Будучи временщиком, Вяземский не осмелился открыто возражать против решения царя о разгроме Новгорода. Но в опричном правительстве были люди, чье влияние основывалось на выдающихся заслугах, знатности и богатстве. В числе их был боярин А. Д. Басманов — один из самых видных воевод своего времени. Неизвестно, предпринимал ли он какие-нибудь шаги, чтобы предотвратить расправу с Пименом, или же проявил недостаточно рвения при разоблачении «измены». Так или иначе, карьера Басмановых оборвалась накануне новгородского разгрома. В дни новгородской экспедиции опричники казнили нескольких его слуг, что было дурным знаком. Сразу после завершения похода глава опричного правительства А. Д. Басманов был объявлен главным сообщником Пимена.
После низложения Филиппа Колычева царь возвел на митрополию Кирилла — архимандрита Троице- Сергиева монастыря. Преемником Кирилла в Троице стал его ближайший ученик и любимец Памва. Начав расследование «измены» князя Владимира Старицкого и Пимена, опричники арестовали архимандрита Памву и 13 ноября 1569 года заточили его в новгородский Хутынский монастырь. Келарь Троице-Сергиева монастыря был убит в Пскове в дни похода. После изгнания Памвы архимандритом Троице-Сергиева монастыря был назначен Феодосий Вятка, близкий к опричному правительству. Расправа с Памвой должна была послужить грозным предостережением для митрополита Кирилла. Опричные власти стремились запугать его и одновременно использовать авторитет главы церкви для новых гонений на земщину.
Накануне похода на Новгород царь прислал Кириллу послание с просьбой, «чтоб он бояр и всяких людей о службе безо всякие хитрости утверждал по-прежнему». С помощью церкви правительство старалось предотвратить возможные протесты земских бояр против террористических действий опричнины. Кирилл немедленно уведомил царя, что исполнил его приказание. Лишь после этого Иван известил митрополита об «измене» новгородского архиепископа Пимена и его аресте. Собравшийся в Кремле священный собор поспешил осудить Пимена.
В разгар новгородского погрома Кирилл и епископы направили царю грамоту с сообщением, что «приговорили они на соборе новгородцкому архиепископу Пимину против государевы грамоты за его безчинье священная не действовати». Пимен был выдан опричнине с головой. Но высшее духовенство переусердствовало, угождая царю. В третьем послании из Новгорода царь дал знать митрополиту, что «архиепископу Пимину служити не велено», но просил до окончания следствия не лишать его архиепископского сана. «А сану б с нево, — писал царь, — до подлинного сыску и до соборного уложенья не снимати». Опричное правительство знало, что ограбление новгородской церкви вызвало глубокое негодование всего духовенства, и с особенной тщательностью подготавливало суд над Пименом.
На соборе, когда-то низложившем Колычева, самыми деятельными его противниками выступили Пимен и Филофей. Связи с Пименом, прежде помогавшие архиепископу рязанскому Филофею, теперь обернулись против него. Царь «изверже его из сану». Казначеем у рязанского епископа долгое время служил Исаак Сумин, ставший затем архимандритом Солотчинского монастыря под Рязанью. Он был убит сразу после новгородского похода. Опричники, «отделавшие» старца, не удосужились узнать его имени и донесли царю, что отправили на тот свет «архимарита солочинского».
Помимо Рязанской епархии репрессии затронули Нижегородскую. В Нижнем Новгороде не было епископской кафедры, и местное духовенство подчинялось непосредственно митрополиту в Москве. Старшим иерархом среди духовных лиц был архимандрит печерского Вознесенского монастыря. В течение восемнадцати лет во главе обители стоял Иоаким, умерший 5 апреля 1570 года. Его преемником стал Митрофан, бывший архимандритом не более двух-трех месяцев. В синодике его имя записано среди казненных незадолго до 21 июля 1570 года: «Митрофана инок, архимарита Печерсково, Елька Мальцов, князя Петра боярин Серебреной…» Крутые меры в отношении высшего духовенства должны были подготовить почву для расправы с архиепископом Пименом.
Одновременно царь осыпал щедрыми милостями монахов, послушных его воле. 23 января 1570 года он пожаловал Кирилло-Белозерскому монастырю крупную вотчину в Дмитровском уезде на помин души князя Владимира Андреевича, монахам — серебряные кубок и чару, 100 пудов меда, а позднее 200 рублей.
Во второй половине июля того же года священный собор приступил к суду над Пименом. Церковники были запуганы кровавым террором и не осмелились возражать царю. Против Пимена выступили царские «ласкатели» — опричный симоновский архимандрит, кирилловский игумен, новый троицкий архимандрит Ф. Вятка и др. Противников Пимена охотно поддерживали те члены собора, которые не могли простить ему интриг против Филиппа.
