Работая преподавателем ботаники, Ледебур обнаружил отсутствие единого руководства по системе растений России, в частности оставалась малоизученной флора Сибири.
Как это ни странно, но единственным полным источником по систематике сибирских растений оставался труд И. Гмелина «Флора Сибири», который был очень неудобен для чтения. Двухтомная работа П.С. Палласа «Флора России» (годы издания 1784–1788) также содержала весьма ограниченное количество сибирских видов. Поэтому Ледебур решил создать сводный, по возможности полный труд по системе растений Сибири. Он прекрасно сознавал всю трудность задачи, которая едва ли была по плечу одному человеку. Он собрал и изучил всю ботаническую литературу по России — не только специальные труды по ботанике, но и дневниковые записи путешественников–естествоиспытателей: П. Палласа, И. Гмелина, И. Фалька, Е. Патрена, И. Шангина, И. Сиверса, — всю скудную информацию по флоре этой огромной территории.
Однако он работал на должности ординарного профессора и был обязан читать лекции, руководить работами в ботаническом саду, поэтому не мог уехать в длительную экспедицию. Да и денег на такое длительное предприятие тоже не было. Академия наук в это время все средства направляла на строительство Императорского ботанического сада. Война с Наполеоном истощила государственную казну.
В 1820 году Ледебур передал преподавание минералогии проф. С.М. Энгельгардту, а проф. И.Ф. Эшшольцу — анатомию и зоологию. Но ему самому пришлось читать лекции по зоологии и анатомии до 1825 года, так как проф. Эшшольц в течение трёх лет находился вместе с прославленным мореплавателем, географом О.Е. Коцебу (1788–1846) в кругосветном плавании на шлюпе «Предприятие». И только после его возвращения Ледебур имел возможность осуществить свои замыслы. Он составил план путешествия по Алтаю, который получил одобрение на Совете университета. План был поддержан и ректором университета, известным историком И.Г. Эверсом. Ему впоследствии Ледебур в знак благодарности посвятит своё описание путешествия на Алтай. На экспедицию ему было отпущено из университетских сумм 10 тысяч рублей, а её участникам был предоставлен годичный отпуск с сохранением жалования. Серьёзную поддержку Ледебуру в осуществлении его планов оказал министр финансов Е.Ф. Канкрин, исходатайствовавший средства для этой экспедиции. Наконец, 11 января 1826 года последовало правительственное разрешение, а 16 января Ледебур со своими спутниками выехал из Дерпта.
Здесь опять мы встречаемся с именем графа Канкрина, который вновь находит время заниматься ботаническим вопросом и финансирует научную экспедицию. Зачем? Неужели затем, чтобы удовлетворить профессиональный интерес своего брата немца? Попробуем разобраться: вероятнее всего разгадка кроется в убыточности кабинетских земель на Алтае. По своим размерам территория кабинетского хозяйства на Алтае превышала площадь таких стран Западной Европы, как Англия, Голландия и им подобных. На бывшей алтайской территории Кабинета в настоящее время находятся Алтайский край, Кемеровская и Новосибирская области, часть Томской, Павлодарской, Семипалатинской и Восточно–Казахстанской областей. Для управления данной территорией с расположенными на ней заводами, рудниками, населением был учрежден округ Колывано–Воскресенских горных заводов, переименованный в 1831 году в Алтайский горный округ, на территории которого царскому Кабинету было предоставлено монопольное право использовать рудные месторождения, леса,
Ледебур очень хорошо спланировал всю экспедицию. Её успех обеспечивал он сам и его два ближайших ученика — К.А. Мейер и А.А. Бунге, которые впоследствии стали выдающимися ботаниками. Кроме того, он ещё до экспедиции познакомился с доктором Геблером, который в то время работал врачом в Барнауле, а в свободное время изучал природу Алтая.
Фридрих Август Геблер (1781–1850) прибыл в Барнаул в 1808 году из Дрездена, откликнувшись на призыв русского Правительства. Причиной было неустойчивое финансовое положение семьи. Благодаря подвижнической работе немецкого публициста Фиккера, мы можем знать, что, будучи молодым человеком, Геблер любил танцы, не прочь был выпить, дрался на дуэли и был толковым врачом. Геблеру понравился Алтай, он продлевает контракт и продолжает работу в Горном округе. В 1811 году он женился на дочери горного офицера и после рождения первенца принял русское гражданство. В 1823 году при помощи начальника горных заводов Фролова он основал Барнаульский краеведческий музей.
Надо сказать, Ледебур с большим пониманием отнесся к этой затее Геблера и впоследствии передал в краеведческий музей бесценный дар — гербарий, в котором содержалось по экземпляру практически всех видов растений, собранных им и его спутниками в горах Алтая. Гербарий содержал много новых видов, описание которых он позже поместит во «Флору Алтая». Как жаль, что эта коллекция растений не сохранилась. Уже в 1892 году один из внуков Геблера отметил, что музей,
Последние сведения об этом гербарии датируются 1900 годом, когда он хранился в административном здании барнаульского лесозавода.
А в то время Геблер совершал по нехоженым землям одну экспедицию за другой. Перед ним открылась неизведанная страна, и он со страстью первопроходца увеличивал список своих открытий. Одним из его наиболее значимых научных достижений было открытие ледников на Алтае и в частности на главной вершине горы Белухи.
Похоже, что Геблер никогда не стремился вернуться обратно в Германию. Подлинным Отечеством для него стала Россия, в которой он прожил 42 года из своих неполных 70 лет. Он ушёл из жизни 21 марта 1850 года в Барнауле. На следующий день скончалась его жена.
