В течение двадцати лет Василий III не имел детей в браке с великой княгиней Соломонидой Сабуровой. Когда же он задумал развестись с ней «чадородия ради», его проекты вызвали осуждение в церковной среде. Многие пастыри приравнивали второй брак блудодеянию. Макарий, как видно, принял деятельное участие в разводе государя, благословив его на брак с молодой литовской княжной Еленой Глинской. Сразу после княжеской свадьбы Макарий был посвящен в сан архиепископа, а затем выехал в Новгород с наказом молить бога, пречистую богоматерь и чудотворцев о молодоженах, «чтобы господь бог дал им плод чрева их». Чтобы облегчить святителю выполнение его миссии, власти вернули Софийскому дому сокровищницу старых архиепископов, много лет назад увезенную из Новгорода в Москву. Кроме того, Василий III назначил «бояр своих» в услужение Софии.
Василий III лишил сана новгородского архиепископа Серапиона, использовав донос на него Иосифа Волоцкого. С тех пор Софийский дом оставался в течение семнадцати лет без пастыря. Назначение Макария новгородцы восприняли с воодушевлением. Заняв митрополичий стол, святитель, по утверждению псковского летописца, творил «людем заступление велие и сиротам кормитель бысть». Владыка неустанно ходатайствовал за опальных новгородцев в Москве и, по словам Максима Грека, немало «обидимых из темниц и от уз разрешил». При поездках в Москву пастырь «много печалования творя из своей архиепископьи о церквах божиих и опо бедных людех, еже во опале у государя великого князя много множества». Макарий упразднил особножительство во многих новгородских монастырях и ввел в них общинножительство, а также снизил поборы с черного и белого духовенства.
Мечтая о духовном обновлении общества, Макарий выдвинул грандиозную задачу. Владыка взялся за составление полного собрания всех «святых книг, которые в Руской земле обретаются». Прежде ежемесячное чтение — Минеи-Четьи — включало почти исключительно жития святых и некоторые поучения. Макарий объединил усилия книжников, переводчиков и писцов, чтобы собрать из разных городов, перевести и исправить, переработать или сочинить заново десятки и сотни священных книг, слов, житий, посланий и церковных актов. В предисловии к Минеям Макарий сообщал читателю, что собирал и объединял «святые великие книги» двенадцать лет «многим имением и многими различными писари, не щадя сребра и всяких почестей». Первый экземпляр был изготовлен в Новгороде для Софийского дома в бытность Макария архиепископом новгородским. Работа приобрела несравненно более широкий размах после того, как Макарий стал митрополитом. Власти поддержали его начинание. Опираясь на царский указ, глава церкви, произвел своего рода разверстку между книжными мастерскими различных городов и монастырей. «Бысть бо тогда, — записал новгородский монах-переписчик Мокий, — повеление от царя и великого князя Иванна по многим градом писати святыа книгы». Одни переписчики охотно исполняли свой урок, другие — «не по воли». Когда Мокий отказался писать выпавшие на его долю «тетради», местный дьяк Ф. Сырков сделал ему грозное внушение — «прещение велико с яростью». Благодаря разверстке, тома Миней, предназначенные для Успенского собора в Кремле и лично для царя Ивана, были закончены в короткое время. По своему объему они вдвое превосходили софийский экземпляр. К работе были привлечены русские и славянские писатели — Ермолай-Еразм, Василий Тучков, дьяк Дмитрий Герасимов, Илья Пресвитер, сербский писатель монах Лев Филолог и другие лица. Великие Минеи-Четьи включали Священное писание с толкованиями, евангелия, патерики, книги Иоанна Златоуста, Василия Великого, русских писателей Иосифа Волоцкого и других, Кормчую книгу, ряд церковных актов, «Иудейскую войну» Иосифа Флавия, сочинение о Вселенной — «Космографию» Кузьмы Индикоплова, апокрифы, жития новых московских чудотворцев, канонизированных в середине XVI века. Минеи состояли из 12 рукописных томов, объемом более 13 тысяч листов большого формата.
До шестидесяти лет Макарий управлял новгородской церковью, а затем занял митрополичий престол. Одни историки называли его прямым ставленником «партии реакционных бояр» в лице Шуйских. Другие полагали, что Макария выдвинули служилые люди и его программа заключалась в «ликвидации боярской реакции». Реакционность бояр относится к числу исторических мифов. Период боярского правления был временем подлинного экономического расцвета России. К тому же бояре-опекуны первыми приступили к проведению реформ. Регенты Шуйские не противостояли дворянам, а опирались на них. Поддержка служилых людей позволила им вернуться к власти в 1542 году. Особую роль в перевороте сыграли новгородские помещики. Они «всем городом» поддержали мятеж. Именно их Шуйские послали к Иоасафу, чтобы окончательно согнать его с митрополии.
