Сызрани идет на Самару, подполковник Гринев с 22-й командой — туда же на соединение с Муфелем; по пути он должен был присоединить бахмутских гусар. 28 декабря Муфель пришел к селу Рождествено, в пяти верстах от Самары. Ему донесли, что Арапов с повстанцами собирается атаковать его по фронту, а 300 ставропольских калмыков — с тыла. Рано утром 29 декабря каратели вышли из села и подошли к Самаре. Их встретил огонь шести орудий. Атака Муфеля встретила сильное сопротивление, но солдаты все же ворвались в город, многих восставших убили, захватили 200 пленных и все пушки. Команда потеряла трех убитых и 15 раненых. «Злодеев, — писал Муфель в донесении, — хотя и побито довольное число, однако за великим снегом и мятелью, которыми трупы заносило, никак исчислить было неможно, да и здешними обывателями многие трупы были покрадены». Захватив город, каратели встретили в нем со стороны жителей открытую враждебность. Тот же Муфель писал: «…все в Самаре жители более оказывают суровости, нежели ласки», а «самарское духовенство всемилостивейшую нашу государыню в поминовении из эктений исключило».
4 января в Самару прибыл Гринев с командой. Он, Муфель и Державин два дня наводили в городе порядок. Всех виновных во встрече повстанцев (в соответствии с предписанием Бибикова Державину от 29 декабря) велено было направлять в Казань, «а некоторых для страху жестоко на площади наказать плетьми при собрании народа, приговаривая, что они против злодеев должны пребыть в твердости и живота своего, как верные подданные, щадить не долженствуют». Жителей приводили к присяге, брали у них подписки о верности императрице, о том, что Пугачева и восставших будут почитать за злодеев, изменников и разбойников. Местных священников (девять человек), виновных в склонности к мятежникам, Державин арестовывать не стал, поскольку это остановило бы церковную службу. Он опасался, что арестом «не подложить бы в волнующийся народ, обольщенный разными коварствами, сильнейшего огня к зловредному разглашению, что мы, наказуя попов, стесняем веру». Главнокомандующий одобрил подобный шаг, и по его требованию Вениамин, архиепископ Казанский, послал в Самару новых священнослужителей. И только тогда самарских попов отослали в Казань.
В ночь на 7 января Гринев с отрядом двинулся к Алексеевску. Утром его встретили восставшие (2 тысячи человек) во главе с Араповым и Чулошниковым. Бой шел весь день 8 января. Повстанцы атаковали врага со всех сторон. И те и другие стреляли из пушек. Каратели, отбивая атаки, продвигались вперед. Нанеся немалые потери защитникам «пригорода», они в конце концов взяли Алексеевск, захватив три орудия. Последовали наказания плетьми, приведение к присяге.
9 января в три часа утра Гринев двинул свои части еще дальше к северу — на Черный Яр, где как будто собрались ставропольские калмыки. Но оказалось, что они вместе с ханшей Дербетевой, атаманами Араповым и Чулошниковым ушли вверх по реке Кинель.
Вскоре в Самару прибыл генерал-майор Мансуров, принявший общее командование над четырьмя полевыми командами (22, 23, 24, 25-й). По указанию главнокомандующего он направил увещание к калмыкам, написанное все тем же Державиным, способности и талант которого власти не раз использовали в борьбе с повстанцами. В подробном обращении, призывавшем калмыков прийти в раскаяние, их упрекали: «Стыдно вам… слушаться мужика, беглого с Дона казака, Емельяна Пугачева и почитать его за царя, который сам хуже вас всех, для того, что он разбойник, а вы люди честные. Стыдно вам повиноваться тому, который, может быть, от неприятелей наших турок подкуплен лить кровь нашу, стараться помрачить славу российскую, и после сам вас погубит своим злодейством». Точно так же старался Державин опорочить и Арапова: «Не хотите вы терпеть господ, то не стыдно ли вам в то же самое время почитать крестьянина Арапова за своего господина, атамана и во всем его слушаться? А особенно княгине вашей (ханше Дербетевой. —
Но воззвание, несмотря на литературный талант составителя, не возымело действия. Калмыки продолжали поддерживать Пугачева. Более того, 20 января отряд Ф.И. Дербетева захватил Ставрополь. Коменданта бригадира фон Фегезака, местных чиновников повстанцы-калмыки взяли, уходя из города, с собой и вскоре расправились с ними. Около Красного Яра Дербетев встретил отряд Гринева, напал на него, но был разбит и отступил, потеряв 120 человек убитыми, 40 пленными.
