Поляки прибыли в Среднюю Азию как раз в тот момент, когда отношения между польским и советским правительством накалились до предела. Немцы обнаружили в районе небольшого городка Катынь могилы с останками 4000 польских офицеров. Поляки полагали, что повинными в этом массовом убийстве могли быть как нацисты, так и советские части. Более того, подозрения против советских чекистов выглядели более убедительными, поскольку советская сторона отказывалась дать разъяснения относительно судьбы 15000 польских офицеров, захваченных Красной Армией в 1939 г. Если они действительно попали в руки нацистов, то почему Советы попросту не обнародуют этот факт? Поляки добились расследования под эгидой Международного Красного креста. Советское правительство расценило это как повод для разрыва дипломатических отношений и обвинило поляков в сговоре с нацистами. Советское правительство рассчитывало, что послевоенное руководство Польши должно быть «дружественным» по отношению к СССР, другими словами, быть сформированным в соответствии с желаниями Сталина. В знак дружественных намерений Советский Союз требовал от правительства Сикорского признать советскую аннексию половины территории довоенной Польши в обмен на небольшую часть немецких земель, которые предполагалось отобрать у Германии в ходе послевоенного переустройства Европы. И Черчилль, и Рузвельт на совещаниях в Тегеране и Ялте согласились с этими предложениями. Во внешней политике США и Великобритании доминировало дружелюбное отношение к СССР, кроме того, Черчилль и Рузвельт старались задобрить Сталина в тот момент, когда советские войска несли на себе основные тяготы войны на наземных фронтах. Общественное мнение в Великобритании и Соединенных Штагах было настроено просоветски, а позиция Польши представлялась неким забавным казусом, порождением слепого антибольшевизма и даже антисемитизма. Это была несправедливая позиция, но многие американцы и британцы в то время наивно верили в идею «советского рая», которая рассыпалась значительно позже, когда им стало известно о злодеяниях, совершенных сталинизмом. Разрыв отношений между польским правительством и Сталиным стал трагедией; советская сторона получила возможность сформировать в Москве собственное марионеточное польское правительство. Оно, в свою очередь, объявило о создании собственной армии, которая должна была сражаться бок о бок с советскими войсками вместо армии Андерса.
Между тем Польская армия вновь вернулась на поля сражений, правда это касалось лишь небольшой ее части. В сентябре 1941 г. Карпатская бригада генерала Станислава Копаньского была переброшена в Египет для участия в обороне Тобрука. Бригада была сформирована в 1939 г. в Сирии из польских солдат, прибывших на Ближний Восток через Балканы. После падения Франции бригада перешла в ведение британской армии.
Бригада состояла из трех пехотных батальонов и кавалерийского полка (по численности равного батальону). Бригада обороняла западную часть периметра Тобрука, а во время декабрьского прорыва сумела отбросить итальянскую дивизию «Брешия» и занять Акрому. В битве под Газалой поляки действовали бок о бок с новозеландскими частями. В начале 1942 г. бригаду вернули в Палестину, где ее кадры использовали для формирования и оснащения новых частей из польских военных, прибывших из СССР.
В июне 1943 г. генерал Сикорский погиб в авиакатастрофе над Гибралтаром. Это была очень большая потеря, так как Сикорский был одним из немногих влиятельных поляков, пользовавшихся одинаковым доверием как у соотечественников, так и у правительств США и Великобритании. Другого лидера такого же масштаба не было. Командование армией перешло к генералу Казимиру Соснковскому, а премьер-министром польского правительства в изгнании стал Станислав Миколайчик.
Армия Андерса была расквартирована в Палестине, Ираке и Иране. Личный состав армии был использован для формирования II польского корпуса, а также для пополнения развернутого в Шотландии I польского корпуса. Перспектив скорого возвращения поляков в боевые части не было: их терзала малярия, они были скверно обмундированы и истощены. Тренировки продолжались с осени 1942 г. до осени 1943 г. В этот период польские войска использовались британской контрразведкой как прикрытие, которое должно было убедить немцев в том, что англичане готовят вторжение на Балканах. Поляки и сами полагали, что в этом есть доля правды: они были готовы принять участие в десантной операции в Греции или Югославии в составе союзной армии с тем, чтобы потом освободить Польшу и Центральную Европу до подхода советских войск. Но в 1943 г. этот план был окончательно отвергнут как слишком рискованный.
