Справщик Федор Поликарпов объявил, что присутствовал при споре между Тверитиновым и графом Мусиным-Пушкиным: «Нача убо граф обличати Димитрия чином диалектическим и аргументами; но Димитрий отречеся, сказуя себя тоя науки несведуща, и потом отвещеваше на всякое предложение нерегулярно, но яко не ведая писания, ни силы божия, опираясь токмо на письмо нагое, яко же древле и ныне иудеи, к ним же речеся: письмо убивает, а дух живит. И от правые убо страны рать не без огня Илиины ревности яже по бозе и по восточной церкви бяше; от левые же тихотинная вода изливаше глаголы потопные, языком льстивым и ласкательным, но словесы ненавистными, обаче не сильными и чинными, по мужицкими неправильно».
Подали донос на Тверитинова теща его, купчиха, шурья, из которых один был ученик лекарских дел, другой монах Пафнутий, написавший против зятя-еретика книгу «
Вследствие этих доносов дело началось снова и тянулось долго. Стефан был обвинен в неисполнении царского указа, был вызван в Петербург, и здесь дело о Тверитинове рассматривалось в Сенате. По свидетельству одного современного известия, в первое заседание «начали говорить немирно и нечинно, но рвением и укоризнами митрополита всячески поносили с великим и бесчинным криком»: обвиняли его в злобе, гордости, клевете, укоряли за проповедь о фискалах; говорили, что он накупил на Тверитинова и товарищей его ложных свидетелей. Стефан говорил своим противникам: «Вы не тех дел судьи; вам надлежит судить тех, кого мы пришлем к вам, в гражданский суд, уже осудивши духовно». Только Апраксин и Меншиков заступались за Яворского. Говорят, что Петр, узнавши о ходе дела, писал сенаторам, чтоб «суд вели правильнее, следовало бы настоящее, им порученное дело и посторонних дел и речей не привносили, чтобы крику не было, а было бы все благочинно». 14 мая назначили произвести очные ставки между обвиненными и свидетелями. Приехал и Яворский, но сенаторы сказали ему, что ему при очных ставках быть не следует. Стефан не соглашался уехать; наконец после долгих перебранок вышел из заседания и отправил письмо к государю: «По твоему, великого государя, указу велено мне в св. четыредесятницу присутствовать в судебной избе при деле, которое зачалось с новоявленными еретиками; и я в то время хаживал беспрепятно во всю седмицу крестопоклонную, и никто же мене тогда не изгонял; а ныне, мая в 14 день, по прежнему указу пришел я в судебную избу для слушания и решения того же дела, и меня превосходительные господа сенаторы с великим моим стыдом и жалем изгнали вон, и я, плачущ исходя из палаты судебной, говорил: бойтеся бога, для чего не по правде судите? Сего же речения моего сия суть вины: а) книги, Дмитрием Тверитиновым писанные, и лист на развращение народа от него же писан и раздаван в народ, яве его показуют быти еретика. То все на суде уничижено или на какое время оставлено, и вида тому не показано, б) Велят давать очные ставки ответчикам с свидетельми, а в прошлом 205 (1697) именным царским повелением писана статья: велено во всяких делах допрашивать свидетелей и верить свидетелям трем, и двум, и одному, буде не бывало какой ссоры и вражды между ответчиком и свидетелем, а ныне на оных раскольщиков многое число священного и монашеского и мирского чина знатных персон, свидетельствуя их неистовство, письменно обличают: и тем свидетелям и явному обличению не поверено, а для чего, тому вида не показано, а надлежало против всякого свидетельства раскольщиков допрашивать, а они ни против одного не допрашиваны. в) Неции от раскольщиков винились в Преображенском, и прочих товарищей своих, и учителя своего, Дмитрия Тверитинова, выдали, а пред Сенатом всего того заперлись, и то мимо пущено и в пременных речах не разыскивано».
