Вместе с арестами — новые скорби. На этот раз связанные с захватом власти в Церкви самочинным обновленческим Высшим Церковным управлением. Волны смуты постепенно докатились и до Александро- Невской Лавры, бывшей ставропигиальной, а потому долгое время воздерживавшейся от участия в борьбе, которая разгорелась в Петроградской епархии между «живоцерковниками» и сторонниками патриаршей Церкви.
17 июля 1922 года, едва только отец Варнава успел вернуться из поездки к матери на родину в Ярославскую губернию, в Лавру явился обновленческий «архиепископ»-самосвят Николай Соболев, назначенный раскольниками «главой петроградского епархиального управления» с предложением наместнику обители, владыке Николаю (Ярушевичу), стать его «викарием», прекратив возношение за Богослужениями в Лавре имени Святейшего Патриарха Тихона. Первоначально эти условия Лаврой не были приняты, однако в последующие месяцы церковная ситуация в Петрограде значительно усложнилась. К сентябрю 1922 года владыка Николай остался, по существу, единственным православным архиереем в пределах Петроградской епархии, которого не коснулись большевистские преследования. Вступив в управление епархией, он был вынужден передать ведение дел Лавры своему заместителю архимандриту Иоасафу и членам лаврского Духовного Собора.
Власти явно потворствовали обновленцам, а иногда даже прямо содействовали передаче храмов в их распоряжение, упраздняя те общины, которые оказывали раскольникам наиболее стойкое сопротивление. «Красными двадцатками» была захвачена даже часть лаврских храмов и строений. Вслед за этим обновленцы попытались образовать свой «церковный совет», чтобы взять власть в Лавре в свои руки или, по крайней мере, ограничить полномочия монашеского Духовного Собора Лавры. Это противостояние продолжалось около года. Его отголоски слышны в протоколах заседаний Духовного Собора Лавры тех дней: «Так кто же все-таки будет управлять Лаврой — Духовный Собор или церковный совет?!»
Сознавая, что само существование Александро-Невской Лавры — сердца православной жизни Петрограда — находится под серьезной угрозой, архимандрит Иоасаф основные усилия направил на то, чтобы отстоять обитель от разорения и сохранить братию. Решение, принятое им, было компромиссным: признать обновленческое «епархиальное управление» и прекратить поминовение Патриарха Тихона за Богослужениями, однако, вместе с тем, опираясь на права ставропигии, управлять Лаврой самостоятельно и не допускать никаких богослужебных и канонических новшеств, широко практикуемых обновленцами.
Вопрос о временном и формальном признании Лаврой ВЦУ был согласован с епископом Николаем (Ярушевичем). Тем не менее, двойственная позиция архимандрита Иоасафа произвела среди лаврской братии значительные разногласия. Одна часть монашествующих оказалась настроенной в пользу дальнейшего сближения с обновленцами, другая в знак протеста против недопустимого, по их мнению, соглашательства с самозванцами покинула Лавру, третья же, в числе которой был и иеромонах Варнава (Муравьев), заняла среднюю позицию, увещевая братию пребывать в послушании руководству Лавры и, не вступая с раскольниками в евхаристическое общение, вместе с тем сознавать, что иного выхода, кроме временных внешних уступок, попросту нет, ибо, в противном случае, братии угрожают немедленные репрессии, а монастырь будет неминуемо упразднен и разграблен богоборцами. Так опытные воины со слезами и кровью отдают неприятелю пядь за пядью родной земли, чтобы выиграть время, собраться с силами и перейти затем в решительное наступление…
Мнение отца Варнавы поддержали духовник обители архимандрит Сергий (Бирюков) и иеромонах Варлаам (Сацердотский), пользовавшиеся большим духовным авторитетом и уважением в Лавре. Последний, ввиду ареста епископа Ладожского Иннокентия и архимандритов Льва и Гурия (Егоровых), в то время возглавлял Алексадро-Невское братство, которое продолжало свою деятельность в стенах Никольской церкви на Спасской улице. Положение дел в Лавре не раз обсуждалось на совещаниях братства, в которых также принимал участие иеромонах Мануил (Лемешевский) — ревностный защитник Православия, впоследствии, после ареста владыки Николая (Ярушевича), сменивший его на посту управляющего Петербургской епархией и в сентябре 1923 года возведенный во епископа Лужского.
