Старания Леонида способствовали примирению Грозного с Новгородом. Прошло два года со времени великого погрома, и самодержец стал оказывать опальному городу разного рода милости. Объяснялось это довольно просто. Следуя излюбленному принципу «разделяй и властвуй», монарх пытался противопоставить очищенный от «измены» Новгород боярской Москве. После сожжения столицы татарами Иван IV дважды в 1572-м, а затем в 1573 году уезжал в Новгород и подолгу жил там, оставляя Москву на попечение бояр.
Выехав в Новгород в конце 1571 года, Грозный отправил перед собой гонца с объявлением, «чтобы новгородцы не боялись от государя ничего». По приказу благочестивого государя лучшие мастера отлили в слободе «колокол новый» для Новгорода. В самый день завершения работы над колоколом новгородцам явилось видение — «по всему небеси лучи были, аки вода на море ветром колебалось, да ти лучи по всему небеси ходили, всякими цветы, и до света». «И паки, — завершал сей рассказ новгородский летописец, — господь милосердный свет нам дарова». Прошло полгода, и новый колокол был водружен «на место, на колоколище во владычном дворе».
Нрвгородской Софии были возвращены две знаменитые иконы: одна — Спасов образ и другая — святых Петра и Павла, увезенные из Новгорода в дни разгрома. Местное духовенство устроило торжественную встречу образам и водрузило святость на их прежние места в Софии.
Царь основательно устраивался на новом месте. На Никитской улице чистили «государев двор» и приводили в порядок хоромы. На Ярославлевом дворище «у дворца государского» повесили колокол новый «на четырех столбех на переклади». В селе Королеве и под Хутынским монастырем поставлены были царские конюшни, а в селе Холынь основана государева слобода. Иван IV многократно пировал на дворе у владыки и в Юрьевом монастыре, принимал духовенство у себя, а под конец сделал крупные пожертвования в пользу новгородской церкви. Характерно, что царской милости сподобились не самые знаменитые, ограбленные опричниной монастыри, а небольшая Отеньская пустошь в окрестностях Новгорода. Пустошь получила неслыханно большую сумму — более 2600 рублей.
Одна за другой с политического горизонта исчезли фигуры, несшие наибольшую ответственность за новгородский разгром. Малюта Скуратов неотступно следовал за царем, куда бы тот ни поехал. Он находился в свите царя в Новгороде летом 1572 года. Последним подвигом обер-палача явились казни, проведенные в Новгороде в дни подготовки указа об отмене опричнины. Тогда, записал новгородский летописец, царь православный «многих своих детей боярских метал в Волхову реку с камением, топил».
Ни полная покорность, ни лесть окружающих не могли заглушить страх Грозного перед тайной боярской крамолой. Как человек благочестивый, государь даже готов был видеть в «измене» бояр наказание за грехи. «…По грехам моим учинилось, — писал царь Василию Грязному в 1574 году, — и нам того как утаити, что отца нашего и наши князи и бояре учали нам изменяти…»
В дни опричнины царь через посланника А. Дженкинсона просил королеву Елизавету о предоставлении ему убежища в Англии. В связи с отменой опричнины Иван IV уведомил посла о прекращении переговоров по этому поводу. Однако летом 1574 года тайные переговоры с английским двором были возобновлены. Пригласив к себе английского гонца Д. Сильвестра, Грозный заявил, что желает заключить с королевой специальный договор, который бы определял условия его приема и проживания в Англии. Самодержец требовал утверждения договора королевским советом.
Отменив опричнину, самодержец распустил опричную гвардию, место которой занял так называемый «двор». Малюта помог царю избавиться от опричных руководителей, забравших в свои руки слишком большую власть. Его влияние на дела было исключительным, но вскоре после отмены опричнины Скуратов погиб в Ливонии. Казни надолго прекратились. Видное место в первом послеопричном правительстве заняли представители фамилий, пострадавших от опричного террора. К числу их принадлежали В. И. Умной-Колычев и князь Б. Д. Тулупов. Объявив изменниками учредителей опричнины, самодержец приблизил ко двору лиц, пострадавших от них.
Грозный не доверял Москве и хлопотал о том, чтобы устроить себе резиденцию в Новгороде. Послушные воле самодержца, многие руководители «двора» поспешили расстаться со своими поместьями в московских уездах и получили от казны огромные новгородские поместья. Архиепископ использовал шанс, чтобы установить особые отношения с руководителями «двора», ставшими крупными новгородскими помещиками. Леонид не мог представить, какие последствия для него будут иметь связи с «двором».