Удивительно, что в этом доношении митрополит не упомянул о происшествии, случившемся еще 5 октября 1714 года. Один из еретиков, Фома Иванов, был отдан под начал в Чудов монастырь, и велено его в оковах приводить в церковь во время службы; 5 октября, после заутрени, Фома вынул косарь, принесенный им тайно из кельи, и перерубил по лицу образ св. Алексия митрополита «в церкви Благовещения, за железною решеткою стоящий по человечеству резной на серебре»; монахи и лампадчики едва успели схватить его и удержать. Приведенный в Духовный патриарший приказ, Фома сказал: отец его был посадский человек и жил в Твери; он, Фома, учился грамоте у попа; 22 года тому назад приехал в Москву, жил в разных домах, нанимался работать, на исповеди не бывал, в церкви хаживал и молился истинному богу, а иконам не поклонялся; в прошлом 1713 году велено сыскать его в Преображенский приказ, где расспрашиван об иконоборстве, послан был в Петербург, оттуда — в Чудов монастырь и порубил образ для того, что икон, креста и мощей не почитает и не поклоняется, ибо иконы и крест — дела рук человеческих, а мощи его, Фому, не милуют; призывания святых и молитвы за умерших не приемлет, в евхаристии не верует быти истинному телу и крови Христовой, но просвира и вино церковное просто, и в книгах Ветхого и Нового завета не нашел ничего этого. Ни у кого не учился, до всего дошел сам, других не учил и не знает, кто бы с ним одинаково думал; подал покаяние, чтоб получить свободу, а если б получил свободу, творил бы прежнее; лекарь Тверитинов ему брат двоюродный.
Дело протянулось весь 1715 год. 22 февраля 1716 года царь дал указ Сенату: «По делу Дмитрия Тверитинова, разыскав, и оное конечно вершить, и которые по тому делу приносят или принесут вины свои, тех разослать к архиереям в служение при их домах, и чтоб имели за ними крепкий присмотр, дабы непоколебимы были в вере, а которые не принесут вин, казнить смертию». Не принес покаяния один Фома Иванов и был казнен.
Только что кончилось дело о Тверитинове с товарищами, как началось другое — о еретиках, между которыми главную роль играла женщина. В мае месяце 1717 года была захвачена жена ходока приказа Земских дел Ивана Зимы, Настасья, со многими другими людьми обоего пола. В Патриаршем духовном приказе Настасья объявила, что она дочь беглого дьячка, выучена грамоте, года с четыре в церковь не ходит, не исповедуется и не причащается, потому что купила она на Печатном дворе книги и читала их себе и другим людям, которые к ней приходили и теперь взяты вместе с нею в ее доме; в этих книгах не написано, что иконам кланяться, хлеб и вино почитать и верить; она эти книги в доме своем читала и толковала, они ее слушали и по тем книгам так же делали, а приходили к ней в дом в воскресные дни в обедню; иконам и кресту она, Настасья, не кланяется и за святыню их не почитает, потому что это дело рук человеческих, а молится она и других учит молиться богу духом и истиною; креста на себе не носит, крестного знамения на себе не полагает и иным людям креститься не велит, церкви и предания учителей церковных не слушает; а муж ее, Иван, в церковь ходит, и отца духовного имеет, и ее, Настасью, от того унимает, и она его не слушает; молитву Иисусову говорит она так: «Господи Иисусе Христе, сыне божий, помилуй мя, грешную!» — а не читает молитвы: «Господи Иисусе Христе, боже наш!»
Взятый вместе с Настасьею портной Алексей объявил, что однажды на дороге встретился с ним священник из Устюжны, который говорил ему, что надобно бога познавать из евангелия и кланяться ему духом и истиною, а не телом, и прибавил: «От других попов ты этого не услышишь!» Пришедши по своему ремеслу в дом Зимы и заставши его жену за чтением евангелия, он, Алексей, познакомился с нею и стал ее слушателем. Золоту, серебру и дереву поклоняться бог не велел; отца духовного он, Алексей, не имеет, потому что нам отец духовный — царь небесный; в причащении питается хлебом и вином тело, а душе корысти нет, душа причащается словом божиим. Товарищи Алексея объявили, что они прихаживали к Настасье для слушания и поучения св. писанию, потому что Настасья умеет грамоте и учительна от божественного писания; сходились к ней по слухам, что есть жонка, читает евангелие; Иван Зима объявил, что держит такое же учение, какое и жена его, никто его тому не учил, похотел так делать волею своею.