Мухаммед сначала расположился в верховьях Оки у литовского порубежья, откуда совершал набеги на русские земли, в том числе в 1439 г. на Москву, а затем занял Нижний Новгород и оттуда разорял прилегающие территории, захватив, в частности, Муром. В 1445 г. Улуг-Мухаммед бросил большие силы на русские земли. Василий Васильевич с войском вышел навстречу. Близ суздальского Спасо-Евфимиева монастыря 7 июля произошло решающее сражение. Московское войско потерпело поражение, а сам великий князь попал в плен. За освобождение из плена князя Улуг-Мухаммед потребовал немыслимый выкуп — 200 тысяч рублей. По Новгородским I и IV летописям, этот выкуп московский князь уплатил. Но такой суммы было не набрать по всем московским уделам. Видимо, речь могла идти лишь о изначальном требовании победителя от пленника. Вскоре, получив ложную информацию, будто Дмитрий Шемяка убил ханского посла и опасаясь соединения сил московского и галицкого князей, Улуг-Мухаммед отпустил Василия Васильевича под условием «дати ему с себя окуп, сколко может». Согласно Псковской Третьей летописи, «князь великой выиде на окуп... посулив на собе от злата и сребра и от портища всякого, и от коней, и от доспехов по 30 тысящь». Но и эту сумму князь собрать просто технически не смог бы.
Поражение московской рати и пленение великого князя заставляли москвичей ожидать самого худшего. В Москву устремились беглецы, рассеявшиеся после поражения, а также жители московских предместий. И на всех собравшихся в Москве обрушилась еще одна беда: в ночь на 14 июля вспыхнул пожар, и город сгорел, так что «ни единому древеси на граде остатися».В пожаре погибло, согласно Псковской летописи, 2700 человек, сгорело и практически все имущество собравшихся из разных городов людей. Естественно, что люди видели в несчастье Божью кару. Тем большей карой представлялось обрушившееся на Москву осенью землетрясение. И на этой волне в феврале 1446 г. Дмитрий Шемяка легко овладел Москвой. Василий Васильевич бежал в Троице-Сергиеву обитель, где его и захватил союзник Ше-мяки Иван Андреевич Можайский. Василий соглашался немедленно постричься в монахи, но у Дмитрия Шемяки были иные намерения. Согласно ряду летописей, Иван Можайский успокаивал великого князя, объясняя вооруженную акцию необходимостью заставить сопровождавших князя татар уменьшить размер «окупа». Самого князя сопроводили в Москву и «посади-ша на дворе Шемякине». По сведениям Татищева, у Василия искали «грамоты» - обязательства по выплатам окупа. Нашли обязательство выплатить Улуг-Мухаммеду 5 тысяч рублей и ежегодной дани по два рубля «со 100 голов».
По Новгородской IV летописи, своеобразный суд Василию Васильевичу учинили Дмитрий Шемяка, Борис Александрович Тверской и Иван Андреевич Можайский — они приняли решение ослепить своего противника, после чего Василий Васильевич и получил свое прозвание
Ослепленный Василий вместе с женой был отправлен «в заточение» в Углич. Детям его, Ивану и Юрию, удалось скрыться в Муроме, поближе к Улуг-Мухаммеду. Оправдать свержение Василия Васильевича было легко: правителем он был (как верно заметил Л .В. Черепнин) явно неспособным, и изложенные Новгородской летописью претензии к нему были оправданы. Но так уж повелось во все века, а в те времена особенно: победители сами немедленно приступают к грабежам, и эйфория по поводу улучшения положения быстро проходит.
Ионе поручалась миссия явно не из приятных: он должен был привезти сыновей Василия из Мурома. Но следует учитывать и то, что Иона формально оставался рязанским епископом, а Муром входил в состав Рязанской епархии. Шемяка же, естественно, стремился ликвидировать вероятный очаг оппозиции и противодействия, обещая Ионе, что княжичам будут даны уделы. Но вместо уделов их отправили в тот же Углич. Впрочем, соединение детей с родителями, хотя бы и находящимися под надзором и лишенными права свободного передвижения, — это все же не наказание. Поэтому в разных редакциях Жития Ионы их авторы излишне беспокоятся за авторитет святителя, согласившегося исполнить сомнительную миссию.
И в Муроме, и в Угличе княжичей сопровождали бояре и «обслуживающий персонал». В итоге это уже само по себе делало Углич местом достаточно взрывоопасным. Вскоре в Углич прибыла большая группа князей и бояр, составившая заговор с целью освобождения Василия Васильевича из угличского плена. Попытка эта не дала результата, и заговорщики, а также некоторые из их единомышленников бежаливЛитву. Внук Владимира Андреевича Храброго, князь боровско-серпуховской Василий Ярославич, получивший ранее от Казимира в удел Гомель, Стародуб, Мстиславль, поначалу также Брянск (позднее переданный Семену Ивановичу Оболенскому) и иные территории, становится центром притяжения для беглецов из Северо-Восточной Руси.
Осенью 1446 г. Шемяка собрал нечто вроде собора епископов, архимандритов и игуменов. Именно на этом соборе он проводил кандидатуру Ионы в качестве «исполняющего обязанности» митрополита. Но получить безусловную поддержку церкви ему не удалось — иерархи высказались за освобождение Василия Васильевича. Шемяка «укрепи великого князя крестными грамотами» и дал ему «в вотчину» Вологду. В честь освобождения князя Шемяка устроил грандиозный пир, на котором были, в частности, «вси епис-копи земли Русскиа, и бояре мнози и дети боярскые».
Это было началом конца правления Дмитрия Шемяки. Именно теперь тверской князь приглашает московского князя для обсуждения условий союза, направленного против Шемяки. Вокруг Василия Темного объединяются все разочарованные, а бежавшие в Литву после вестей, пришедших из Твери, возвращаются теперь во главе отрядов. В декабре 1446 г. Москва была захвачена приверженцами Василия, а в феврале 1447 г. в нее въехал и сам московский князь. 1447 год проходит в сложных и неискренних переговорах, пока церковь, занявшая теперь сторону московского князя, не предъявила Шемяке фактический ультиматум, требуя признания прав Василия Васильевича на великое княжение. При этом Шемяку обвиняли в том же, в чем он ранее, вполне обоснованно, обвинял Василия — в наведении татар. Еще несколько лет Шемяка пытается организовать северные районы Руси против Василия II Темного, но ему чаще всего приходится «бегать», пока в 1453 г. его не настигла в Новгороде приготовленная в Москве отрава.
Как и обычно, все беды спишут на побежденного, а победителя Василия увенчают лаврами, которых он явно не заслуживал: