Вечером 23 ноября, когда на Высокой был оборудован постоянный корректировочный пост, японцы открыли методический прицельный огонь по русской эскадре. Участь кораблей была предрешена. Правда, в создавшейся обстановке адмирал Вирен мог вывести эскадру в море и попытаться прорваться в нейтральные порты или в открытом бою нанести японскому флоту существенный урон. Но вновь испеченный адмирал преступно бездействовал, отдавая корабли на расстрел осадных батарей противника. Первой затонула «Полтава», после того как одиннадцатидюймовый снаряд попал в артиллерийский погреб и вызвал взрыв боеприпасов. В «Ретвизан» попало более 20 снарядов, и броненосец в четыре часа дня затонул. Через два дня его судьбу разделили броненосцы «Пересвет» и «Победа». В тот же день погиб крейсер «Паллада» и был сильно поврежден крейсер «Баян».
27 ноября адмирал Вирен после совещания адмиралов и флагманов отдал приказ, первый пункт которого гласил: «Судам вверенного мне отряда, за исключением броненосца „Севастополь“ и крейсера „Баян“, окончить кампанию и спустить флаги».
Адмирал несколько запоздал с приказом, ибо последний из крейсеров — «Баян» был поражен десятью одиннадцатидюймовыми снарядами и затонул.
И только один «Севастополь» решил погибнуть в бою. Еще 24 ноября его командир капитан 1-го ранга Эссен попросил у Вирена разрешения на выход броненосца и получил отказ. 27 ноября он все-таки вышел на рейд, бросил якорь в бухте Белый Волк и несколько суток вел отчаянную борьбу с японскими миноносцами, нанося им значительный урон. Получив серьезные повреждения, броненосец был затоплен своим командиром на двадцатисаженной глубине.
Артурская эскадра, всего год назад мало чем уступавшая объединенному японскому флоту, прекратила свое существование. Моряки плакали, покидая корабли. Чувство глубокой боли и ненависти они обратили на врага, штурмующего крепость, но надолго осталась в памяти простых моряков обида на тех, кто преступно, без боя позволил уничтожить корабли.
Роман Исидорович тяжело переживал потерю Высокой, но вида не подавал. В последнее время он стал замечать, что быстро устает, причем не физически, а морально. Болезни, преследовавшие его с ранней юности, перестали о себе напоминать, зато часто наступала апатия. Порой, наоборот, он быстро возбуждался, грубил без причины, даже подчиненным, чего ранее за ним не водилось. Конечно, нервное напряжение от непрерывных боев, постоянное ожидание смерти могли вывести из себя кого угодно, но сам Кондратенко нынешнее свое настроение связывал с общими неудачами на фронте. В последнее время все вокруг уже не говорило, а кричало об этом: бездействие Маньчжурской армии, черепашьи темпы продвижения 2-й Тихоокеанской эскадры и гибель 1-й. Боль утрат, обида за армию, которая стояла на грани поражения, делали жизнь невыносимой, и только внутреннее самообладание и высоко развитое чувство долга заставляли его трудиться с неменьшей энергией.
С падением Высокой и расстрелом кораблей эскадры на фронте наступило относительное затишье. Впервые за последние недели Кондратенко приказал провести в своем домике генеральную уборку. Вновь появились чистые простыни, горячая вода. Только не стало привычных всем поздних обедов или ужинов, на которых офицеры не только весело проводили время, но и решали многие важные вопросы, связанные с обороной Артура. Многие из постоянных друзей и соратников генерала Кондратенко погибли, другие лежали в госпиталях. Да и поздно было выдумывать новое. Борьба подошла к той точке, когда перед оборонявшимися встал один вопрос: как можно дороже отдать свою жизнь?
Вечерами, если не было надобности выезжать в войска, Кондратенко, оставшись дома, много читал, размышлял, пытался осмыслить создавшееся положение. Защитникам крепости выбирать не приходилось. У них оставалось одно — сражаться до конца, оттягивая на себя как можно больше сил, и, если придется, погибнуть с честью. Сделано ими было немало. Более 200 дней боролся Артур в тисках блокады, приковывая к себе треть находившихся в Маньчжурии японских войск. От сознания этого на душе становилось немного легче.
