В апреле 1854 года Тегетгофф уже в звании лейтенанта покидает «Каролину» и 13 июля становится командиром своего первого корабля — шхуны «Элизабет». Этот корабль большей частью плавал в Адриатическом и Ионическом морях, иногда заходя в Бейрут. Тегетгофф сдает командование «Элизабет» в ноябре 1855 года и получает прекрасную служебную характеристику от командира Левантийской эскадры. В этот период Тегетгофф изучает турецкий язык.
Затем Тегетгоффа назначают командиром колесного парохода «Таурус», который представляет австрийские интересы в Сулине, принадлежащем Турции порту в устье Дуная на Черном море. Обеспечение свободного плавания по великой европейской реке имело жизненно важное значение для австрийской экономики, а последствия Крымской войны привели к анархии в Сулине. С января 1856 по январь 1857 года Тегетгофф командует стационером, при этом он действует энергично и без лишних церемоний, внеся основной вклад в нормализацию обстановки. Действия Тегетгоффа получили высокую оценку начальства. Турецкое правительство награждает его орденом Меджидие, однако Тегетгоффа тут же подстерегает и разочарование. Его надеждам совершить кругосветное плавание на фрегате «Новара» не суждено сбыться.
После возвращения из Сулина Тегетгофф представляет подробный рапорт командующему флотом эрцгерцогу Фердинанду-Максимилиану, 24-летнему брату императора Франца-Иосифа. После короткого отпуска Тегетгофф получает новое деликатное задание. Он должен отыскать подходящее место для базы на Красном море, которое приобретет огромное значение для торговли с азиатскими странами после завершения постройки Суэцкого канала. Первую часть путешествия Тегетгофф проделал вместе с вице- консулом фон Хеглином. Они поднимаются по Нилу до Луксора а потом пересекают пустыню и прибывают в Козер на берегу Красного моря. Там австрийцы арендуют парусное судно и плывут в Аден, где фон Хеглин и остается. Дальше Тегетгофф путешествует один. Он посещает остров Сокотра, который кажется ему наиболее подходящим для создания военно-морской базы, и Берберу, после чего возвращается в Аден. В марте 1857 года он возвращается в Триест. Из-за тайного характера миссии Тегетгофф не может получить орден, однако его производят в капитан-лейтенанты и назначают начальником первого отдела штаба флота. Этот отдел был самым большим из трех и отвечал за оперативные планы, личный состав, правосудие, медицинскую службу, учебу и морскую пехоту.[34] В качестве начальника первого отдела Тегетгофф становится заместителем командующего флотом.
Пребывание Тегетгоффа на берегу не затянулось. 24 октября 1858 года он становится командиром корвета «Эрцгерцог Фридрих», на котором совершает плавание в Марокко. После того как в воздухе запахло порохом, в феврале 1859 года корвет возвращается домой. Снова противником Австрии оказалась Сардиния, на сей раз в союзе с Францией. Против значительно превосходящих сил противника молодой австрийский флот ничего не мог сделать и оставался пассивным. На суше Австрия потерпела поражение и потеряла одну из итальянских провинций — Ломбардию. В 1860 году было провозглашено создание Королевства Италия. Однако объединение Италии осталось незавершенным, так как Австрия все еще удерживала провинцию Венеция.
После войны Тегетгофф некоторое время прослужил на берегу, а потом сопровождал эрцгерцога Фердинанда-Макса в ботанической экспедиции в Бразилию. Он отплыли из Триеста в ноябре 1859 года на колесном пароходе «Кайзерин Элизабет» и вернулись в Адриатику в конце марта 1860 года. После этого Тегетгофф получает первый отпуск длиной в месяц. Одновременно его производят в капитаны 2 ранга.
После возвращения на службу Тегетгофф становится командиром винтового фрегата «Радецкий». Его направляют в Сирию защищать там австрийские интересы. После недолгого ремонта на верфи в Поле «Радецкий» переходит в бухту Каттаро. Фрегат крейсирует в южной Адриатике, чтобы помешать контрабанде оружия из Италии на мятежные Балканы. Он возвращается в Полу в октябре 1861 года, и Тегетгофф сдает командование. Большую часть 1862 года он проводит в штабе флота и играет важную роль в реформе этого учреждения, которую проводит эрцгерцог Фердинанд-Макс.
В октябре 1862 года Тегетгофф становится командиром дивизии, состоящей из винтового фрегата «Новара», корвета «Эрцгерцог Фридрих» и канонерок «Велебит» и «Валь». Одновременно Тегетгофф является и командиром «Новары». Дивизия направляется в Грецию, чтобы защитить австрийские интересы во время мятежа против короля Оттона. Исключительно точные рапорты Тегетгоффа с оценкой событий получают полное одобрение эрцгерцога Фердинанда-Макса. В течение всей службы Тегетгофф показывает глубокое понимание политической, социальной и экономической ситуации и дает совершенно правильные оценки событий.
