94
Романовский Ю.М., Тихонов А.Н. Молекулярные преобразователи энергии живой клетки. Протонная АТФ-синтаза — вращающийся молекулярный мотор // Успехи физических наук. 2010. Т. 180, 931–956.
95
Yoshida M. et al. ATP synthase — a marvellous rotary engine of the cell // Nature Reviews. Molecular Cell Biology, 2001, V. 2, 669–677.
96
Langen P., Hucho F. Karl Lohmann and the Discovery of ATP // Angewandte Chemie International Edition, 2008, V. 47, №10, 1824–1827.
97
Skulachev V. P. Sodium bioenergetics // Trends in Biochemical Sciences, 1984, V. 9, №11, 483–485.
98
Mulkidjanian A. Y., Dibrov P., Galperin M. Y. The past and present of sodium energetics: may the sodium-motive force be with you // Biochimica et Biophysica Acta (BBA). Bioenergetics, 2008, V. 1777, №7, 985–992.
99
Mulkidjanian A. Y. et al. Evolutionary primacy of sodium bioenergetics // Biology Direct, 2008a, V. 3, №1, 13–22.
100
Quayle J. R., Ferenci T. Evolutionary aspects of autotrophy // Microbiological Reviews, 1978, V. 42, №2, 251–273.
101
Pereto J. et al. Comparative biochemistry of CO2 fixation and the evolution of autotrophy // International Microbiology, 1999, V. 2, 3–10.
102
Скулачев В.П. Законы биоэнергетики // Соросовский образовательный журнал. 1997. №1.
103
Голубовский М.Д. Век генетики: эволюция идей и понятий. Научно-исторические очерки. — СПб.: Борей Арт, 2000.
104
Тут трудно не вспомнить популярный у биологов весьма реалистичный анекдот: “Инструкция по биохимическому опыту. Пункт первый. Подготовьте крысу к опыту. Пункт второй. Полученную кашицу...”
105
Корнберг А. Биохимия на рубеже веков // Химия и жизнь. 2002. №12.
106
Haldane J. B. S. The origin of life // Rationalist Annual, 1929.
107
Lane N., Allen J. F., Martin W. How did LUCA make a living? Chemiosmosis in the origin of life // BioEssays, 2010, V. 32, №4, 271–280.
108
Siebers B., Schonheit P. Unusual pathways and enzymes of central carbohydrate metabolism in Archaea // Current Opinion in Microbiology, 2005, V. 8, №6, 695–705.
109
Martin W., Russell M. J. On the origin of biochemistry at an alkaline hydrothermal vent // Philosophical Transactions of the Royal Society of London, B: Biological Sciences, 2007, V. 362, №1486, 1887–1926.
110
Weiss M. C. et al. The physiology and habitat of the last universal common ancestor // Nature Microbiology, 2016, V. 1, 16116–16122.
111
Herschy B. et al. An origin-of-life reactor to simulate alkaline hydrothermal vents // Journal of Molecular Evolution, 2014, V. 79, №5-6, 213–227.
112
Sojo V., Pomiankowski A., Lane N. A bioenergetic basis for membrane divergence in archaea and bacteria // PLoS Biology, 2014, V. 12, №8, e1001926.
113
Bernhardt H. S., Tate W. P. Primordial soup or vinaigrette: did the RNA world evolve at acidic pH? // Biology Direct, 2012, V. 7, №1, 4.
114
Диброва Д.В. и др. Системы Nа+/К+-гомеостаза как предшественники мембранной биоэнергетики // Биохимия. 2015. Т. 80. №5. 590–611.
115
Dibrova D. V. et al. The role of energy in the emergence of biology from chemistry // Origins of Life and Evolution of Biospheres, 2012, V. 42, №5, 459–468.
116
Djokic T. et al. Earliest signs of life on land preserved in ca. 3.5 Ga hot spring deposits // Nature Communications, 2017, V. 8, 15263.
117
Благодарю Михаила Никитина за то, что обратил на это мое внимание.
118
Keeling P. J. et al. The reduced genome of the parasitic microsporidian Enterocytozoon bieneusi lacks genes for core carbon metabolism // Genome Biology and Evolution, 2010, V. 2, 304–309.
119
Felix M. A. et al. Natural and experimental infection of Caenorhabditis nematodes by novel viruses related to nodaviruses // PLoS Biology, 2011, V. 9, №1, e1000586.
120
Suttle C. A. Viruses in the sea // Nature, 2005, V. 437, 356–361.
121
Weitz J. S., Wilhelm S. W. An ocean of viruses // Scientist, July 2013.
122
Baltimore D. Expression of animal virus genomes // Bacteriological Reviews, 1971, V. 35, №3, 235–241.
123
Агол В.И. Разнообразие вирусов // Соросовский образовательный журнал. 1997. №4.
124
Кунин Е.В. Логика случая. — М.: Центрполиграф, 2014.
125
На эту тему есть экспериментальные данные, показывающие, что запустить трансляцию прямо с ДНК в принципе можно, хотя далеко этот процесс не заходит и для синтеза полноценных белков он непригоден. Damian L. et al. Single-strand DNA translation initiation step analyzed by Isothermal Titration Calorimetry // Biochemical and Biophysical Research Communications, 2009, V. 385, №3, 296–301.
126
Moreira D., Lopez-Garcia P. Ten reasons to exclude viruses from the tree of life // Nature Reviews Microbiology, 2009, V. 7, 306–311.
127
Hegde N. R. et al. Reasons to include viruses in the tree of life // Nature Reviews Microbiology, 2009, V. 7, 615.
128
Forterre P. Defining life: the virus viewpoint // Origins of Life and Evolution of Biospheres, 2010, V. 40, Issue 2, 151–160.
129
Bandea C. I. A new theory on the origin and the nature of viruses // Journal of Theoretical Biology, 1983, V. 105, №4, 591–602.
130
La Scola B. et al. A giant virus in amoebae // Science, 2003, V. 299, №5615, 2033–2033.
131
Miller S., Krijnse-Locker J. Modification of intracellular membrane structures for virus replication // Nature Reviews Microbiology, 2008, V. 6, 363–374.
132
Novoa R. R. et al. Virus factories: associations of cell organelles for viral replication and morphogenesis // Biology of the Cell, 2005, V. 97, №2, 147–172.
133
Suzan-Monti M. et al. Ultrastructural characterization of the giant volcano-like virus factory of Acanthamoeba polyphaga Mimivirus // PLoS One, 2007, V. 2, №3, e328.
134
Claverie J. M. Viruses take center stage in cellular evolution // Genome Biology, 2006, V. 7, №6, 110.
135
Thompson L. R. et al. Phage auxiliary metabolic genes and the redirection of cyanobacterial host carbon metabolism // Proceedings of the National Academy of Sciences, 2011, V. 108, №39, E757–E764.
136
Forterre, 2010.
137
Bamford D. H. Do viruses form lineages across different domains of life? // Research in Microbiology, 2003, V. 154, №4, 231–236.
138
Raoult D., Forterre P. Redefining viruses: lessons from Mimivirus // Nature Reviews Microbiology, 2008, V. 6, 315–319.
139
Koonin E. V., Senkevich T.