Роман Исидорович принимался писать письмо жене, но странное дело: любивший раньше писать, он теперь после первой же строки впадал в меланхолию и бросал перо. Только дело, давно ставшее привычным, любимым, необходимым, отвлекало от мрачных дум. И Кондратенко окунался в привычные заботы. Поймав себя как-то раз на невольной грубости, Роман Исидорович стал еще внимательнее относиться к подчиненным, особенно к нижним чинам. Не считаясь с усталостью, выезжал в любое время на укрепления. Следил, чтобы солдатам готовили горячую пишу, не забывал бывать в госпиталях.
После того как генерал Ноги начал саперные работы вокруг укреплений полевого типа, можно было предположить, что японцы окончательно отказались штурмовать крепость. Действительно, японский командующий решил взять крепость на измор. Защитникам от этого легче не стало. Японские саперы сосредоточили усилия против фортов № 2 и № 3 и не прекращали работу ни на час. С русских укреплений бросали гранаты, скатывали шаровые мины, артиллеристы били шрапнелью, но японцы продолжали работы.
Днем 2 декабря Кондратенко получил донесение, что в районе 2-го форта японцы применяют удушающий газ. Он немедленно отправился на передовую. По дороге заехал в штаб и пригласил с собой начальника 2-го отдела Восточного фронта подполковника Науменко, там же к ним присоединился капитан Зангенидзе. Все это были старые соратники генерала, давно проверенные и надежные люди. Дорога прошла быстро, в оживленной беседе. Все единодушно пришли к выводу, что японцы вряд ли применили отравляющие вещества, а просто зажгли какую-то гадость. Большую часть времени друзья говорили о контрминной войне.
В форту их встретили комендант подпоручик Фролов и руководивший минными работами подполковник Рашевский. Действительно, ни о каких отравляющих веществах не могло быть и речи. Просто японцы зажгли в занятой ими части контрэскарпной галереи пропитанный чем-то войлок и вынудили защитников форта оставить галерею. Выслушав доклады, Кондратенко предложил всем осмотреть укрепление.
Обстрел начался неожиданно, когда генерал и сопровождающие его офицеры выходили из каземата. Пришлось вернуться назад. Роман Исидорович сел за карту, одновременно слушая Рашевского, который объяснял причины последних неудач в контрминной борьбе. Обстановка была привычной. От близких разрывов дрожала земля, на мигающий язычок керосиновой лампы с потолка сыпались песок и земля. Офицеры тихо переговаривались. И только при приближении гула одиннадцатидюймового снаряда умолкали… Было девять часов вечера, когда раздался оглушительный взрыв…
Одиннадцатидюймовый гаубичный снаряд, пробив перекрытие, разорвался внутри каземата. От взрыва погибли генерал Кондратенко, подполковники Науменко и Рашевский, капитан Зангенидзе, еще пять офицеров и несколько солдат. Погибли разом те, о которых участник обороны Ф. И. Булгаков позднее напишет: «Для него и его достойных сотрудников: Науменко, Рашевского… и других не существовало понятий: „не время“, „поздно“, „не наше дело“ и т. п., что создавались формализмом и рутинной канцелярией. Все они готовы были делать самое маленькое дело, не считаясь ни очередью, ни служебным положением».
Смерть Кондратенко потрясла защитников крепости. После гибели адмирала Макарова это была главная потеря для Артура, но в начале обороны смерть адмирала воспринялась не так остро. Сейчас, в самые тяжелые, критические дни осады, потеря Кондратенко была поистине невосполнима. 3 декабря в приказе по гарнизону было объявлено: «День 2 декабря есть день печали для нас, защитников крепости. В 9 часов вечера на форте № 2 убит бомбой наш герой, наша гордость — командующий 7-й Восточно-Сибирской дивизией генерал-майор Кондратенко…»
4 декабря после панихиды, на которую, несмотря на непрекращающуюся бомбардировку, собралось огромное количество народа, состоялись скромные похороны. Моряки и пехотинцы, артиллеристы и саперы — все двигались в скорбной процессии. В толпе было много раненых и гражданских лиц. На лафете, в который была впряжена пара лошадей, стояли гробы с телами Кондратенко и Науменко. Не было траурного оркестра и торжественного песнопения. Хоронили героев под звуки артиллерийской канонады и затихающей вдали ружейно-пулеметной перестрелки. На кладбище у батареи Плоского мыса появились две новые