На долю первого послеопричного правительства выпала трудная задача умиротворить и успокоить страну, потрясенную погромами и террором. Но оно не успело выполнить свою задачу и распалось под влиянием внутренних разногласий. Верх одержали Нагой, Бельский и Годуновы, настоявшие на возвращении к опричным методам управления страной. В. И. Умного и Б. Д. Тулупова обвинили в государственной измене и передали в руки палача. Семья Тулуповых была издавна связана с Софийским домом в Новгороде. Князь Андрей Тулупов служил главным боярином у новгородского архиепископа Пимена и погиб вместе с ним. Уцелевшие члены семьи Тулуповых сложили головы в августе 1575 года. Княжеский род Тулуповых- Стародубских был искоренен. Вместе с Умным погиб видный дворянин А. Старого-Милюков, ранее возглавлявший опричную администрацию Новгорода.
Попытка царя противопоставить Новгород Москве не привела к успеху. Противостояние между столицей и ее давним соперником приобрело новую форму и вновь закончилось не в пользу Новгорода. Розыски об измене Умного, Тулупова, Милюкова положили начало второму «новгородскому делу». Подозрения в измене пали на архиепископа Леонида.
Источники противоречат друг другу, коль скоро речь идет о времени суда над Леонидом. Курбский считал, будто архиепископ (имени которого он не знал) подвергся казни «аки по двух летех» после назначения в Новгород, иначе говоря, в 1573 году. Поздний новгородский летописец также утверждал, будто Леонид «бысть на владычестве два года». Приведенные известия лишены достоверности. Самым надежным источником следует признать «Краткий владычный летописец», который составлялся в новгородском Софийском доме и фиксировал продолжительность правления архиепископов в днях и месяцах. Этот источник сообщает, что Леонид пробыл на владычестве 4 года без полутора месяцев: с 6 декабря 1571-го (7080-го) до кончины 20 октября 1575 (7084) года. Ту же дату гибели Леонида (7084) называет и соловецкий летописец.
Существуют две версии гибели архиепископа. Согласно одной, он был казнен, согласно другой — умер в заточении.
По сведениям англичанина Джерома Горсея, суд, послушный воле монарха, приговорил владыку к смертной казни. Но затем сам царь помиловал архиепископа и заменил смертную казнь вечным заточением. Опального заковали в цепи и держали в погребе на хлебе и воде. Леонид в заточении прожил недолго.
Трагический конец архиепископа породил множество слухов и легенд. Псковский летописец записал слухи, будто царь «опалился» на Леонида «и взя к Москве и сан на нем оборвал и медведно ошив, собаками затравил». Но более достоверный источник — «Краткий владычный летописец» — умалчивает о казни Леонида и по существу подтверждает версию Горсея. В нем записано, что архиепископ «взят был к Москве в государевой царской опале, да тамо и преставися».
По свидетельству Д. Горсея, архиепископа Леонида оговорил дворовый медик Бомелей. Архиепископу предъявили обвинения в том, что он вместе с Бомелеем посылал шифрованные письма, написанные по латыни и по-гречески, королю Польши и королю Швеции, причем сношения осуществлялись тремя путями. Архиепископ якобы чеканил деньги и пересылал их вместе с другими сокровищами королям Польши и Швеции. Кроме того, Леонида обвинили в преступлениях против морали, мужеложстве, скотоложстве и других грехах. Начиная с июля 1572-го и до 1576 года в Польше продолжалось бескоролевье, прерванное на несколько месяцев в 1574 году. Один этот факт ставит под сомнение версию о тайной переписке Леонида с польским королем. Однако некоторые историки склонны доверять версии о заговоре.
Архиепископ Леонид подвергся опале не один, а вместе с другими видными деятелями церкви. Будучи в эмиграции, князь А. М. Курбский слышал, будто царь велел убить новгородского архиепископа «со двема опаты, сиречь игумены великими, або архимандриты». По крайней мере три летописи упоминают о казни заодно с Леонидом чудовского архимандрита. Наконец, можно сослаться еще на один источник — «Краткий синодик государевых опальных», который называет разом обоих «опатов» — сообщников Леонида. В синодике записаны одно за другим имена «архиепископа Леонида, архимандрита Евфимия, архимандрита Иосифа Симоновской…»
Признак, объединявший трех названных лиц в одну группу, очевиден. В составе священного собора не было святителей, которые стояли бы столь близко к опричному, а затем к «дворовому» руководству.