Тремя основными частями II польского корпуса были 3-я Карпатская стрелковая дивизия, костяком которой стали ветераны Копаньского, участвовавшие в сражении под Тобруком; 5-я Кресовская пехотная дивизия, переведенная в Ирак и Египет, и 2-я отдельная бронетанковая бригада, которую в 1945 г. развернули в Варшавскую бронетанковую дивизию. В сентябре 1943 г. II корпус начал передислокацию в Италию и развертывание на позициях в районе реки Сангро. Активность польских частей ограничивалась лишь участием в дозорах: 8-я британская армия пыталась всячески скрыть от немцев прибывавшие к ней подкрепления, готовясь к весеннему наступлению на Рим. В мае 1944 г. II корпус был выдвинут на позиции, чтобы принять участие в четвертом сражении за Монте-Кассино. Полякам была поставлена тяжелейшая задача по штурму самого монастыря. Три предыдуших штурма были отбиты с огромными потерями; монастырь располагался высоко в скалистых холмах и представлял собой идеальную оборонительную позицию, которую защищали солдаты 1-й парашютной дивизии. В отличие от предыдущих попыток на сей раз наступление решено было начать сразу по всей линии Густава совместными усилиями 8-й британской и 5-й американской армий. XIII британский корпус под командованием генерал-лейтенанта Оливера Лиса должен был провести атаку с выходом в долину реки Лири за монастырем, чтобы заставить немцев покинуть позиции на холме.
Ранним утром 12 мая 1944 г. после артподготовки, продолжавшейся два с половиной часа, Кресовская дивизия начала атаку на Сан-Анджело, а Карпатские стрелки — на высоту 593. Артиллерийский огонь оказался менее эффективным, чем ожидалось, и потери поляков стали быстро расти. Карпатские стрелки достигли острого гребня высоты 593, но за несколько часов боя потеряли 20 % личного состава. Вечером Лидере отвел свои обескровленные части на исходные позиции. Хотя территория и не была очищена от врага, генерал Лис выразил благодарность полякам, подчеркнув, что без принесенных ими жертв британское наступление через долину реки Рапидо не было бы успешным. II польский корпус оттянул на себя вражеские резервы и артиллерию, которые в противном случае обрушились бы на XIII корпус. 16 мая XIII корпусу удалось почти полностью отрезать монастырь от основных немецких сил, а 17 мая поляки вновь вступили в сражение, располагая на сей раз поддержкой танков «Шерман» из 2-й польской бронетанковой бригады. К ночи они были на гребне высоты 593, господствовавшей над монастырем, Этой ночью уцелевшие немецкие парашютисты начали отходить, чтобы не попасть в плен, а 18 мая поляки, подтянули свои арьергардные подразделения. В этот день 12-й полк Подольских улан водрузил красно-белый польский флаг над монастырем Монте-Кассино.
За неделю боев II корпус понес тяжелые потери: 4199 человек, 25 % из которых было убито. Число выбывших из строя равнялось примерно 25 % от общей численности двух дивизий, входивших в состав корпуса.
После сражения за Кассино II корпус принял участие в наступлении вдоль адриатического побережья, 20 апреля 1944 г. захватив Анкону, а в апреле 1945 г. — Болонью. Едва II корпус вышел из сражения в районе Сенио и Болоньи, как поляки узнали о результатах ялтинской конференции. Стало ясно, что британское и американское правительства согласились с территориальными притязаниями СССР. Это было ударом для большей части солдат II корпуса: они были из восточных воеводств Польши, которые отходили к Советскому Союзу. Принесенные жертвы и страдания казались солдатами напрасными. Верные своим обязательствам перед союзниками, поляки с честью закончили итальянскую кампанию, но сражались они с тяжелым сердцем. Как и легион Домбровского, который воевал в Италии в эпоху Наполеона, они уже не