июня русские войска впервые вошли в Казань, Али-хан сдался в плен, ханом стал Мохаммед-Эмин. Таким образом, Казань стала вассальным государством Руси. Это была крупная политическая и военная победа.
Вслед за Казанью в 1489 году был совершен поход на Вятку, сохранявшую политическую независимость. Хлынов был осажден, но вятчане предпочли сдаться. Вятка стала частью единого Русского государства.
Непросто складывались отношения Ивана III со своими младшими братьями. Особенно выделялся среди них Андрей Васильевич Большой, князь угличский, который, в отличие от Юрия Васильевича и Андрея Васильевича Меньшого, считал себя полноправным правителем отдельного княжества и полагал возможным проводить свою собственную политику. За Андреем Большим увлекся и Борис Васильевич, князь волоцкий. Эти братья великого князя встали в оппозицию к Москве. Первой ласточкой конфликта была смерть бездетного Юрия Васильевича, князя дмитровского, и отказ Ивана III разделить его владения. Но ссору удалось потушить стараниями матери — Марии Ярославны. Она вообще очень нежно относилась к Андрею Большому, сыну, родившемуся в дни тяжелого заточения. Заступничество Марии Ярославны оберегало строптивого князя и позже. Иван не решался перечить матери. В 1480 году Андрей Большой и Борис подняли мятеж, обратившись за помощью к королю Казимиру, который в завещании Василия II был назван опекуном его сыновей. Братья попытались начать широкомасштабную смуту, но вмешательство матери и надвигавшаяся гроза Ахматова вторжения спасли положение. Иван примирился с князьями, и на Угре их полки уже стояли рядом с московским войском. Со смертью Марии Ярославны в 1485 году у Ивана III оказались «развязаны руки», и он лишь ждал случая, чтобы приструнить непокорных братьев.
В мае 1491 года Иван получил известие о том, что сыновья Ахмата начали войну с крымским ханом Менгли-Гиреем и приближаются к его владениям. Верный союзническому долгу, великий князь собрал рать и направил ее на помощь хану. При этом Иван приказал и братьям прислать войска. Борис подчинился, а Андрей не послал свои отряды. Хотя до боя дело не дошло и «царевичи» отступили, Иван III запомнил своеволие Андрея. 19 сентября 1491 года угличский князь прибыл по приглашению Ивана в Москву, а затем был схвачен и посажен в тюрьму. В ноябре 1493 года он скончался в темнице от голода; его сыновья провели в заключении и в монастыре остаток своих дней. Таким образом, Угличский удел был ликвидирован.
С Борисом Иван поступил иначе. В октябре он и его вызвал в Москву, но отпустил в свой удел «с миром». Борис умер в 1494 году в Волоке и разделил свои владения между сыновьями: Фёдор получил Волок, а Иван — Рузу. Иван умер еще в 1503 году, при жизни Ивана III, и завещал великому князю свой удел. Фёдор скончался при Василии III, в 1513 году. После его смерти Волок был присоединен к Москве.
Первая жена Ивана III Мария Борисовна тверская скончалась очень рано, в 1467 году. Возможно, она была отравлена; во всяком случае сам Иван верил в это. 11 февраля 1469 года в Москву прибыло посольство из Рима во главе с греком Юрием Траханиотом. Через послов кардинал Виссарион предложил Ивану проект брака с византийской принцессой Зоей Палеолог. Зоя доводилась племянницей последнему византийскому императору Константину XI. После падения Константинополя Фома, деспот провинции Мореи (территория Пелопоннеса), отец Зои, вынужден был бежать в Италию. Дети Фомы жили в Италии на скромную пенсию папы и под опекой кардинала Виссариона. Есть свидетельства о том, что Зоя вышла замуж за итальянского князя Карраччиоло, но рано овдовела. Она была бедна и не слишком привлекательна, поэтому претендентов на руку бедной принцессы не находилось. Зоя отличалась ярко выраженными византийскими чертами лица, о чем свидетельствует ее скульптурный портрет, воссозданный по черепу, и полнотой. Один язвительный итальянец писал, что после ее посещения ему всю ночь снилось сало, масло и прочая жирная снедь. Брак Зои с Иваном III отвечал интересам римской курии, желавшей наладить хорошие отношения с Москвой, тем более что эти отношения так быстро разрушились после Флорентийского собора, получившего на Руси печальную известность.
С ответным посольством в Рим был направлен Джанбатиста Вольпе («Иван Фрязин»), заключивший с папой предварительное соглашение о женитьбе Ивана на Зое. Затем произошел еще один обмен посольствами. В Москву приехал Антонио Джисларди, который привез Ивану портрет Зои. Видимо, это было первым знакомством Москвы с живописью итальянского Возрождения. Наконец, в 1472 году новое посольство Вольпе привезло Зою на Русь, 12 ноября был совершен обряд венчания, и Зоя «превратилась» в московскую великую княгиню Софью Фоминичну. С тех пор установились связи Москвы с Италией и непосредственно с папской курией, но планам возвращения русской церкви в лоно унии так и не суждено было осуществиться.
