Нельсон со своей стороны в письме от 23 марта поздравлял Ушакова с победой, сообщал, что Мальта вскоре падет и что английская эскадра отправляется для блокады Неаполя до прибытия русской эскадры, которая, как надеялся Нельсон, восстановит короля Неаполя на троне.
Павел I наградил Ушакова и решил усилить его эскадру. 26 марта он предписал контр-адмиралу П. К. Карцову с отрядом из трех кораблей и фрегата идти на Средиземное море в распоряжение Ушакова и крейсировать у берегов Сицилии или Сардинии.
30 марта Ушаков писал Томаре о том, что Али-паша, задержав донесение о взятии Корфу, присвоил себе честь победы и требует часть трофеев, сообщал о болезнях из-за недоброкачественных продуктов, поставляемых турками, и о необходимости наладить снабжение провизией, о недостатке денег и материалов для ремонта, что препятствовало продолжению операций.
Павлу I от 30 марта Ушаков рапортовал, что от него ожидают высадки у Манфредонии и освобождения от французов Апулии. Адмирал готовил половину своей и турецкой эскадр, но не располагал войсками и надеялся получить два-три батальона из войск генерала Германа, которые должны были прибыть в Италию. Не зная, где эти войска, Ушаков мог только предполагать план своих действий: идти ли ему к Манфредонии, Анконе или Неаполю? Он намеревался оставить контр-адмирала Пустошкина на Корфу с ремонтируемыми четырьмя кораблями и несколькими фрегатами. В случае, если бы главные силы действовали в направлении Мессины и Неаполя, Пустошкину предстояло идти в сторону Зары, где будут русские полки.
1 апреля Ушаков дал ордер A. A. Сорокину с отрядом из двух русских фрегатов, двух турецких корветов идти с неаполитанским фрегатом, на котором находился Мишеру, в Бриндичи (Бриндизи), и стараться очистить берега Апулии от неприятельских судов, от французов и бунтовщиков, а прочих ласковостью утвердить в подданстве королю. Отряд отправился 3 апреля. 7 апреля, узнав о появлении в Бриндизи французского отряда во главе с фрегатом, адмирал направил в подкрепление Сорокину бригантину и три турецкие канонерские лодки, чтобы с наличными силами стараться очистить город от французов.
Получив указ Павла I от 22 января об отправке контр-адмирала Пустошкина с эскадрой не менее четырех кораблей и соответствующим числом фрегатов к Сардинии, чтобы действовать с английским и неаполитанским флотами, адмирал 8 апреля рапортовал Императору о своих действиях. Сам он не мог выступить, пока продолжался ремонт кораблей, но по готовности намеревался идти к Бриндизи и Манфредонии, очистить места эти от неприятеля, а затем отправиться к Мессине и Неаполю для взаимодействия с Нельсоном. Он рассчитывал получить прибывшие из России войска и писал: «Его неапольское величество нетерпеливо ожидает меня с десантными войсками и спасение всей Италии надеется получить от войск российских».
Тем временем ситуация в Италии изменилась. A. B. Суворов, начав 10 апреля 1799 года наступление, разбил французов при Адде и занял 17 апреля Милан. К середине мая его войска овладели всей Ломбардией. Армия Макдональда была вынуждена из Неаполя направиться навстречу Суворову. В Центральной и Южной Италии оставались лишь несколько французских гарнизонов. Эти обстоятельства способствовали действиям сил Ушакова.
Высадившийся 4 мая в Бриндизи, занятом русскими еще в апреле, отряд капитан-лейтенанта Г. Г. Белле (550 человек) за четыре дня очистил от неприятеля побережье до Манфредонии и направился к Неаполю. 25 мая отряд соединился с отрядами кардинала Руффо; 2 июня соединенные силы подошли к Неаполю с юго-востока, тогда как с юга и севера подходили отряды из «армии веры», организованной кардиналом.
Попав под обстрел канонерок республиканцев, Белле развернул на берегу батареи, которые после перестрелки потопили две лодки и отогнали остальные. 3 июня русский авангард прорвался в предместья Неаполя. 8 июня почти весь город был освобожден от французов и республиканцев, через четыре дня после обстрела капитулировали крепости Капуя и Гаэта. Лишь замок Кастель-Эльмо с трехтысячным гарнизоном продержался до 29 июня, когда был занят союзными войсками.
Англичане, прибывшие только 12 июня, постарались стать хозяевами положения в Неаполе. Нельсон, отменив условия капитуляции, по которой была гарантирована жизнь сдавшимся, открыл путь для белого террора, стоившего жизни 40 тысячам республиканцев.
