году ролике нет диалогов, только аудио- и видеоряд. Персонажи фильма — монахиня из ордена кармелиток Тереза Авильская, жившая в XVI веке, и Иисус Христос на кресте. В конце ролика сексуально возбужденная монахиня взбирается на распятого Иисуса и принимается его ласкать, целуя тело и губы. Выход фильма и его запрет к показу вызвали жаркие споры в Великобритании. Среди прочих режиссера поддержали Фэй Уэлдон и Салман Рушди. Уингроу обратился с апелляцией в Европейский суд по правам человека, который в 1996 году поддержал решение британской стороны о запрете фильма. По словам европейских чиновников, свобода слова хоть и является основой демократического общества, но ее должна сопровождать ответственность, в том числе и обязательство "насколько возможно избегать высказываний, носящих оскорбительный характер в отношении вещей, перед которыми другие испытывают благоговение". Иными словами, свобода слова Уингроу подошла к границе, где его христианские сограждане могли почувствовать себя оскорбленными его мыслями.
В связи с этим становится понятным удивление мусульман, почему нельзя было запретить "карикатуры на пророка Мухаммеда". Их требования напоминали предложенное Европейским судом по правам человека обоснование своего решения отклонить жалобу Уингроу.
Осуждение Самодурова и сотрудницы центра позволяет понять, почему Россия последовательно голосовала за разработанные исламскими странами дополнения к резолюциям ООН, осуждавшие оскорбление религий и призывавшие принять соответствующие законы о запрете подобных действий. Вердикт суда занял без малого сорок страниц, которые включили в себя анализ избранных работ разгромленной выставки, в том числе объяснение, почему они являются богохульными. Такую же оценку получила работа Александра Косолапова — реклама кока-колы с портретом Иисуса Христа, сопровождаемая известными словами причащения из Евангелия. ""Произведение" откровенно издевательского, кощунственного характера, т. к. в его композицию включен