Архиепископ Макарий пользовался популярностью у служилых людей Новгорода, что и помогло ему сразу после переворота занять высший церковный пост. Взойдя на митрополию, Макарий пытался защищать опальных, не уставая учил милосердию, за что подвергся нападкам со всех сторон. «Слышу во вся дни, — писал ему Максим Грек, — волнуема бывает священная ти душа от неких недобре противящихся твоим священным поучением».
В мае 1542 года член опекунского совета Иван Шуйский приказал тайно умертвить старшего боярина Ивана Бельского в тюрьме на Белоозере, но вскоре умер сам. Место Ивана Шуйского занял Андрей Шуйский. Распри в думе вспыхнули с новой силой. 9 сентября следующего года члены Боярской думы в присутствии великого князя Ивана и митрополита Макария учинили безобразную потасовку: Андрей Шуйский, братья Кубенские, Палецкий, Головины набросились на боярина Федора Воронцова, «биша его по ланитам и платие на нем ободраша и хотеша его убити». Воронцову пришлось бы совсем плохо, если бы за него не заступились Макарий и бояре Морозовы. Владыка дважды ходил к Шуйским и едва «умоли от убийства». Зачинщики крамолы не прочь были поступить с Макарием так же, как с Иоасафом. Один из них, Фома Головин, наступил на край одежды и «манатью на митрополите подрал».
Глинские — родня Ивана IV — использовали раздоры в думе для захвата власти. В декабре 1543 года Иван IV велел псарям убить Андрея Шуйского, а через три года послал на эшафот дворецкого Ивана Кубенского и Федора Воронцова. Заодно с Кубенским великий князь едва не казнил конюшего Ивана Петровича Федорова. Осуждение Федорова наглядно показало всем, кто направлял княжеские опалы. После ссылки Федорова его титул присвоил себе Михаил Глинский. Наследником богатств Федорова был его пасынок князь Иван Дорогобужский. «Повелением князя Михаила Глинского и матери его княгини Анны» Дорогобужский был обезглавлен на льду Москвы-реки, а сын Ивана Овчины — фаворита Елены Глинской — посажен на кол в январе 1547 года. Макарий пытался остановить кровопролитие, но не мог помешать Ивану казнить Шуйских и их приверженцев.
Великий князь Иван встал у кормила власти, не будучи подготовлен к роли правителя огромной державы. Любой властитель начинал свое правление с амнистий и милостей. Иван явился перед подданными в роли немилостивого государя. Чтобы исправить положение, Глинские решили короновать своего племянника царской короной. Макарий с воодушевлением поддержал их замыслы. При этом он заботился не столько о централизации государства, сколько о величии церкви.
Древнее византийское царство с его боговенчанными императорами всегда было образцом для православных стран. Но оно пало под ударами неверных. Москва, в глазах русских ортодоксов, должна была стать наследницей Царьграда. Торжество самодержавия для Макария олицетворяло торжество православной веры.
В 1547 году шестнадцатилетний Иван IV принял титул царя, равнозначный по тогдашним понятиям императорскому титулу. В день венчания в Успенском соборе Кремля митрополит Макарий торжественно возложил на голову государя царский венец и благословил «богом возлюбленного и богом избранного», «богом венчанного» православного царя.
По случаю коронации Глинские приобрели все, чего желали. Бабке царя Анне были пожалованы обширные вотчины. Князь Михаил получил титул конюшего, его брат Юрий стал боярином. Приход к власти Глинских не остался незамеченным для москвичей. Боярские холопы вели себя в столице как в завоеванном городе. Народу — «черным людям» — от них было «насилство и грабеж». Жарким летом 1547 года в Москве произошли крупные пожары, уничтожившие большую часть города. Чтобы успокоить город, власти стали казнить «зажигальников». На свою беду Глинские восстановили против себя и низы и верхи общества. Старомосковская знать — Федоров-Челяднин, Захарьины и другие — негодовала на Глинских не меньше, чем отстраненные от власти Шуйские. Бояре охотно подхватили слухи, будто Москву спалили колдовством, а виною всему — Глинские.
Пожар нанес страшный ущерб городу. Тысячи людей лишились крова и всего имущества. Макарий едва не погиб в огне на своем дворе. Через тайник в кремлевской стене его спустили «на взруб» к Москве- реке, но он сорвался на крутизне и получил множество ушибов. Владыку отвезли в Новинский монастырь,
