Нужно сказать, что несколько пристрастное отношение Менделеева к упомянутому саратовскому персонажу, бывшему преподавателю младших классов Гатчинского сиротского института Н. Г. Неклюдову, было во многом связано с умением и готовностью того подолгу играть в шахматы. Во время его приездов в столицу Дмитрий Иванович всегда приглашал его к себе на обед, после чего они надолго усаживались за шахматной доской. Любовь Менделеева к древней игре к этому времени всё больше напоминала безумную страсть. Он вел охоту на шахматистов. Едва придя на работу, Дмитрий Иванович мог сразу заняться поиском партнера для игры на грядущие вечер и ночь.
Шахматные способности сотрудника могли в корне изменить его судьбу. Так, например, произошло с А. М. Кремлевым, которого Менделеев вначале отчего-то сильно невзлюбил (поговаривали, что за малый рост — Дмитрий Иванович с подозрением относился к низкорослым) и собирался перевести куда-нибудь подальше в провинцию. Ситуация для Кремлева была тем более обидной, что он был истинным и преданным почитателем Менделеева. Выручил его Младенцев. Как-то во время доклада Менделееву (а вопрос о переводе Кремлева был уже решен, дата и место назначения определены) он будто ненароком обмолвился, что Кремлев играет в шахматы. В тот же вечер опальный сотрудник был приглашен в гости, и вскоре между ними завязались удивительно теплые и мягкие отношения. Благодарный Кремлев был счастлив играть с обожаемым Дмитрием Ивановичем всю ночь до утра и уходил только после того, как его партнер сам вставал из-за стола. Тут он был абсолютным рекордсменом, поскольку прежний чемпион К. Н. Егоров хотя тоже мог сидеть за шахматной доской очень подолгу, но в конце концов не выдерживал и первым прекращал игру, предлагая недовольному хозяину подумать о сне. Блюмбах выдерживал только до трех часов ночи. Следующим по силе шахматным марафонцем был художник Архип Иванович Куинджи. Далее шли А. И. Горбов, С. П. Вуколов, Ф. П. Завадский, друг молодости Менделеева А. И. Скиндер и принятый по рекомендации редактора-издателя «Шахматного журнала» А. К. Макарова на место Скиндера после его безвременной смерти А. А. Ржешотарский. Таким образом, Кремлев не только остался в Главной палате, но и подружился со своим кумиром. Вскоре он даже был допущен к святая святых — корректуре 8-го издания «Основ химии». В дальнейшем Менделеев причислял его к самым близким людям и даже подарил свой портфель с трогательной гравировкой.
Оборудование для Главной палаты изготавливалось по самому высокому классу точности. Многое было сконструировано по идеям или под руководством Менделеева самими сотрудниками и здесь же, на месте, изготовлено талантливым механиком И. И. Кварнбергом. Что-то приходилось заказывать заграничным умельцам, например универсальный компаратор (прибор для сравнения измеряемых линейных величин с мерами или шкалами) английской фирмы «Траутон и Симмс». В эти годы Менделеева, прирожденного путешественника, можно было встретить за границей особенно часто. Среди множества других вещей его теперь интересует всё, что касается метрологии: приборы, методика, организация поверочного дела, но в первую очередь — эталоны. Он считает необходимым «возобновить», то есть заменить новыми все русские эталоны, изготовленные до 1835 года. Наряду с основными, неприкосновенными прототипами идет изготовление точно таких же рабочих образцов. Заранее, на уже близкую перспективу, начинается аналогичная работа с метрическими эталонами. Дмитрий Иванович и его сотрудники становятся частыми гостями Парижской консерватории изящных ремесел, где их всегда с удовольствием встречает старый друг Менделеева Ж. Треска. Но главное место их командировок — Англия, поскольку эталоны русских мер с петровских времен соотносились именно с английскими. Так, аршин (71,12 сантиметра) соотносился с английским ярдом (91,44 сантиметра) через их кратность дюйму (2,54 сантиметра): в аршине должно быть 28 полных дюймов, а в ярде — 36. Эталон аршина был изготовлен фирмой «Траутон и Симмс» из сплава, применяемого в международных метрических эталонах и состоявшего на 90 процентов из платины и на 10 процентов из иридия. Сличение сажени и полусажени было произведено лично Менделеевым, Блюмбахом и директором Лондонского бюро стандартов Г. Ченеем. По заказу русских метрологов в Лондоне было изготовлено несколько образцов русского фунта (0,40951241 килограмма) — в виде цилиндров с высотой, равной диаметру. Дмитрий Иванович поручил их чистовую доводку сначала английскому механику Л. Эртлингу, а затем, на совершенно деликатной стадии, своим сотрудникам Сапожникову и Завадскому. Затем в Петербурге был изготовлен еще один, рабочий, образец фунта из золотого монетного сплава.
