Михаил протестовал против всего, что нарушало права ордена, и заявлял, что он сам был угнетен и подавлен, так что действия, к которым его принуждали, не могут иметь никакого значения и силы.
Михаил был задержан в Авиньоне, а в Болонье собрался генеральный капитул ордена. Иоанн поручил епископу Остии добиться выборов нового генерала. Капитул избрал снова Михаила. Ввиду драмы, разыгрывавшейся в Риме, Михаил боялся за свою жизнь и бежал 26 мая вместе с Оккамом и Бонаграцией. 9 июня он прибыл в Пизу. Отлученный от Церкви и лишенный сана, Михаил утверждал, что Иоанн — еретик, обесчестивший папское достоинство. На созванном папой в июле 1329 г. в Париже генеральном капитуле ордена францисканцев Михаил и все верные ему провинциалы были заменены сторонниками папы; Михаил был низложен и генералом избран Герард Одо; но добиться от капитула осуждения учения о нищете Христа папа не смог.
В Германии большинство францисканцев оставались верными Михаилу и Людовику. В январе 1331 г. Иоанн издал буллу, специально направленную против них; она лишала привилегий и неприкосновенности всякого, кто будет признавать Людовика императором и отправлять богослужение в местностях, на которые наложен интердикт, и приказывала прелатам и инквизиторам преследовать мятежных. Однако Людовик и францисканцы Германии эту буллу игнорировали.
Вопрос о нищете Христа, который Иоанн и Людовик хотели сделать предметом возникшей между ними ссоры и в котором сильно были заинтересованы некоторые немецкие францисканцы, не поднимался в Германии после смерти Людовика в октябре 1374 г. и прекращения существования Мюнхенской колонии беглецов-францисканцев со смертью Михаила Чезенского в ноябре 1342 г. и Оккама — между 1347 и 1350 гг.
Иначе обстояло дело в Италии, родине францисканства. Там всегда были сильны убеждения в святости полной нищеты. Во время Бонифация и Климента и в начале папства Иоанна исповедовавшие осужденное учение скрывались или искали убежища в Сицилии. Они снова неожиданно появились и умножились благодаря францисканскому расколу. Падение антипапы-францисканца в январе 1330 г. и торжество Иоанна вызвали новое преследование их. Но и сторонники нищеты дошли до отрицания папского авторитета и обвинения Св. Престола в ереси. Эти люди считали, что убеждения их осужденных братьев были верны. В отношении к фратичелли тайное и сильное расположение распространялось не только между монахами, но иногда и между прелатами; в 1336 г. епископ Камерино и епископ Фирмо были обвинены в оказании покровительства этим еретикам и в разрешении им жить в их епархиях. Бенедикт XII в 1335 г. на другой же день избрания обрушился на этих Братьев бедного образа жизни, как сами они себя называли. Во многих местностях эти сектанты продолжали открыто выказывать свое несогласие с Церковью.
Они продолжали считать своим генералом Михаила, оскорбляли память Иоанна XXII и успешно занимались обращением. Их открыто поддерживали люди могущественные и высокопоставленные. Всем инквизиторам от Тревизо и Ломбардии до Сицилии было приказано очистить Церковь от этих нечестивцев; прелатам было предложено оказывать инквизиторам деятельную помощь. В 1337 г. инквизитор Анконской Марки получил приказ строго повести дело против епископа Камерино и против других покровителей еретиков, настаивавших на нищете Христа. От кающегося инквизиторы требовали клятву: «Клянусь, что я верую в своей душе и совести и исповедую, что Иисус Христос и апостолы во время их земной жизни владели имуществом, которое приписывает им Священное Писание, и что они имели право это имущество отдавать, продавать и отчуждать».
В 1343 г. Климент VI приказал епископам Анконы и Осимо вызвать к папе до истечения трехмесячного срока сеньора Камерино, чтобы дать ответ за покровительство фратичелли, за препятствие свободному отправлению инквизиторами их обязанностей и за проявляемое им в течение нескольких лет презрительное отношение к наложенному на него инквизиторами отлучению от Церкви. Но сами инквизиторы, в особенности во францисканских округах, не всегда горячо относились к делу, потому что не могли получить выгоду от конфискаций у тех лиц, которые обладание имуществом считали грехом. В 1346 г. Климент сделал строгое замечание этим вялым преследователям. В этих спокойных округах фратичелли скрывались мало. Тоскана была полна фратичелли. Флоренция приняла против них суровые законы, осудив их на изгнание из города, предоставив всякому гражданину право арестовывать их и выдавать святому трибуналу и наложив штраф в пятьсот ливров на всякого чиновника, который, несмотря на приказание инквизиторов, откажется помочь им при аресте сектантов. В свою очередь около середины XIV в. фратичелли распространили по всей Италии документ, писанный на народном языке, «дабы всякий мог понять его»; в нем они заклеймили всю иерархию Рима как еретическую. Поэтому фратичелли и сами были вынуждены отделиться от еретической Церкви; они выпускают заявление, чтобы показать свое направление. Если положения их в чем-либо ложны, то они просят указать им допущенную ошибку; но если учение их правильно, то все верные должны принять его; ибо, раз факты известны всем, то все те, кто пойдет вместе с прелатами и духовенством, еретическим и отлученным от Церкви, будут причастны к ереси.
