В первые годы династии во главе центрального административного аппарата стоял Верховный государственный совет — Ыйчжонбу, учрежденный в 1400 г. вместо корёского придворного совещательного органа— Топхён ыйсаса. В правление короля Тхэчжона, обладавшего сильной личной властью, в 1414 г. роль Ыйчжонбу значительно уменьшилась, и полномочия Верховного государственного совета свелись к предложению необязательных для выполнения советов. В дальнейшем роль Ыйчжонбу менялась в зависимости от того, насколько сильной была власть государей или высших сановников. В первом случае роль Ыйчжонбу была невелика, во втором — совет становился центром административной системы государства.
В подчинении у Верховного государственного совета (если он играл значимую роль в управлении страной) или же в прямом подчинении у короля (если роль Верховного государственного совета была невелика), находились так называемые «Шесть палат [т.е. министерств]» — Юкчо: Палата чинов, Палата населения (дословно — «учетных дворов»), Палата ритуалов, Палата войск, Палата наказаний, Палата общественных работ.
Палата чинов — Ичжо — ведала всеми кадровыми делами гражданских чиновников. Палата населения — Хочжо — занималась учетом населения, сбором налогов. Очень важную роль в жизни общества играла Палата ритуалов — Ечжо, совмещавшая в себе, говоря современным языком, функции идеологического органа и в то же время занимавшаяся такими важнейшими практическими делами, как проведение государственных экзаменов на получение чиновничьей должности или же регулирование отношений с внешним миром и прежде всего с Китаем, по отношению к которому Корея должна была исполнять ритуал «вассального государства». Иными словами, Палата ритуалов в определенной мере несла на себе и функции министерства иностранных дел.
Следует специально отметить особую роль ритуалов и церемоний в жизни средневековой (да и современной) Кореи. Существовал особый термин ечхи, что значит «правление с помощью ритуала», указывавший на то, что ритуал являлся одним из способов управления обществом. Ритуалы регулировали поведение не только в обществе, но и в семье. В эпоху Чосон особой популярностью пользовалась книга «Семейные ритуалы [в описании] Чжу Си» — «Чучжа каре». Ритуал регулировал весь жизненный цикл человека. Существовало и до сих пор не потеряло своей актуальности понятие «четырех [основных] ритуалов»: ритуал совершеннолетия — квалле, ритуал свадьбы — холле, ритуал похорон — санне и ритуал кормления [духов предков] — чере. Таким образом, Палата ритуалов занималась практическим обеспечением мира и порядка в обществе.
Палата войск — Пёнчжо — ведала охраной государя и его семьи, подавлением смут и мятежей, охраной внешних границ и другими вопросами, связанными с армией. Палата наказаний — Хёнчжо — занималась установлением правопорядка насильственными методами, разработкой законов, связанных с наказаниями. В сферу деятельности Палаты общественных работ — Кончжо — входило не только обеспечение выполнения работ общегосударственного масштаба, как, например, строительство ирригационной системы, крепостей и т.п., но и управление ремесленным производством, сухопутными дорогами и водным транспортом, т. е., говоря современным языком, она выполняла функции министерства строительства, промышленности и транспорта.
Все Шесть палат, сохраняя как свои названия, так и основные функции, просуществовали в Корее практически без изменений до 1894 г. Кроме Шести палат, в новой столице Кореи — Сеуле находилось еще свыше 80 центральных ведомств. Работавшие в них чиновники относились к категории столичных чиновников кёнгван. Однако большинство служивого сословия Кореи составляли провинциальные чиновники вегван.
В первые годы правления династии, в 1413 г., Корея была заново разделена на восемь провинций, частично унаследовав административное деление Коре. Это были провинции Чолла (в XVII в. временно переименовывалась в провинцию Кваннам), Кёнсан, Чхунчхон (в конце XVIII и начале XIX в. временно имела названия Хынчхун и Кончхун), столичная провинция Кёнги (границы провинции переместились к югу, так что центром стал город Сеул), Канвон (временные названия в XVII и XVIII вв. — Вонъян и Канъян), Хванхэ (временные названия начала XV и начала XVII вв. — Пхунхэ и Хванъён соответственно), Пхёнан, Хамгён (имела до XVI в. название Хамгиль). Такое административное деление страны сохранялось на протяжении всего периода Чосон. Лишь в 1896 г. пять провинций — Чолла, Кёнсан, Чхунчхон, Пхёнан и Хамгён — были разделены на северные и южные части каждая. Южная Корея до недавнего времени придерживалась административного деления страны, установленного в начале династии Ли и исправленного в конце XIX столетия.
Все провинции Кореи делились на округа, области и уезды. Провинции возглавлялись губернаторами — кванчхалъса; округа, области и уезды — правителями соответствующих рангов, названия которых нет необходимости подробно перечислять. Интересно отметить, что при династии Ли управление народом на местах выражалось понятием «пасти народ», принятом в конфуцианском Китае, а все провинциальные чиновники нередко именовались универсальным термином монмингван («чиновник, пасущий народ»).
Ли Сонге в первые годы после провозглашения династии реформировал армию, соединив вместе Восемь столичных корпусов (Пхалъ-ви) армии Коре с подчиненными лично ему двумя корпусами войск Ыйхын чхингун и создав Управление Трех армий — Ыйхын (Ыйхын самгунбу). В 1400 г. все упраздненные личные военные формирования «заслуженных сановников» были введены в состав Трех армий. Однако Три армии еще не подчинялись Палате войск (Пёнчжо). Лишь с 1457 г. Палата войск, возглавлявшаяся гражданскими сановниками, стала во главе военной системы Чосона. Тогда же столичные Три армии были реформированы в Пять корпусов (Ови), которые насчитывали около 50 тыс. человек.
Руководство Палатой войск со стороны гражданских сановников показывает, что в период Чосон, так же как и ранее, военное сословие продолжало занимать более низкое положение, чем гражданское. Управление центральным военным ведомством, осуществляемое гражданскими чиновниками, плохо разбиравшимися в военном деле, неоднократно отрицательно сказывалось на боеспособности корейской армии, в особенности в 1592-1598 гг. во время войны с Японией.
В провинции все войска были разделены на сухопутные (около 100 тыс. человек) и «водные» (речные и морские; около 50 тыс. человек). На уровне провинций войска подчинялись командующим — пёнма чолътоса. Функции командующих исполняли сами губернаторы провинций — кванчхалъса, и, кроме того, в наиболее важные в оборонном плане провинции дополнительно было назначено еще семь человек пёнма чолътоса,.
Низшей структурной единицей провинциальных войск была крепость чин, которая подчинялась «большим крепостям» (кочжин), а те, в свою очередь — «главным крепостям» (чучжин). Впоследствии, с середины XVI в., провинциальные войска стали подчиняться непосредственно начальникам округов, уездов и волостей, связанным напрямую с центром.
В корейской армии периода Чосон служили в основном крестьяне, отрабатывая воинскую повинность, хотя в столичных элитных войсках находились и представители правящего класса. Призывным считался возраст с 16 до 60 лет. Обычно крестьяне служили в войсках не более нескольких месяцев в году, а в остальное время имели возможность заниматься сельским хозяйством. Поскольку в период Чосон войны велись нечасто, то крестьяне нередко убегали из армии, и впоследствии воинская повинность была заменена воинским налогом.