После разгрома Макдональда в сражении на Треббии 7–9 июня А. В. Суворовым французские гарнизоны оставались лишь на побережье генуэзской Ривьеры, в Чивита-Веккии, вблизи Ливорно и в Анконе. Последний пункт, занятый первоначально трехтысячным отрядом и постоянно подкрепляемый, занимал положение, из которого французские корабли могли действовать на путях снабжения австрийской армии и войск Суворова в Северной Италии.
Еще 1 мая посланный Ушаковым отряд контр-адмирала Пустошкина вышел с Корфу и 5 мая начал блокаду Анконы, прерывая ее только 14–26 мая для пополнения запасов воды. В отряде состояли русские два корабля и бриг, турецкие — корабль и два фрегата. 30 мая высаженный в порту Пезаро русский отряд майора Гамена (200 человек) с отрядами местных роялистов 1 июня взял крепость Фано, затем — Сенигаллию на подступах к Анконе. В последнем случае корабли успешно взаимодействовали с десантом. Ушаков писал в рапорте, что противнику пришлось рассеивать свое внимание между действиями с суши и моря. Но успешные действия пришлось прервать. 6 июня контр-адмирал получил новый ордер. Извещенный Нельсоном о вступлении франко-испанской эскадры в Средиземное море, Ушаков приказал Пустошкину возвращаться к Корфу.
Ожидая, что франко-испанский флот направится к Египту за французскими войсками, англичане основные силы сосредоточили в районе Минорки и на подступах к Александрии. Однако союзники 19 мая высадили крупные подкрепления армии Моро в Савойе, провели 25 мая конвой в Геную, после чего вернулись в Брест 2 июля.
Узнав о том, что опасность миновала, Ушаков отправил отряд капитана 2-го ранга Войновича из пяти русских, двух турецких фрегатов и двух малых судов с десантом к Анконе, чтобы овладеть этим портом. Адмирал считал, что «…Венецианский залив не будет спокоен, пока не взята будет Анкона».
Отряд Войновича выступил 6 июля, 12 июля высадил в Пезаро десант (430 матросов и солдат); после соединения с неаполитанскими войсками Лагоста были добавлены еще 300 человек. Объединенные силы окружили Фано и 20 июля заставили противника капитулировать. 22 июля союзники с моря и с суши открыли огонь по Сенигаллии; без сопротивления французы подняли белый флаг. После этого началась тесная блокада Анконы, по мощи немногим уступавшей Корфу.
Тем временем французские войска, потерпевшие поражение от австрийцев и войск A. B. Суворова, отошли на север и соединились в генуэзской Ривьере. В сражении при Нови 4–5 августа союзники под командованием Суворова нанесли поражение французам и завершили освобождение Северной Италии. Однако требовалось овладеть Генуей. Суворов обратился к морскому командованию союзников с просьбой обеспечить блокаду Генуи и безопасную доставку из Ливорно продовольствия войскам. Нельсон выделил корабль, фрегат и бриг; отряд этот особой активности не проявлял.
Ушаков, оставив 3 корабля, 4 фрегата и корвет для охраны Корфу, 24 июля с главными русско- турецкими силами (10 кораблей, 6 фрегатов, 6 меньших судов) выступил, 3 августа прибыл в Мессину и интересовался, где Нельсон, чтобы согласовать с ним действия. Получив 4 августа обращение Суворова о блокаде Генуи от 16 июля, он срочно снарядил эскадру контр-адмирала Пустошкина с 2 кораблями, 2 авизо русскими и кораблем и 2 фрегатами турецкими. По инструкции, которую 10 августа Ушаков дал Пустошкину, тому следовало крейсировать у берегов от Ливорно до Генуи и блокировать последнюю.
В тот же день по просьбе неаполитанского короля адмирал дал инструкцию A. A. Сорокину с отрядом из 3 фрегатов следовать к Неаполю и поддерживать порядок в городе силою эскадры и ранее высаженного в Манфредонии десанта. В Неаполь должна была прибыть и эскадра контр-адмирала Карцова из Палермо, на которой было много больных цингой. Ушаков считал пребывание в Неаполе полезным для больных.
Сам Ушаков 11 августа отправился из Мессины в Палермо с 7 кораблями, фрегатом и 4 легкими судами для встречи с Нельсоном и совместных действий. Он знал, что франко-испанский флот вышел из Средиземного моря и прошел мыс Финистерре; за ним гналась английская эскадра.
Тем временем 16 августа Суворов получил приказ Павла I перенести действия в Швейцарию и вытеснить оттуда французов. Почти полностью освобожденная Италия была оставлена на попечение австрийцев. Но действия русского флота продолжались.
18 августа Пустошкин вышел из Мессины с русской частью отряда (на турецких судах началось
