договориться с Душанбе, а также открыло пути выдвижения на высокие должности ходжентцев. Последовал указ исполняющего обязанности главы государства, председателя Верховного Совета А. Искандарова о назначении и.о. премьер-министра Абдумалика Абдуллоджанова.
25 сентября было совершено нападение исламистов на поселок Ломоносова, где сосредоточились большие группы беженцев. Исламисты проникли в населенный пункт и, оттеснив офицеров 191-го мсп, устроили резню.
27 сентября Курган-Тюбе был захвачен кулябцами под командованием Л. Лангариева. В Душанбе продолжался уголовный беспредел, грабились склады, угонялись автомобили. Власти оказались не в состоянии контролировать ситуацию. К октябрю 1992 года потери с обеих сторон составили 15–20 тысяч убитыми и несколько десятков тысяч ранеными (преимущественно мирных жителей), сотни тысяч жителей стали беженцами. С юга уехало практически все население — выходцы и переселенцы 1920—1960-х годов из Узбекистана и Северного Таджикистана. Из республики выехали около 90 тысяч так называемых русскоязычных жителей. Промышленность была практически парализована, а сельское хозяйство разрушено.
Эти события имели следствием ряд существенных изменений в социально-психологической обстановке. «Демократы» и «Растохез», блокировавшиеся с Исламской партией, потеряли свой авторитет в народе и практически распались. Был дискредитирован и Тураджонзода, на которого общественное мнение возложило всю ответственность за события Казият (Таджикистанское отделение Среднеазиатского духовного управления мусульман) лишился значительной части приверженцев, деятельность духовенства в ряде мест фактически прекратилась. Национальное самосознание отошло на второй план, будучи вытеснено региональным самосознанием. Существенно сплотились памирские народности.
В этой обстановке высшие эшелоны государственной власти организовали и провели в Ходженте так называемую примирительную сессию Верховного Совета Таджикистана, предлогом для созыва которой стали и требования прекращения кровопролития, и предложение о формировании нового правительства. На деле эта передышка была использована договорившимися, между собой ходжентскими и кулябскими кланами для формирования и вооружения (с помощью Узбекистана, России и частично Киргизии) сил так называемого «Народного фронта», основной боевой контингент которого составили узбеки, как таджикистанские, так и из соседней республики, а также таджики-кулябцы. Выбранный на сессии состав правительства отразил и новую расстановку сил, и тот факт, что к власти пришли мафиозные структуры.
Сразу же по окончании сессии разразились бои за взятие столицы, и 10 декабря силы «Народного фронта» вошли в Душанбе. Начался террор против памирцев и каратегинцев. Политика нового таджикского руководства в первые месяцы после прихода к власти была направлена на ее укрепление и подавление любой оппозиции. В январе — феврале 1993 года были арестованы практически все деятели оппозиционных партий и движений на севере республики — в Ленинабадской области, в том числе и занимавшие умеренные позиции.
На юге республики постепенно активизировались выступления проправительственных сил против отрядов оппозиции. Основные боевые действия переместились в Каратегин и Дарваз. В этих операциях активно участвовала узбекистанская авиация.
В первой половине февраля активные действия велись в Ромитском ущелье, где было сбито два самолета. На пост министра обороны Таджикистана был назначен полковник Александр Шишлянников, до этого служивший в Министерстве обороны Узбекистана, а ранее — в частях 40-й армии в Афганистане. Его заместителем стал также русский старший офицер. С момента захвата Душанбе в декабре 1992 года и по февраль 1993 года в столице Таджикистана от рук боевиков «Народного фронта» погибло несколько сот выходцев из горных районов, среди них ученые, инженеры, студенты, сотрудники милиции и КНБ, должностные лица.
22 февраля группа боевиков «Народного фронта» в числе 119 человек на вертолетах вылетела в Гарм — столицу Каратегина, где была полностью уничтожена оппозиционерами, после чего Гарм покинули жители. Продолжались этнические чистки и в Гиссаре, где в приграничных с Узбекистаном селах вырезалось население: на участке Лахути — 73 человека (в том числе 20 детей), на участке Пахтакор — 40, Пахтакори- поен — 35, участке Чапаева — 35, в поселке Пахтаабад — 170, поселке Ленинград — 28, кишлаке Ширкент — 15, в г. Турсунзаде — около 130 человек.
