Первоначально корабли предполагалось укомплектовать уральскими казаками и киргизами, но тяжелое положение в Уральском войске и невозможность занятия казаками должностей, требующих высокой квалификации, не позволили осуществить этот план. Белому командованию пришлось отправить офицеров и матросов из Севастополя. Эшелон возглавил капитан 2-го ранга Б.М. Пышнов, ставший первым командиром флотилии. Эшелон прибыл в Петровск (совр. Махачкала) 21 марта, где личный состав был придан отряду генерала Пржевальского и первоначально нес наряды гарнизонной службы в городе. Порт находился под контролем англичан, и создание конкурирующей морской силы на Каспии не вызывало восторга у британского командования. Но все же союзнический статус обязывал англичан помогать белым и содействовать созданию антибольшевистской военной флотилии. 7 марта 1919 г. командующим формируемой флотилии назначили капитана 1-го ранга А.И. Сергеева. Из-за противодействия азербайджанского правительства и англичан создать базу флотилии в Баку не удалось, и ей пришлось базироваться в районе Петровска. В июне появился приказ об откомандировании на флотилию всех морских офицеров с фронта (в частности, капитан 2-го ранга А.П. Ваксмут прибыл из Царицына с десятью офицерами). Рядовой состав укомплектовали астраханскими рыбаками-добровольцами.
В связи с тем, что большинство кораблей бывшей Каспийской флотилии Императорского флота находилось в Баку в распоряжении правительства Азербайджанской республики, а крупнотоннажные коммерческие суда в основном захватили англичане, организационная группа первоначально могла использовать только небольшие пароходы и парусно-моторные шхуны. Постепенно англичане начали передавать русским антибольшевистским силам русские же корабли.
Первое время англичане всячески противодействовали развитию русских морских сил на Каспии. В частности, кораблям флотилии приходилось ходить под русским национальным флагом вместо военного Андреевского, что подчеркивало зависимость флотилии от английского командования. Первую боевую операцию флотилия провела в мае 1919 г. по инициативе капитана 1-го ранга К.К. Шуберта. Лучше всего о ней рассказал Кадесников:
После расформирования британского отряда в июне — августе 1919 г. английское командование передало его корабли русским морякам. В корабельный состав флотилии вошли переданные англичанами вооруженные пароходы, ранее принадлежавшие обществу «Кавказ и Меркурий», сильнейшими из которых были «Дмитрий Донской» и «Князь Пожарский». Флотилия также включала вооруженные пароходы «Азия», «Европа», «Кама», «Ока», «Волга», «Орленок», «Африка», «Америка», «Австралия», «Слава», «Президент Крюгер», «Араг», «Надежда», «Мануфактура», катера-истребители №№ 1—10, катера «Доброволец», «Ретвизан», «Петровск», «Успех», «Михаил», «Литта», «Орлик», «Рыбак», «Крепыш», транспорты «Ленкоранец» и «Кизил-Агач».
1 сентября 1919 г. вступило в действие «Положение о флоте Каспийского моря», согласно которому основными задачами флота являлась защита каспийского побережья, обеспечение свободы плавания торговых судов и господства антибольшевистских сил на море. В состав флота входили: штаб командующего, собственно военная флотилия в составе четырех отрядов вооруженных судов, транспортная флотилия, состоявшая из трех отрядов, охрана Петровского рейда, морская инспекция, Управление Петровским портом, Служба связи, Дирекция маяков и лоций, воздушный отряд.
В дальнейшем Каспийская флотилия провела ряд боев с кораблями Волжско-Каспийской флотилии красных в районе дельты Волги и 12-футового рейда, установила морскую блокаду Астрахани, поставив заграждение из 200 мин, оказывала поддержку войскам на приморском фланге. К началу 1920 г. флотилия насчитывала 9 вспомогательных крейсеров, 7 канонерских лодок, 2 плавбатареи, 10 торпедных и 11 сторожевых катеров, 10 плавбаз и военных транспортов, 2 авиатранспорта с 10 гидросамолетами. Артиллерийское вооружение кораблей состояло из более чем 80 орудий, в том числе 56 — калибром от 76 до 152 мм.
В начале 1920 г. Красная армия провела успешное наступление на Северном Кавказе. 5 января был занят Гурьев, 6 февраля — Красноводск. Потеря основных пунктов базирования, а также трех подорвавшихся на минах кораблей, вынудили флотилию в апреле 1920 г. перейти в Баку. Отсюда корабли ушли в находившийся под контролем англичан иранский порт Энзели. Вспомогательный крейсер «Австралия» и посыльное судно «Часовой» перешли на сторону большевиков. В Энзели флотилия фактически оказалась интернированной англичанами, а значительная часть личного состава покинула корабли. В результате проведенной 18 мая 1920 г. Красным флотом Энзелийской операции Каспийская флотилия белых прекратила свое существование, а ее корабли пополнили военно-морские силы РСФСР и Азербайджанской ССР. Личный состав (80 офицеров и свыше 200 матросов) эвакуировался через Месопотамию и 23 сентября 1921 г. прибыл на пароходе в занятый белыми Владивосток, где продолжил службу в составе Сибирской флотилии.
Флотилии на Востоке России
В 1918–1919 гг. на территории, простирающейся от Поволжья до Тихого океана, существовал целый ряд речных, морских и озерных флотилий. Наиболее крупными из них являлись: Речной боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (Комуча), действовавший на Волге летом — осенью 1918 г.; Речная боевая флотилия (Камская), воевавшая в мае — июне 1919 г.; Обь-Иртышская речная боевая флотилия (август — октябрь 1919 г.); Енисейская флотилия (апрель — декабрь 1919 г.). В Тихоокеанском регионе существовали Морские силы на Дальнем Востоке в составе Сибирской и Амурской флотилий, созданных еще в период Российского императорского флота. Помимо флотилий на указанной территории действовал еще ряд сухопутных и учебных флотских подразделений.
Речной Боевой флот Народной армии Комитета членов Учредительного собрания (до 1 августа 1918 г. — Речная оборона) был создан в инициативном порядке морскими офицерами, оказавшимися в Самаре после занятия города чешскими частями. Флот подчинялся Главному штабу Народной армии (впоследствии Военному ведомству). Командующий — мичман В.А. Ершов (с августа 1918 г. — командующий 1-ми 3-м дивизионами, а фактически — всего флота, контр-адмирал Г.К. Старк). К октябрю в составе флота насчитывалось более 40 вооруженных пароходов, вспомогательных судов и катеров.
Первоначально Речной боевой флот состоял из одного дивизиона. В июле он был разделен на два — 1-й, Северный (командующий — мичман Мейрер), и 2-й, Южный (мичман Дмитриев). 1-й дивизион действовал вверх по Волге в сторону Симбирска и Казани, а 2-й — вниз по реке на Хвалынск и Вольск. 10 августа, вскоре после взятия Казани, в связи с увеличением количества пароходов началось формирование 3-го дивизиона под командованием капитана 2-го ранга П.П. Феодосьева. Также был сформирован штаб Речного боевого флота. При штабе имелось отделение контрразведки (начальник — полковник Кафаров).
