Однако определяющей в деятельности Никодима была его устремлённость на единение с католиками. Насколько сильно было его восхищение обновленческим курсом Ватикана, свидетельствует его магистерская диссертация, посвящённая понтификату Иоанна XXIII и защищённая им в Московской духовной академии в 1970 году (отрывок из неё мы приводили). Об особом отношении Никодима к Риму Василий (Кривошеин) писал следующее: «Увлечение это было во многом иррациональным, почти патологическим. Началось оно не сразу и с каждым годом всё более развивалось. Думаю, что вначале на него повлиял А.Л. Казем-Бек. Помню, как ещё в 1960 году в Москве, в разгар хрущёвского гонения на Церковь, он развивал мне мысль, что нам не нужно искать сближения с ВСЦ (это несерьёзная организация), а вот католики — это другое дело, они нам могут помочь, и с ними нужно объединяться». И ещё: «Его знание католицизма было тоже скорее дипломатически-экуменическим, чем богословским или духовным»[391].
19 декабря 1969 года под влиянием Никодима Священный Синод принял анти-каноническое постановление, допускающее католиков к причастию (там, где нет католических храмов или священников). Однако, по рассказам очевидцев, во время своего пребывания в Риме Никодим стал причащать католиков широко и без разбора[392]. Более того, он стал открыто сослужить с католиками — так, по его приглашению, ксендз Иосиф Павилонис ежегодно присутствовал за пасхальным богослужением в алтаре Николо-Богоявленского кафедрального собора в Ленинграде и приглашался к причастию[393].
Особые отношения он поддерживал с иезуитами, неоднократно посещал иезуитский центр «Руссикум», в церкви которого в октябре 1969 года служил Архиерейскую литургию. В свою очередь и ректор «Руссикума» Павел Майё не раз бывал в СССР. Никодим высоко оценивал
Благодаря Никодиму и Василию (Кривошеину) в России стал известен Шеветоньский монастырь, который в разные годы посещали многие епископы и другие представители РПЦ, в частности митрополит Ювеналий (Поярков), служивший здесь литургию в рамках встречи с организацией Рах Christ Internationalis, митрополит Кирилл (Гундяев), митрополит Антоний (Блум), митрополит Владимир (Слободан) и другие. В свою очередь шеветоньские монахи были приглашены в Москву, и один из них рассказывал о Никодиме: «На самом же деле, за десять дней он сделал больше, чем мы были способны сделать за десять лет. На протяжении всего нашего пребывания — даже на сугубо официальных встречах — мы не могли не ощущать, что нас объединяют крепкие узы подлинного братства, узы, выкованные в терпении за 50 лет нашего существования, в доверии друг к другу и в общей вере в единство»[396]. Гости получили частную аудиенцию у патриарха Пимена, и, более того, он разрешил им отслужить Литургию «византийского обряда» в Свято-Троицкой Сергиевой лавре (в храме Смоленской иконы Божией Матери) и в церкви Ленинградской духовной академии. С этого времени установились их продолжительные дружеские связи с преподавателями этой академии.
Такое интенсивное общение (а в 1974 г. Никодим стал также Патриаршим экзархом Западной Европы) создало условия для формирования новых кадров. Это была целая программа, включавшая в себя, во-первых, подготовку новых, верных экуменизму, епископов и священников и замену ими прежних, стоящих в истинной вере, и, во-вторых, изменение программ обучения в духовных учебных заведениях путём перевода их на экуменическое богословие, имевшее долгосрочную перспективу.
Преобразованный Никодимом ОВЦС становится важнейшим институтом РПЦ, куда постепенно переместился центр церковного управления
В силу своего реального влияния Никодим лично занимался подбором кадров на ключевые посты (особое внимание уделялось епархиям, находящимся вокруг Москвы), в результате чего он вырастил собственное поколение архиереев и церковных деятелей, большинство которых прошло стажировку за рубежом. Важную роль играла Ленинградская духовная академия (ЛДА), во главе которой Никодим поставил известного модерниста, сторонника обновленческих реформ, архиепископа Михаила (Мудьюгина), изменившего лицо Академии. При нём, в частности, при богослужении часто стали читать