В 1921 году Николая Прокошока как опытного уже бойца, преданного делу революции, направляют на работу в Старо-Константиновскую Чрезвычайную комиссию. Это стало поворотным пунктом в его судьбе. Молодому чекисту дали особые полномочия, каких и требовала новая его работа — борьба с политическим бандитизмом, то есть с подрывом государственной власти. Одной из крупнейших диверсионно- террористических банд, в уничтожении которой принимал участие Николай Прокопюк, была банда Тютюнника, засланная польской разведкой на нашу территорию. Собственно, это были две тысячи недобитых петлюровцев. Но их добили. Клинками, маузерами, военной хитростью, на которую, впрочем, был горазд и сам Тютюнник, но главное — добили уверенностью в собственной силе. В свое время младшая сестра Николая Варвара спрашивала у него: «Коля, каким оружием лучше всего бороться против обидевших тебя людей?» «Насмешкой», — ответил он. Что ж, время, жизнь вносили свои коррективы.
В 1923 году Николая Архиповича Прокопюка за заслуги перед революцией наградили боевым именным оружием и грамотой Шепетовского окружного партийного комитета, исполкома и окружного отдела ГПУ. Еще можно добавить, что Николаю повезло: за пять лет боев, отступлений, наступлений, засад и тому подобного он ни разу не был сколько-нибудь тяжело ранен.
В 1924 году Николая Архиповича направляют в пограничные войска. До 1929 года он на разведывательной работе в 20-м Славутском пограничном отряде, а затем в течение двух лет — в 24-м Могилев-Подольском погранотряде. В эти годы и происходит его практическая боевая учеба как разведчика и контрразведчика.
Империалистические разведки забрасывали в нашу страну диверсантов и агентуру. Главари контрреволюционных банд продолжали антисоветские действия из-за границы. И контрабандная деятельность, развернутая граничащими с нашей страной буржуазными государствами, наносила огромный ущерб. Все это было совсем иное, нежели открытый бой, к которому привык Прокопюк в годы гражданской войны. Спирт, например, в бревнах переправляли. Для этого бревно распиливали, выдалбливали паз для помещения бачков со спиртом и вновь сбивали, а затем сплавляли вместе с плотом или поодиночке. Плывет бревно по реке, да еще ночью — разберись тут! Контрабандные товары, не поддающиеся порче при нагревании, запекали в хлебобулочные изделия. Из платины делали гвозди и вбивали их в крышки посылок. Золотые часы переправлялись в кусках туалетного мыла. Контрабандисты, промышлявшие наркотиками, заставляли своих верховых лошадей заглатывать кокаин в капсулах из металла, а после перехода через границу забивали животных и извлекали из желудка капсулы. Там, где граница проходила по реке, контрабандисты нередко протягивали по дну специальные канаты и по ним перетаскивали контрабанду. И тому подобное. Не прекращался политический бандитизм.
Разведывательные подразделения пограничных войск старались создавать в антисоветских бандах, окопавшихся в приграничных районах, атмосферу недоверия к главарям со стороны рядовых бандитов, убеждали их в бесполезности борьбы против Советской власти, склоняли к добровольной явке с повинной, выводили банды под удары оперативно-чекистских групп и войсковых частей Красной Армии. Николай Архипович организовывал проникновение разведчиков во вражеские спецслужбы, зарубежные антисоветские центры. Не все сразу, конечно же, получалось в то время ладно — ведь он учился, были и курьезы. Однажды ему попалась в руки книжка, написанная белоэмигрантом князем Долгоруким и выпущенная в те годы в Париже. Князь, в частности, описывал, как ему удалось перейти границу, обманув советских пограничников. Николай Архипович, к стыду своему, обнаружил, что князь-то прошел именно на его участке. Память у Прокопюка была отменная, и он сразу же вспомнил этого князя, притворившегося псаломщиком. Но что ж поделаешь, можно было только иметь в виду на будущее… Кстати, в будущем работу Николая Архиповича в пограничных отрядах отметят, и не раз.