Время доказало правильность их выбора. После освобождения из заточения в июне 1923 года Патриарха Тихона стало ясно, что раскол обречен. Началось массовое воссоединение храмов и монастырей с Патриаршей Церковью. Один за другим приносили покаяние архиереи и священники, погрешившие против чистоты веры. И — как пик воссоединительного движения в Петрограде, как торжество Православия — возвращение с покаянием из-под тягостного, длиною в год, обновленческого ига Александро-Невской Лавры. Стараниями ее руководителя архимандрита Иоасафа, поддержкой отца Варнавы (Муравьева) и его сподвижников удалось сберечь обитель, а братия, пройдя многочисленные скорби и испытания, укрепилась духом и была готова послужить Господу с новым усердием.
Нелегко было монашествующим сохранять внутренний мир во всем этом. Тем заметнее для всех в Лавре были спокойствие отца Варнавы и его покорность воле Божией, удивительным образом сочетавшиеся с непреклонной решимостью следовать истине. Вместе с духовником обители архимандритом Сергием (Бирюковым) в эти смутные и тревожные годы они стали настоящей опорой для братии, тяжко переживавшей как нападки на Церковь извне, так и внутрицерковные разделения и соблазны.
Во всем — и в молитве, и на послушании, и в самоотверженном служении людям — подавал отец Варнава пример истинно монашеской ревности о Господе, трудолюбия и терпения. Источником же всех этих добродетелей служило сокровенное сердечное делание, которое перенял он от от духовного отца — преподобного старца Варнавы Гефсиманского. Уроки Иисусовой молитвы были как нельзя лучше восприняты и приумножены им, принося богатые всходы — наполняя душу подвижника божественной тишиной и бесстрастием. Это состояние сердца преподобный Иоанн Лествичник описывает как воскресение души прежде воскресения тела: «Не познал, как и зачем приходил лукавый, и как ушел, но совершенно уже стал нечувствителен ко всему подобному, потому что всецело пребываю и всегда буду соединен с Богом».
Отдавая безусловное предпочтение духовному, отец Варнава, вместе с тем, служил образцом собранного и скрупулезного ведения монастырских дел. Неудивительно поэтому, что в скором времени после описанных событий руководство и братия Лавры решили избрать иеромонаха Варнаву (Муравьева) членом Духовного Собора, с назначением его на один из ключевых административных постов Лавры — ее казначеем.
Ближайшими духовными сподвижниками иеромонаха Варнавы в этот период стали наместник Лавры, епископ Шлиссельбургский Григорий, духовник Лавры архимандрит Сергий, а также вернувшиеся из ссылки архимандриты Гурий и Лев. Последний получил тогда назначение на должность настоятеля собора в честь Феодоровской иконы Пресвятой Богородицы на Миргородской улице, что неподалеку от Лавры. Все они были людьми одного духа. Это были монахи, стремившиеся по силе своей подражать инокам первых веков христианства; подвижники, каждый из которых по-своему являл незримую духовную красоту, свойственную истинным пастырям стада Христова.
Духовник Лавры архимандрит Сергий (Бирюков) более сорока лет подвизался в обители. Это был мудрый старец, на деле исполнивший многие заветы святых отцов. Он был великим делателем молитвы и покаяния. Обладая безграничной добротой и любовью, отец Сергий очень снисходительно относился к духовным немощам своих подопечных и горячо за них молился. Его назидания отличались необыкновенной сердечностью и простотой: «И всегда выходило так, что то, что он говорил, оказывалось самым нужным ответом на запросы духовной жизни, словно он узнал сокровенные мысли слушателя и откликается на них… „Бойтесь видений! Часто враг их посылает, чтобы в гордость впал человек. А мы давайте попросту, да втихомолочку, без всхлипываний перед Богом стоять. Иисусовой молитвой тоже попросту молиться надо. Тихонько Господа да Царицу Небесную от всего сердца просите о помощи“».
Помимо окормления братии архимандрит Сергий вел большую научную работу по изучению рукописей, хранившихся в библиотеке Лавры, собирал редкие акафисты, составлял жизнеописания подвижников благочестия. Он был одним из немногих людей, кто мог до конца понять истинное духовное состояние отца Варнавы. Видел в нем отец Сергий своего преемника… Сам он подвизался на поприще духовника обители около 10 лет. Ввиду преклонного возраста и сильной болезненности желал архимандрит Сергий целиком посвятить себя богословским трудам, молитве и покаянию. Когда был поднят вопрос о кандидате на его место, отец Сергий без колебаний назвал имя иеромонаха Варнавы.
Наместник Лавры епископ Григорий (Лебедев) отдал много лет углубленному изучению богословия,