Инквизитор Джакомо делла Марка, безжалостный искоренитель ереси, сообщает около 1460 г. в своем «Диалоге с фратичелло» сведения об окончательной форме учения фратичелли. Все сводится к вопросу о нищете Христа и о еретическом характере Иоанна. Фратичелли клеймят католиков именем иоаннитов, а себя называют михаелитами, так что еретиков возводили к схизматикам-францисканцам, группировавшимся вокруг Михаила Мезенского, а не к спиритуалам. Они, выставляя священников виновными в симонии и конкубинате, отвращают простой народ от духовенства; люди отказываются исповедоваться у священников, присутствовать на совершаемых ими богослужениях, получать таинства из их рук и платить десятину. Таким образом, фратичелли, воображая себя детьми Бога, являются, по мнению инквизитора, еретиками.
Уже с 1362 г. фратичелли образовывали несколько различных сект, из которых каждая считала себя единственно истинной Церковью. Неполнота документов, которыми располагает история, не позволяет подробно проследить различия этих фракций; можно только вообще утверждать, что еретическая Церковь не состояла из одних только отшельников и монахов; у нее было свое духовенство, свои верные миряне и свои епископы, во главе которых стоял верховный вождь или папа, известный под именем епископа Филадельфии (Филадельфия было мистическое имя общины). В 1367 г. этот пост занимал бывший аквинский епископ Томассо; в 1374 г. открыли другого папу в Перузе; в 1429 г. в это достоинство возвели Райнальдо. Был даже глава мирян, который назывался Императором Христиан!
Папы приказывали инквизиции уничтожить секты. Во время папства Урбана V в Витербо было сожжено девять фратичелли, а в 1389 г. несколько еретиков казнено во Флоренции. Сицилия и юг Италии оставались глубоко зараженными ересью. В Неаполе в 1362 г. было арестовано и сожжено много фратичелли на огромном костре. Тем не менее салернский архидьякон-фратичелло в 1362 г. получил епископскую кафедру в Тривенто, которую занимал до самой смерти около 1382 г. В 1372 г. Григорий XI узнал, что в Сицилии останки умерших фратичелли почитаются как мощи. Папа приказал инквизиторам положить этому конец, но народ продолжал считать фратичелли истинными детьми св. Франциска, давал им убежище и презирал францисканцев, не соблюдавших свой монашеский Обет. Францисканцы в 1374 г. вступили с фратичелли в публичный диспут в Перузе. Их представитель доказал, что повиновение папе стоит выше повиновения уставу, и фратичелли были изгнаны из города. Однако и после этой победы инквизиция не осмеливалась их преследовать.
Фратичелли не ограничивались обращениями в Италии. Они распространяли Евангелие между неверными и варварами. В 1344 г. Климент VI обратился к архиепископам, епископам и всем верным Армении, Персии и Востока, чтобы они остерегались «этих посланников Сатаны». Не имея в этих странах инквизиторов, папа приказывал прелатам разыскивать и наказывать этих еретиков. В 1346 г. Климент VI вызвал к себе в четырехмесячный срок самого селевкийского архиепископа. Этот прелат, зараженный заблуждениями псевдоминоритов, составил на армянском языке и распространял по всей Азии толкования на Евангелие от Иоанна, в котором поддерживал запрещенное учение о нищете Христа. В 1354 г. Иннокентий VI приказал епископу Каффы вступить в борьбу при помощи инквизиционных приемов с фратичелли, которые вели деятельную миссию среди крымских хазар. В 1375 г. Григорий XI приказал францисканскому провинциалу Египта и Сирии применить к фратичелли-миссионерам всю строгость законов против этих еретиков. Один из них заразил своей ересью христиан Туниса; Григорий приказал капитанам христианских войск, служивших у тунисского бея арестовать фратичелло и прислать его к архиепископу Неаполя или Пизы.
Уничтожали фратичелли в Лангедоке и Провансе. В 1336 г. в папские темницы Авиньона было