Первой задачей флота в 1649 году стало уничтожение остатков сил роялистов на море. Корабли, оказавшиеся под командованием грозного принца Руперта, воспользовались политическим хаосом и ослаблением английского флота, чтобы начать охоту за британскими торговыми судами. Так как Попхэм остался в Лондоне, а Дин занялся перевозкой армии Кромвеля в Ирландию, задача очистить Ла-Манш и Ирландское море от роялистов легла на Блейка. Весь конец весны и все лето Блейк и его 10 кораблей блокировали эскадру Руперта в Кинсейле (Ирландия).
Хотя Блейк стал флотоводцем достаточно поздно, он обнаружил, что новая служба ему нравится. Летом 1649 года Кромвель предложил Блейку вернуться в армию, предложив ему командование полком и звание генерал-майора. Узнав о предложении Кромвеля, Дин написал Попхэму, что если Блейк уйдет, «я пожелал бы, чтобы его каюту занял такой же честный человек». К счастью для Англии, парламент оставил выбор за Блейком, который заявил, что готов служить в любом качестве, но предпочел бы остаться на флоте. Это решение поставить крест на армейской карьере и посвятить себя флоту принесло Блейку любовь всех моряков.
В октябре ухудшившаяся погода вынудила Блейка искать убежища в гаванях южного Уэльса, и Руперт воспользовался его уходом, чтобы сбежать. Хотя блокада Блейка не привела к уничтожению маленького флота Руперта, она в значительной мере помогла войскам Английской республики покорить Ирландию, так как отдала море в их распоряжение. Она же спровоцировала восстания в пользу парламента в Корке и Югале. В течение следующих нескольких недель намерения коварного принца оставались неизвестны. Эскадра под командованием Блейка и Дина крейсировала возле мыса Лендз Энд, полагая, что Руперт направится к островам Силли, все еще находившимся под контролем роялистов. Однако наконец пришло сообщение, что Руперт находится в Португалии, и в начале 1650 года парламент отправил Блейка в погоню за ним.
Блейк отплыл в Португалию, имея около дюжины кораблей и несколько мелких судов. С большой радостью он обнаружил Руперта в устье реки Тахо. Решив, что «король Португалии не станет возражать против уничтожения пирата», Блейк начал готовиться сделать это. Однако очень скоро он узнал, что ошибался в своих предположениях. Король взял роялистскую эскадру под свою защиту. После долгой заминки парламент разрешил блокадной эскадре перейти к более действенным мерам, чем дипломатические переговоры, и начать захваты португальских кораблей. Блейк и Попхэм, который привел из Англии подкрепления, проделали прекрасную работу. Они захватили 14 из 23 торговых судов конвоя, идущего из Бразилии. Их успех поставил Англию и Португалию на грань войны, однако король Иоанн сдался и приказал роялистам уходить. В начале осени, когда блокирующая эскадра временно покинула свое место, Руперт выскользнул из устья Тахо и проскочил в Средиземное море.
Блейк бросился в погоню. Он загнал часть кораблей Руперта в Картахену и там сжег. 3 уцелевших корабля принца добрались аж до Тулона. Необходимость пополнить запас продовольствия вынудила Блейка вернуться в Картахену, где он получил приказ возвращаться домой. Прибыв в Англию 20 февраля 1651 года, Блейк был встречен как герой. Он получил благодарность парламента и награду в 1000 фунтов за услуги, оказанные государству. Но Блейк прославился не только дома. Его действия у берегов Иберийского полуострова прославили его и за границей.
Единственными британскими территориями, оставшимися в распоряжении роялистов, были острова Силли и Джерси. Задача захватить их была поручена Блейку. Весной 1651 года он начал операцию против Силли, и столица архипелага капитулировала 13 июня. Захват Джерси был отложен, так как в сентябре пришлось отражать высадку молодого короля Карла II в Вустере. Однако к концу года сдались и эти острова. Ликвидация последних сил роялистов на английской земле стала важным этапом морской карьеры Блейка.
Когда в мае 1651 года Дин вернулся на армейскую службу, а в августе умер Попхэм, парламент не сразу стал искать им замену. Вероятно, он полагал, что иметь 3 морских генералов больше не нужно. Несколькими эскадрами, которые были созданы для отражения угроз роялистов и контроля за водами вокруг Англии, вполне могли командовать вице- и контр-адмиралы. В результате Блейк остался единственным генералом и верховным командующим на море. Он оставался им до самой своей смерти.