У Ивана появилась новая семья. Софья родила ему нескольких сыновей и дочерей, старшим был Василий. В то же время у Ивана оставался и старший сын от первого брака — Иван Иванович (Молодой); он скончался в молодом возрасте в 1490 году. Иван Иванович был женат на дочери валашского господаря Стефана Елене (её брат Иван — предок великого композитора С. В. Рахманинова). От этого брака родился сын Дмитрий (так называемый Дмитрий Внук). Таким образом, возникала проблема престолонаследия и начиналась борьба двух направлений: одно ориентировалось на Дмитрия, другое — на Василия. Иван III склонялся больше к первому варианту. Узнав об этом, Софья добыла яд. Сторонники Василия предполагали его бегство на север, в Вологду и Белоозеро. Там княжич должен был захватить великокняжескую казну и начать открытую борьбу. Но заговор был раскрыт, Иван отобрал у жены «зелье», сына запер во дворце, а заговорщиков казнил. 4 февраля 1498 года Дмитрий был торжественно коронован шапкой Мономаха (это первое ее упоминание в качестве государственной регалии) на великое княжение владимирское и московское, то есть официально объявлялся наследником престола. Однако уже в 1499 году Василий был выпущен из-под стражи и объявлен «великим князем, правителем Новгорода и Пскова». В 1502 году по приказу Ивана III Дмитрий Иванович вместе с матерью был схвачен и посажен в тюрьму (Елена Стефановна погибла в тюрьме в январе 1505 года, Дмитрий Иванович был убит в 1509-м, последние годы его держали в «оковах»), а Василий стал полноправным наследником великого князя.
Дочери Ивана III удачно были выданы замуж. Евдокия Ивановна в 1506 году вышла за казанского царевича Кайдулу Ибреимовича, получившего в крещении имя Петр. Некоторое время царевич Петр считался наследником русского престола в случае гибели Василия III (тогда еще бездетного). Одна из старших дочерей Ивана III — Елена — в 1494 году была выдана замуж за великого литовского князя Александра.
Отношения Ивана III с Литвой были непростыми. В 1492 — 1493 годах Иван совершил походы на Литву с целью освобождения некоторых русских городов. По мирному договору с Литвой границы Руси перемещались на запад до Дорогобужа, а в состав русских земель вошла Вязьма. Тогда же московского и литовского князя связали узы родства. В договоре Иван именовался Государем Всея Руси, что ставило его вровень с правителем мощного Литовского государства. Позже Александр стал королем Польши, объединив в своих руках власть над обеими державами. В 1500 году началась новая русско-литовская война, ознаменовавшаяся разгромом литовского войска в битве у реки Ведроши (14 июля 1500 г.) и в битве под Мстиславлем (4 ноября 1501 г.). Затем были освобождены Чернигов, Гомель, Стародуб и другие города. На стороне Литвы в войну включился и Орден, которому не удалось захватить ни Изборск, ни Псков. Смоленск русским войскам взять не удалось. 25 марта 1503 года Иван заключил перемирие с Литвой сроком на 10 лет. В состав Руси вошли все отвоеванные земли, и граница государства Ивана III подошла к Киеву и Днепру. Это было крупным достижением московского государя.
Впоследствии Елена Ивановна, уже будучи вдовой, попыталась уехать на Русь, но новый король Сигизмунд приказал ее арестовать. Она умерла в 1513 году.
При Иване III, входя в круг ведущих государств мира, Русь установила связи с Священной Римской империей и с Османским султанатом. В январе 1489 года в Москву приехал представитель императора Фридриха III Николай Поппель, который предложил Ивану королевскую корону. Таким образом, великий московский князь становился как бы вассалом императора Священной Римской империи наравне с другими европейскими государствами. Но эта сомнительная честь, которой прельстился в годину опасности в свое время Даниил галицкий, была Иваном отвергнута. После свержения ордынского ига Русь не захотела создавать иго новое. В своем ответе, переданном через дьяка Фёдора Курицына 31 января 1489 года, Иван III гордо заявил: «Мы... государи на своей земле изначала, от первых своих прародителей. А поставление имеем от Бога, как наши прародители. (...) А поставления, как есмя наперед сего не хотели ни от кого, так и ныне не хотим». Посольство Фридриха попыталось установить и династические связи, предложив брак дочери Ивана с маркграфом Баденским. Но Иван III считал, что только сын императора может быть ровней
