В соответствии с ними 28 июля с 10 часов объявлялось прекращение огня на всей территории Таджикистана. Предусматривалось освобождение заложников, снятие вооруженных постов с шоссейных дорог и освобождение занятых зданий и объектов, расформирование вооруженных групп, сдача оружия и т. п. Соглашение вступило в силу 27-го, однако его выполнение сразу вызвало серьезные сомнения. Непосредственно после подписания военный лидер кулябцев С. Сафаров заявил, что до того, как незаконное, по его мнению, правительство уйдет в отставку, его люди оружия не сдадут. Аналогично поступил и Ш. Юсуф, указавший на то, что все иностранные вооруженные формирования, включая и пограничные войска, должны немедленно покинуть территорию республики.
В тот же день, 27 июля, возобновились боевые действия в Куйбышевском районе Курган-Тюбинской области. В печати была развернута кампания с целью дискредитации частей 201-й мсд, выступавших в качестве разъединительных сил. По сведениям Кулябского облисполкома, число беженцев в результате столкновений в июне — июле составило 132 тысячи человек. Несмотря на утверждения правительства о возвращении узбекского населения в места проживания, поток автомашин с беженцами из южных районов Таджикистана не иссякал.
В течение 9—11 августа Президиум Верховного Совета Таджикистана попытался собрать парламентариев на сессию, где среди прочего предполагалось принять закон, ограничивающий власть президента Набиева. Сессию удалось открыть лишь днем 11 августа, а уже 12-го депутат Дустиев предложил устранить институт президента в республике.
24 августа исламскими боевиками Р. Нуруллобековым и Д. Махмудовым был убит генеральный прокурор Таджикистана Нурулла Хувайдуллоев. Убийство вызвало бурную реакцию общественности. В кишлаке Пангаз Аштского района Ленинабадской области, на родине погибшего прокурора, и в г. Кулябе прошли массовые митинги, на которых резко осуждалось правительство национального примирения. В Пангазе были закрыты практически все мечети, сожжено мусульманское имущество и прекращена деятельность духовенства.
Криминализация ситуации нарастала и в Душанбе. Около 15 часов 31 августа группа молодых людей из организации «Молодежь города Душанбе» вместе с беженцами из Курган-Тюбинской и Кулябской областей, блокировала выходы из президентского дворца и потребовала встречи с президентом. Последний, предупрежденный КНБ, успел укрыться в расположении 201-й мсд. Не найдя президента, захватившие резиденцию стали брать заложников. К вечеру 1 сентября в резиденции находились 32 заложника из числа выходцев из Ленинабадской и Кулябской областей. Прозвучали требования известить народ об отставке президента.
В связи с этими событиями в Ленинабадской области было объявлено о создании Национальной гвардии численностью в 2 тысячи человек, на нужды которой собрали 24 млн рублей.
2 сентября все члены кабинета министров подписали заявление с требованием отставки президента. Из Ленинабадской области было доставлено письмо от областных депутатов с согласием присоединиться к тем, кто выражает недоверие президенту. Эти события послужили началом агонии власти Набиева, потерявшего поддержку ленинабадских кланов, которые в целях сохранения своих позиций готовы были произвести смену политических фигур. К 20 часам члены кабинета подписали совместное заявление о недоверии президенту. Было принято решение 4 сентября в 14 часов открыть сессию Верховного Совета. Аппарат президента через постпредство Таджикистана в Москве распространил заявление, в котором обвинил исламистов в обострении обстановки и попытке расчленения республики.
В Курган-Тюбе, чуть более недели находившемся в руках кулябцев, начался новый виток войны. В этот день перед зданием облисполкома собрались сторонники президента. Во время выступления С. Сафарова вооруженные отряды Исламской и Демократической партий взяли митингующих в кольцо и открыли огонь. Одновременно при поддержке бронетехники им удалось захватить ключевые места в городе, снайперы заняли позиции на крышах высоких зданий. В городе началась резня, в том числе и в поселке Ургут (окраинный городской квартал), где жили узбеки — выходцы из-под Самарканда. Тысячи людей хлынули под защиту 191-го мотострелкового полка в прилегающий к нему поселок им Ломоносова.