Следующая встреча состоялась под Сергиевском у деревни Захаркиной. Здесь Дербетев с двумя тысячами калмыков сражался с частями майора Елагина, полковника Хорвата. Он снова потерпел поражение. Калмыки, оставшиеся в живых, рассеялись в разные стороны. В начале февраля Хорват занял Бугуруслан. К концу месяца сюда же прибыл корпус генерала князя Голицына, который, будучи занят сбором продовольствия, а также из-за бездорожья, глубоких снегов, продвигался очень медленно. Он шел по Ново-Московской дороге на юг, к Самарской линии крепостей. А по самой линии, от Самары на юго-восток, двигался генерал Мансуров с четырьмя полевыми командами и бахмутскими гусарами, слева от него шел отряд Гринева. 10 февраля Мансуров вошел в Борскую крепость. Потом направился к Бузулукской крепости — пункту предполагаемого соединения сил обоих генералов. Здесь находились продовольственные склады. Защищал крепость тот же Арапов с двумя тысячами повстанцев. Отряды Мансурова и Гринева с двух сторон подошли к ней. Восставшие встретили карателей около крепости сильным орудийным огнем, по потерпели поражение и отступили к Тоцкой крепости. Потеряли при этом более 500 человек убитыми и пленными, 15 орудий, 165 человек сдались. Мансуров потерял до полутора десятков человек.
Голицын 28 февраля вышел из Бугуруслана по направлению к Сорочинской крепости на Самарской линии, где, по его сведениям, находились главные силы восставших. Авангарды пугачевцев стояли в Тоцкой крепости и деревне Пронкиной. На помощь им шли Овчинников и Пугачев с 1,5 тысячи человек и 10 орудиями. Мансурову Голицын приказал занять Тоцкую.
В деревню Пронкину вошел высланный Голицыным отряд майора Елагина из Владимирского полка. 6 марта он расположился на ночлег. Пугачев, находившийся в 37 верстах, в Сорочинской крепости, сделал быстрый бросок и с трехтысячным отрядом неожиданно ворвался в деревню ночью, под покровом снежной бури. Произошло, но рапорту Голицына, «некоторое неустройство» — от рук повстанцев во время ночного боя погибли Елагин, многие солдаты. Но все-таки офицеры, оставшиеся в живых (секунд-майор Пушкин, капитаны Квашнин-Самарин, Олсуфьев) сумели привести свои силы в порядок, организовать удар с тыла по повстанцам, и они отступили, потеряв более ста человек. Пугачев уехал в Берду. Остался за главного Овчинников.
Восставшие оставили Тоцкую и Сорочинскую крепости. Во второй из них 11 марта объединились части Голицына, принявшего главное командование в этом районе, и Мансурова. Менее чем через неделю, 17 марта, они были уже в Новосергиевской крепости, недалеко от Яика и Оренбурга.
К северу от этого района аналогичные события разворачивались в Пермском крае. Главными центрами движения здесь были Кунгур и Красноуфимск. Повстанческие отряды и их предводители не сумели преодолеть возникшие у них трудности. Салават Юлаев из-за ранения отсутствовал. Канзафара Усаева и Кузнецова занимали взаимные разногласия, причина которых — недисциплинированность первого из них. Новый предводитель, красноуфимский писарь Михаил Мальцев, оказался заурядным пьяницей.
Бибиков выслал к Кунгуру отряд в 200 человек во главе с секунд-майором Нарвского пехотного полка Гагриным, и тот 25 января вступил в город. Повстанцы при его приближении отступили. Гагрин, присоединив отряд премьер-майора Попова, находившийся в Кунгуре, и местное ополчение (его силы увеличились до более чем одной тысячи человек), направился против восставших, которые собрались (до двух тысяч человек) в селе Ординском (Ильинский острожек), верстах около 30 от города. Сражение продолжалось здесь семь часов и окончилось победой карателей — они убили до 100 повстанцев, более 60 взяли в плен. Гагрин потерял 4 человека убитыми, 12 ранеными.
Он вернулся в Кунгур. Затем пошел к Красноуфимску, где собралось до 4 тысяч восставших, в том числе и остатки разбитых под Кунгуром. Узнав о таких силах, Гагрин повернул в Кунгур, но, получив подкрепление (до 600 человек), снова направился к Красноуфимску. Восставших возглавлял новый предводитель — есаул Красноуфимской станичной избы Матвей Дмитриевич Чигвинцов. Он выставил посты, организовал разведку. Запросил помощь у Белобородова. Тот, занятый под Екатеринбургом, не мог этого сделать.
19 февраля Гагрин взял штурмом Красноуфимск. После трехчасового боя восставшие отступили, потеряв 40 человек убитыми и 55 пленными (в том числе в плен попали Мальцев, Чигвинцов и др.). Затем каратели взяли Ачитскую крепость, «замиряли» и другие места по Каме — селения и заводы, приводили к присяге жителей. Многие из восставших, понимая, что бороться с регулярными командами невозможно, расходились