29 марта в Курган-Тюбе были убиты С. Сафаров и известный полевой командир, лидер узбеков- локайцев Ф. Саидов. Распространялись слухи об ответственности за это исламистов, но и высказывалось мнение, что они были уничтожены своими, поскольку выполнили возлагавшиеся на них функции и по ряду причин стали ненужными. Со 2 апреля началось проникновение боевых групп с территории Афганистана, где в восьми лагерях сосредоточились свыше 100 тысяч беженцев. Бои с некоторыми отрядами носили ожесточенный характер.
Первое нападение было совершено отрядом муллы Абдурахима, уроженца Куляба и давнего соперника официального главы областного управления мусульман Хайдара Шарифова. Против нападавших была применена авиация. Стало также известно о тайной поездке по приграничным районам Давлята Усмона. 5 апреля на территории Хорогского погранотряда были похищены 10 российских пограничников, которых, однако, через несколько дней освободили.
К апрелю 1993 года Таджикистан покинули около 300 тысяч из 388 тысяч славян, проживавших в республике до начала гражданской войны. В конце апреля через границу прорвался новый крупный отряд оппозиции, а отряд Абдурахима занял значительную часть Шуробадского района Кулябской области. Существенно ухудшилась экономическая ситуация в Таджикистане. Ленинабадская область заключила прямое (без посредничества центрального правительства) соглашение с Ташкентской областью Узбекистана, предусматривавшее в том числе и поставки в Ходжент продовольствия. Природные катаклизмы на юге (ливневые дожди с 29 апреля по 10 мая) привели к катастрофическим последствиям, окончательно подорвав сельское хозяйство и разрушив хозяйственную и жилую инфраструктуру.
Постепенно активизировались отряды оппозиции в горных районах. В конце июня в течение нескольких дней продолжались ожесточенные бои в районе г. Рогуна к северо-востоку от Душанбе. В этих боях принимала участие бронетехника 201-й мсд, а правительственным силам противостоял отряд полевого командира Ризвона. 24 июня в сторону Рогуна двинулась колонна из более чем 40 танков и БМП, два из которых были подбиты на второй день столкновения.
В ночь с 12 на 13 июля отряд боевиков численностью более 200 человек прорвался на территорию Таджикистана в районе 12-й заставы. В результате ожесточенного боя погибли 24 пограничника, а также несколько военнослужащих 201-й мсд и сотрудников КНБ Таджикистана. Непосредственное руководство боевиками осуществлял полевой командир афганских моджахедов Хамидулло. В операции участвовали и боевики Ш. Юсуфа. Группами боевиков были заняты приграничные селения, в том числе кишлак Вори.
Обострились боевые действия в районе Тавильдары, где правительственным войскам противостоял отряд Абдулгафура. Дорога из Душанбе в долину Каратегина была блокирована отрядами Нозима и Исмата. Оппозиционные силы контролировали также Рогун и Обигарм.
Война в Таджикистане продолжалась. Не прекращались прорывы через границу оппозиционных групп. Начиная с конца июля активизировалась деятельность правительственных сил на Памирском направлении, преимущественно в районе Тавильдары вдоль шоссе, ведущего через перевал Хабуработ в Хорог, что мотивировалось необходимостью подвоза продуктов в Бадахшан. Одновременно продолжалось практически непрерывное давление на российских пограничников со стороны отрядов оппозиции с территории Афганистана — преимущественно в районах 7-й, 10-й, 11-й и 12-й застав. Один из отрядов оппозиции численностью около 400 человек занял плацдарм шириной до восьми километров и глубиной девять.
В боях за перевал Хабуработ, обороняемый отрядом обороны Горного Бадахшана, в конце июля — начале августа были подбиты 7 танков и 4 БТР правительственных войск.
1 августа в совхозе «Варзоб» Ленинского р-на были обнаружены трупы 14 боевиков «Народного фронта» Таджикистана. Боевики стали жертвами акта мести со стороны бойцов оппозиции, которые вели партизанскую войну в окрестностях Душанбе. 3 августа правительственными войсками была предпринята массированная атака на силы бадахшанцев и отряды оппозиции, в которой участвовали 22 вертолета и 16 самолетов. В результате бомбежек были разгромлены села Сайдо, Кулумбои-боло, Кулумбои-поен, Кур и Даштиджум, т. е. селения Припамирья по берегу Пянджа. Погибло около 60 мирных жителей, в основном