3 сентября аппарат президента распространил комментарий, где исламистов обвинили в попытке государственного переворота и указывалось, что их цель — «блокировать любые связи с Россией и республиками СНГ». Лидер ДПТ Ш. Юсуф впервые отмежевался от действий исламистов. К 7 сентября беженцы из поселка Ломоносова были на машинах вывезены в Куляб. В это же время в Курган-Тюбе исламисты объявили призыв в «полк национальной самообороны» численностью в 1380 человек. Призыв осуществлялся по военным билетам, по штату стрелкового полка. Военкоматами в полк были переданы свыше 1000 автоматов.
Сообщалось о практически полном разрушении инфраструктуры Вахшской долины, отсутствии власти, сотнях трупов на дорогах, невиданной жестокости, проявляемой обеими сторонами. В боевых действиях в рядах исламистов участвовали наемники из России, Прибалтики, с Кавказа, отряды афганцев, а также инструкторы-арабы. Утверждения официального Душанбе, что русских не трогают, абсолютно не соответствовали действительности. Характер действий в эти дни свидетельствовал, что боевые операции со стороны кулябцев, пытавшихся перекрыть пути подвоза подкреплений и боеприпасов исламистам, разрабатывались военными специалистами.
Развернулась антирусская кампания, в ходе которой все жертвы обеих воюющих сторон стали списывать на русскоязычное население. Открыто распространялись фальшивки, в том числе и видеоматериалы. За голову генерала М. Ашурова — нового командира 201-й мсд — была объявлена награда в 5 млн рублей.
7 сентября в 14.00 президент Набиев тайно направился в аэропорт, чтобы вылететь в Ходжент. Однако там он был опознан и блокирован толпой, состоявшей в основном из криминальных элементов. Через некоторое время к аэропорту прибыли 4 танка, 1 БТР и 1 БМП 201-й мтд, а также 4 БТРа МВД Таджикистана, окружившие аэропорт. Их целью было не допустить физической расправы над президентом. Примерно в 16.30, после встречи с членами Президиума Верховного Совета Таджикистана, президент подписал заявление об отставке.
Этим событием завершился период наивысших политических успехов оппозиции (Исламской, Демократической партий и «Растохез»). К этому времени, из-за экстремистской позиции руководства Демократической партии, она потеряла большинство своих последователей на Юге, от нее существенно дистанцировались северяне; движение «Растохез» практически сошло на нет. Главной силой стала Исламская партия.
В последующие дни продолжались боевые действия, а также случаи перехода границы с оружием. На границу начало прибывать пополнение из Узбекистана, Казахстана и России. К 15 сентября в поселке им. Ломоносова на окраине Курган-Тюбе, прикрывавшемся 191-м мсп, вновь скопилось до 16 тысяч беженцев. Отмечалось, что боевые действия постепенно приобретали все более внеполитический характер. Были зафиксированы случаи кровной мести. С обеих сторон в боевых действиях принимали участие наемники, а также значительное количество уголовных элементов, выпущенных из тюрем Куляба и Курган-Тюбе. К последней декаде сентября боевые действия неуклонно смещались в район Нурекской ГЭС, охраняемой подразделениями 201-й мсд, откуда кулябцы, прорываясь через перевал Чормазак на правобережье Вахша по шоссе Куляб — Душанбе, пытались развивать наступление на столицу. Руководил этими действиями С. Сафаров В Курган-Тюбе во главе кулябских отрядов стоял Л. Лангариев.
21 сентября на закрытом заседании Президиума Верховного Совета и кабинета министров были оглашены новые требования кулябцев, в том числе созыва очередной сессии парламента в Ходженте с целью дать оценку обстоятельствам отставки Р. Набиева, восстановления его в должности, создания третейского суда для выяснения отношений между Кулябской и Курган-Тюбинской областями, включения представителей всех регионов Таджикистана в состав республиканской делегации на совещание глав правительств СНГ в Бишкеке, отстранения от занимаемых должностей в Правительстве национального примирения лиц, выдвинутых в свое время оппозицией (зам премьер-министра Д. Усмона, председателя Гостелерадио М. Миррахимова, зам. председателя КНБ Д. Аминова, главы мусульман А. Турад-жонзоды). Среди требований кулябцев было и прекращение передач по радио призыва на молитву.
Сессия Ленинабадского облсовета осудила находившегося в Ходженте Набиева, который в отношениях с Россией продолжал вести себя как президент. Это послужило своеобразным шагом для сближения позиций официальных органов (правительства и парламента) и привело к попытке Ходжента