Когда в ноябре 1863 года «Новара» становится на верфь для ремонта, Тегетгофф назначается командиром винтового фрегата «Шварценберг». В декабре он начинает плавание по Восточному Средиземноморью, посещает Александрию, Абукир и следит за ходом работ на Суэцком канале. Вскоре после этого долго тянувшиеся споры между Данией и Германской Конфедерацией относительно статуса провинций Шлезвиг и Гольштейн[35] приводят к войне. Тегетгофф узнает о начале кризиса в Бейруте и немедленно направляется домой. На Корфу он получает приказ следовать в Лиссабон и ожидать там прибытия австрийской эскадры, сформированной для действий в Северном море.
1 февраля 1864 года германские и австрийские войска пересекают реку Эйдер, чтобы обеспечить переход спорных провинций к Германской Конфедерации. Дания немедленно начинает блокаду немецкого побережья. Так как германский флот был слишком слаб, чтобы сражаться с датчанами, было принято решение послать на театр военных действий австрийскую эскадру под командованием бывшего командира Тегетгоффа барона фон Вюллерсдорф-Урбера.
Тем временем Тегетгофф прибывает в Лиссабон на «Шварценберге». В начале апреля 1864 года к нему присоединяется «Радецкий». Так как подготовка эскадры затянулась, Тегетгофф получил приказ следовать в Северное море всего с 2 фрегатами. После коротких заходов в Брест и Даунс для приемки угля, 4 мая он прибывает в Куксхафен.
Англичане информировали датчан о всех передвижениях австрийских кораблей. И их прибытия уже ожидала эскадра коммодора Свенсона в составе винтовых фрегатов «Нильс Юэль» и «Ютланд» и винтового корвета «Хеймдаль». Узнав, что датская эскадра находится недалеко от острова Гельголанд, Тегетгофф немедленно выходит в море с обоими фрегатами и 3 прусскими канонерками. В результате 9 мая вблизи от Гельголанда произошел бой. В течение нескольких часов австрийские корабли упорно сражались против более сильной вражеской эскадры. Наконец загорелась фок-мачта «Шварценберга», что вынудило Тегетгоффа выйти из боя. После того как пожар был потушен, он вернулся в Куксхафен. Датчане тоже покинули Северное море, узнав о подписании перемирия. Блокада Германии закончилась.
На следующий день император произвел Тегетгоффа в контр-адмиралы и наградил его орденом Железной Короны второго класса. Несмотря на обрушившиеся на него почести, Тегетгофф остался скромным человеком. Он говорил, что успех принесло мужество его офицеров и матросов.
В середине мая эскадра Вюллерсдорф-Урбера добралась до Северного моря и пробыла там до сентября. Несмотря на то, что летом перемирие закончилось, флоты противников больше не встречались. На суше Дания потерпела поражение и 1 августа запросила мира. 21 сентября Тегетгофф отплыл в Австрию. По условиям мирного договора, подписанного через месяц, Дания передала Шлезвиг и Гольштейн Германской Конфедерации. В ходе войны Тегетгофф показал, что готов принять на себя ответственность, и всегда толковал приказы штаба флота таким образом, который предоставлял ему наибольшую свободу действий. Хотя с тактической точки зрения бой у Гельголанда не стал австрийской победой, его результат и последующее прибытие главной австрийской эскадры привело к снятию блокады и возобновлению морской торговли. В результате Тегетгофф стал первым немецким героем-моряком нового времени, причем его уважали не только в Австрии, но и в северной Германии.
К этому времени Тегетгофф потерял своего покровителя эрцгерцога Фердинанда-Макса, который в апреле 1864 года стал мексиканским императором. За эту ошибку он позднее заплатит жизнью. Тегетгоффу крупно повезло, что его командующим долгое время был этот умный человек. Тегетгофф был не слишком покладистым подчиненным. Он упрямо отстаивал свое мнение и яростно спорил с начальством. Он также никогда не отказывался от своей точки зрения, если был убежден в ее правильности. Признавая его способности, Фердинанд-Макс смотрел сквозь пальцы на выходки, которые довольно часто позволял себе темпераментный Тегетгофф. Эрцгерцог иногда после жарких споров говорил, что любого, кроме Тегетгоффа, он просто выкинул бы вон. К несчастью, преемник Фердинанда-Макса эрцгерцог Леопольд не любил ни Тегетгоффа, ни флот. Он сразу показал себя, произведя в контр-адмиралы своего любимчика