В ходе «возобновления прототипов» русские метрологи осуществили 80 серий сличений и 20 тысяч специальных наблюдений. Представить, сколько всего было сделано ими за пять первых лет, и оценить энергию их главного организатора можно, например, сравнив этот объем работы с темпами заграничных метрологов: подобная задача в Англии была решена за 21 год, во Франции — за 17 лет.
В эти же годы Дмитрий Иванович создает и детально разрабатывает свою теорию взвешивания, вводит новые формулы и метрологические понятия, обосновывает оптимальное количество взвешиваний и даже дает правила расчета вероятных погрешностей. В 1895 году выходит в свет его фундаментальный метрологический труд «О приемах точных, или метрологических, взвешиваний», который до сих пор остается современным, особенно в части методов сличения эталонов массы и рекомендаций по выполнению особо точных взвешиваний. А предложенный им проект одноплечих двухпризменных весов вообще обогнал свое время — после ряда попыток был реализован лишь в 1932 году Иваном Дмитриевичем Менделеевым и получил с тех пор широкое распространение.
Отдавая массу сил и времени весам различных конструкций (по его указанию были приобретены и усовершенствованы самые чувствительные для того времени весы фирмы «Рупрехт» и весы для взвешивания в безвоздушном пространстве конструкции австрийца И. Неметца), работая с разнообразными маятниками, Менделеев по-прежнему видел суть химии где-то совсем рядом с механикой и не оставлял мысли подобраться к загадке мирового эфира. По этому поводу он писал:
Но занятия Дмитрия Ивановича в эти годы невозможно свести к одной метрологии. Кроме создания пироколлодийного пороха, были еще участие в разработке таможенного тарифа с Германией (отношения с ней в те годы историки часто называют таможенной войной), работа в комиссии по устройству Томского технологического института и университета. Министр просвещения И. Д. Делянов сам не смог уговорить Дмитрия Ивановича войти в комиссию, так он объяснил Витте, что без Менделеева томское дитя так и не родится, а уважаемому Сергею Юльевичу как откажешь? Менделеев деятельно участвовал в организации Нижегородской ярмарки 1896 года
Точно так же и его поездки за границу нельзя свести единственно к делам Главной палаты мер и весов. Европа в определенном смысле всегда была для него чем-то вроде шахмат — отвлекала от докучных дум и возвращала в рабочее состояние. Тем более что здоровье Дмитрия Ивановича требовало ежегодного лечения на Лазурном Берегу. Плюс поездки за получением наград… Подсчитано, что за свою жизнь (73 года) ученый почти девять лет провел за пределами России. Одна из самых известных поездок состоялась в 1894 году в Англию, куда на этот раз Менделеев был приглашен Кембриджским и Оксфордским университетами для получения докторской степени. Из Франции, где у него было несколько встреч с коллегами, он вместе с женой переправился через Ла-Манш и уже в Лондоне встретился с приехавшим ранее по делам Палаты Ф. И. Блюмбахом, чье присутствие избавляло от мук немоты при общении с коллегами.