Положение и репутация Блейка были очень высоки как в Англии, так и за рубежом. Впервые он был избран в Государственный Совет, исполнительный орган парламента, хотя он предпочел остаться довольно пассивным политиком, что было выражением его отношения к политике в целом. Впрочем, обострение отношений между Англией и Соединенными Провинциями сделало пребывание Блейка на суше недолгим. В марте 1652 года правительство поручило Блейку подготовку кораблей для летней кампании «в случае возникновения чрезвычайной ситуации».
Очистив Британские острова от роялистов, парламент не стал тратить время попусту и вознамерился вырвать прибыльную европейскую морскую торговлю из рук Голландской республики. В 1651 году был принят первый Навигационный Акт, нацеленный против голландского господства в торговле. Он запрещал импорт товаров на кораблях любых иностранных держав. Вдобавок парламент вытащил на свет уже подзабытые претензии на господство в Дуврском проливе и Ла-Манше. Командиры английских военных кораблей должны были требовать от иностранных судов спускать флаг при встрече с англичанами. Это требование оказалось искрой в пороховой бочке. Началась война между двумя протестантскими республиками.
Хотя британский флот в начале 1652 года и не был окончательно готов к войне, он все-таки был лучше оснащен, лучше обеспечен и имел лучших командиров, чем в конце прошлого столетия. Англия имела огромное преимущество в географическом положении, так как нависала над всеми голландскими торговыми маршрутами. Зато голландцы были связаны необходимостью организовывать постоянное сопровождение своих многочисленных торговых судов через проливы. Вдобавок Голландию раздирали политические споры между республиканцами и оранжистами, сепаратизм правительств отдельных провинций и неприязнь между отдельными адмиралтействами, что давало англичанам дополнительные преимущества. То, что война оказалась тяжелой, целиком объясняется стойкостью голландских моряков и талантом их командиров — Маартена Тромпа и Михаэля де Рейтера.
В мае Блейк отплыл из Даунса вместе с флотом из 25 кораблей на запад вдоль побережья Англии к Раю. 28 мая голландский флот примерно из 40 кораблей под командованием Тромпа появился возле Дувра и стал на якоря. Отношения между двумя странами были крайне напряженными, так как несколько дней назад уже имели место стычки между английскими и голландскими кораблями в Ла-Манше. 29 мая примерно в 17.00 Тромп повел свой флот вдоль побережья Англии, демонстративно нарушая требование англичан спускать флаг. Чтобы подтолкнуть голландцев признать превосходство англичан, Блейк дал 2 предупредительных выстрела под нос кораблю Тромпа. На третий выстрел Тромп ответил полновесным бортовым залпом. Начался бой.
Корабли Тромпа, вступившие в сражение без всякого строя, вскоре скучились вокруг флагмана Блейка корабля «Джеймс», который оторвался от остального флота. Для Блейка наступило тяжелое время. Хотя «Джеймс» был построен крепче, чем голландские корабли, он получил значительные повреждения, и на нем погибли 40 человек, прежде чем подоспели остальные британские корабли и тоже вступили в бой. Одновременно британская эскадра в Даунсе спешно снялась с якорей и напала на голландский арьергард. Бой продолжался около 4 часов до наступления темноты, и Тромп, потеряв 2 корабля, был вынужден отойти. С рассветом голландцы решили бой не возобновлять и предпочли отойти на восток.
Так как война стала реальностью, Блейк провел значительные реформы в методах командования флотом, в их числе были и меры, направленные на повышение профессионализма морских сил. До сих пор флоты состояли из кораблей, принадлежавших монарху или государству, и пополнялись по мере необходимости арендованными или реквизированными торговыми судами. Большая часть этих кораблей оставалась под командованием своих шкиперов, которых обычно больше всего заботила сохранность своего имущества. Поэтому они старались избегать любых опасностей. Блейк в бою не раз сталкивался с возникающими из-за этого проблемами, и по его настоянию правительство начало назначать своих офицеров командовать частными судами.
Показав, что война имеет чисто коммерческий характер, парламент приказал Блейку захватить как можно больше голландских торговых судов, так как было ясно, что они, не подозревая о начале войны, будут возвращаться домой и превратятся в легкую добычу. В начале июля 1652 года Блейк отплыл на север, чтобы перехватить конвой из Голландской Ост-Индии, который шел северным маршрутом вокруг Шотландии,