«…Народному комиссару внутренних дел УССР… рапорт. В связи с празднованием 15-летия погранохраны ряд заслуженных пограничников представлены к наградам. В их число не включен бывший в течении 7-и лет Уполномоченным ИНО Славутского и Могилевского отрядов тов. Прокопюк, ныне работающий в особом отделе НКВД УССР. Я могу Вам доложить, что из числа оперативных работников Украинской границы тов. Прокопюк принадлежит к числу наиболее заслуженных оперативных работников. Его энергия, личные боевые заслуги известны по многим боевым чекистским операциям. Достаточно напомнить дела по диверсионным бандам Трейко, Цаль-Цалько… Вследствие того, что оперативная работа является важнейшим элементом охраны границы, а тов. Прокопюк является одним из старейших и заслуженных чекистов-оперативников по охране границы, ходатайствую о представлении его к награде — что он своей преданностью, личной храбростью и многочисленными чекистскими успешными операциями вполне заслужил. Нач. отдела НКВД УССР… 9 февраля 1936 г. Киев».
А пока что, в 1931 году, Николая Архиповича направили на работу в центральный аппарат ГПУ Украины. Сначала заместителем, а затем и начальником отдела. Это было повышение в должности, которое не исключало личного участия в боевых операциях. Например, по уничтожению групп диверсантов, забрасываемых на территорию нашей страны. И вот тут параллельно с основной работой он начинает заниматься подготовкой кадров для партизанской борьбы на случай войны. Да и сам, несмотря на десятилетний опыт службы в особых войсках, основательно изучает те дисциплины, приобретает те знания и навыки, которые позволили бы быстро и эффективно развернуть борьбу в тылу противника, на его собственной территории. Основными дисциплинами были: политическая, строевая, огневая, физическая и воздушно-десантная подготовка, тактика партизанских действий, минно-подрывное дело, разведка, маскировка и топография. Николай Архипович готовился в случае войны воевать в небольшом диверсионном отряде. Что это такое?
Советская военная наука предвидела высокую моторизацию и механизацию регулярных войск противника в будущей войне, широкое использование автомобильного и железнодорожного транспорта, больших масс авиации, танков, самоходной артиллерии — что, несомненно, должно было усложнить боевую деятельность партизан, вооруженных относительно легко. И поэтому стали разрабатываться такие средства партизанской борьбы, которые позволили бы уничтожать живую силу и технику врага, не вступая с ним в боевые столкновения. Для этого годились бы небольшие группы, способные с помощью диверсий наносить противнику значительные потери. Рассчитали, что одна диверсия (например, крушение воинского эшелона), совершенная группой в три-пять человек, может дать значительно больший эффект, чем бой партизанского соединения с крупной частью врага.
Итак, для партизанской работы отбирались высококвалифицированные специалисты: разведчики, подрывники, радисты, топографы, водители автомашин и даже паровозные машинисты. Напряженной и сложной была подготовка. Не раз, будучи выброшенным на парашюте в незнакомой местности, Николай Архипович со своей группой совершал длительные рейды с преодолением водных и прочих преград, и обязательно с тяжелым грузом за плечами. В войну конечной целью такого рейда могло стать, например, минирование железной дороги, вывод из строя вражеских пунктов управления, промышленных объектов, узлов связи и т. д. Поэтому особое внимание уделялось практическим занятиям по минно-подрывному делу. В то невоенное время эти занятия проводились на специальных полигонах.
Николай Архипович учился технике диверсий у Ильи Григорьевича Старинова — в будущем одного из организаторов партизанского движения в годы Великой Отечественной войны, профессора. Старинов вспоминал: «Было лето 1931 года. Теплая ночь. Тишина. Только доносятся шаги патрульных, шагающих по шпалам. Но вот взлетает ракета, осветив железнодорожный путь, за ней вторая и третья; затрещал учебный пулемет. Вдали показались паровозные огни. Это шел „воинский“ эшелон. Когда он проходил по охраняемому участку, сильно охраняемому — ведь это были практические занятия по минированию железной дороги в условиях ее сильной охраны, — под ним блеснули вспышки двух учебных противопоездных мин. Одна из них была установлена Николаем Архиповичем Прокопюком. И уже потом, в беседе после разбора учений Николай Архипович с похвалой отозвался о „нахальных“ минах с колесным замыкателем — так в шутку называли мины, которые в считанные секунды можно было установить на рельсах. Но обратил он на себя внимание тем, что задал вопрос: „А нельзя ли создать такие средства, чтобы уничтожать поезда, не выходя на железнодорожный путь?“ В то время мы как раз начали отрабатывать способы вывода из строя поездов и поджога подвижного состава путем их обстрела, и вопрос Николая Архиповича дал еще один толчок этим исследованиям. А в ту ночь я ему ответил: „Обещаю, что в ближайшее время вы возьмете и такие средства себе на вооружение“.
…Но вернемся к осени 1932 года. Николай Архипович ехал на большие учения под Ленинград и