После недолгого судебного разбирательства собор объявил о низложении Пимена. Опального архиепископа заточили в Никольский монастырь в Веневе. По авторитетному свидетельству новгородского архиепископского летописца, Пимен жил после своего «владычества», то есть после низложения, год и два месяца без шести дней. Умер он 25 сентября 1571 года, следовательно, сана лишился 18–20 июля 1570 года. Через несколько дней после осуждения Пимена царь отдал приказ о казни всех его «сообщников».
В день казни, 25 июля 1570 года, царь Иван явился на рыночную площадь, именовавшуюся Поганой лужей, в полном боевом облачении — «в доспехе, в шоломе и с копием». При нем находился наследник и многочисленная вооруженная свита. Полторы тысячи конных стрельцов оцепили Поганую лужу с трех сторон. Еще накануне опричные мастеровые сделали необходимые приготовления к экзекуции, забили в землю колья и т. д. Вступление опричных войск на земскую половину Москвы и приготовления к казням вызвали панику среди столичного населения. Люди спешили спрятаться в домах. Улицы и площади опустели.
Такой оборот дела озадачил царя Ивана, который поспешил обратиться к народу с увещеваниями. Как свидетельствовали очевидцы, царь разъезжал по всей площади, уговаривал жителей отбросить страх, приказывал им «подойти посмотреть поближе, говоря, что, правда, в душе у него было намерение погубить всех жителей города, но он сложил уже с них свой гнев». В речах Грозного заключалось одно поразительное признание. «Изобличив» в измене главных московских дьяков, опричное руководство серьезно помышляло о том, чтобы покарать все земское население Москвы и учинить в столице такой же погром, как в Новгороде. Однако здравый смысл взял верх, и новые чудовищные планы опричнины так и не были осуществлены.
Паника, вызванная прибытием опричников, постепенно улеглась, и народ заполнил рыночную площадь. В этот момент царь вновь обратился к «черни» и, «стоя в середине ее, спросил, правильно ли он делает, что хочет карать своих изменников». В ответ раздались громкие крики: «Живи преблагий царь! Ты хорошо делаешь, что наказуешь изменников по делам их». «Глас народа», всенародное одобрение опричной расправы были, конечно, сплошной фикцией.
После речи к народу царь «великодушно» объявил о помиловании половины осужденных. Вслед за тем дьяк стал громко вычитывать осужденным их «вины», и начались казни, продолжавшиеся четыре часа. Среди прочих опальных головы лишились бояре новгородского архиепископа князь А. Тулупов-Стародубский, князь В. Шаховской-Ярославский, псковский наместник владыки и его дворецкий Неудача Цыплятев, архиепископские дворяне Ч. Бартенев, Г. Милославский (родня архиепископского конюшего), С. Пешков (родня архиепископского дворянина Т. Пешкова), владычный дьяк М. Дубнев, архиепископский чашник Ш. Волынский, а также помещики различных новгородских пятин. Через две-три недели царь велел утопить в Москве-реке жен и детей «изменников», казненных 25 июля.
Земских «изменников» перебили публично, при огромном стечении народа. С руководителями опричнины расправились втихомолку, без лишнего шума. Царь пощадил фаворита Федора Басманова, но тот, по словам Курбского, избежал казни страшной ценой. Он будто бы сам «последи зарезал рукою своею отца своего Алексея, преславного похлебника, по их языку, мальяка и губителя своего и святоруские земли». Насколько достоверно известие Курбского, трудно сказать. Федор Басманов доказал свою преданность самодержцу, но опалы не избежал. Его с семьей сослали на Белоозеро, где он и умер в тюрьме. Оружничий А. Вяземский, пытавшийся спасти Пимена, был брошен в тюрьму и там умер «в железных оковах».
Во все времена Россия обладала исключительной мощью, пока ей удавалось сохранять внутреннее единство, но превращалась в слабейшее государство, едва утрачивала его. В середине XVI века страна добилась крупных внешнеполитических успехов. На протяжении десятилетия русские войска сокрушили Казанское и Астраханское ханства, в недолгой войне одержали верх над Швецией, разгромили Ливонский орден и заняли неприступную крепость и порт Нарву, Дерпт (Юрьев) и десяток орденских замков, добились успеха в войне с Польско-Литовским государством, взяв крепость Полоцк. Война шла на всех границах, что в конце концов привело к катастрофе. Положение усугубили опричные погромы и террор, изнутри подорвавшие силы огромного государства. Опричники казнили покорителя Казани боярина князя
