Бишкекское соглашение положило конец острой фазе конфликта.
Итогом военного противостояния стала победа армянской стороны. Несмотря на численное преимущество, превосходство в боевой технике и живой силе, при несравнимо больших ресурсах Азербайджан потерпел поражение.
Боевые потери армянской стороны составили 5856 человек убитыми, из них 3291 — граждане непризнанной НКР, остальные — граждане Республики Армения и немногочисленные добровольцы армянской диаспоры.
За время войны между Азербайджаном и непризнанной НКР, в результате бомбежек и обстрелов азербайджанской армией гражданского населения Нагорного Карабаха, погибли 1264 мирных жителей (из них более 500 женщин и детей). Без вести пропало 596 человек (179 женщин и детей). Всего с 1988 по 1994 год в Азербайджане и непризнанной НКР было убито более 2000 гражданских лиц армянской национальности.
Следует сказать об использованном сторонами оружии. Обе стороны использовали вооружение со складов Советской Армии, от стрелкового до танков, вертолетов, реактивных самолетов и систем залпового огня. После развала СССР Армения и Азербайджан пополнили свои арсеналы не только захваченным и угнанным из разваливающейся Советской Армии вооружением, но и официально переданным обеим странам.
В начале 1992 года Азербайджану досталась эскадрилья Ми-24 (14 вертолетов) и эскадрилья Ми-8 (9 вертолетов) на аэродроме Сангачалы, а Армении — эскадрилья из 13 Ми-24, входившая в состав 7-го Гвардейского вертолетного полка, базировавшаяся под Ереваном.
За четыре первых месяца 1992 года азербайджанцы захватили у 4-й общевойсковой армии 14 танков, 96 БМП, более 40 БТР и БРДМ, 4 реактивные установки БМ-21 «Град», и это вооружение сразу же по формировании экипажей и расчетов появлялось на фронте, создав серьезное превосходство в огневой мощи. Армянам тоже достались определенные трофеи, но переправить боевую технику в Карабах было невозможно.
8 апреля 1992 года азербайджанская авиация получила свой первый боевой самолет — штурмовик Су-25, который был угнан старшим лейтенантом Вагифом Бахтияр-оглы Курбановым с аэродрома Ситал-Чай, где базировался 80-й отдельный штурмовой авиаполк. Пилот подготовил штурмовик к полету и перелетел на гражданский аэродром Евлах, откуда через месяц (8 мая) начал регулярно бомбить Степанакерт и близлежащие села. От этих воздушных налетов страдал жилой сектор и мирное население, в то время как армянские подразделения потерь практически не несли. Такое применение боевых самолетов было характерно на протяжении всей войны и, вероятно, имело главной целью не столько сломить моральный дух и боевой потенциал сил обороны Карабаха, сколько заставить армянское население покинуть Карабах. Эту же, так и не выполненную задачу имела азербайджанская ствольная и реактивная артиллерия, непрерывно наносившая удары по гражданским объектам.
В мае 1992 года началась официальная передача вооружения 4-й общевойсковой армии Азербайджану. Согласно директиве Министерства обороны России от 22 июня 1992 года, Азербайджану было передано: 237 танков, 325 боевых бронированных машин, 204 БМП и БТР, 170 артустановок, включая установки «Град». В свою очередь, Армения к 1 июня 1992 получила 54 танка, 40 БМП и БТР, а также 50 орудий.
Захват Лачинского коридора позволил перебрасывать эту технику в Карабах, где до этого у армян имелось лишь несколько боевых машин, захваченных у 366-го полка и азербайджанского ОМОНа, а также пара самодельных броневиков.
Первоначально азербайджанской авиации противостояла весьма слабая ПВО армян, насчитывавшая 6 зениток ЗУ-23-2, 4 самоходных ЗСУ-23-4 «Шилка», 4 57-мм зенитки С-60 и несколько десятков устаревших ПЗРК «Стрела-2М». Позже прибыли восемь 57-мм зениток С-60, а у азербайджанцев была захвачена ЗУ-23-2 на «Урале» и одна ЗСУ-23-4 «Шилка». Эти маловысотные средства не могли эффективно противостоять налетам самолетов противника, и азербайджанская авиация практически ежедневно наносила удары по Степанакерту. Потери среди населения были весьма значительными. С августа 1992 года азербайджанские самолеты стали сбрасывать и РБК-250 и РБК-500 (разовый бомбовый контейнер) с осколочными суббоеприпасами (известными как «шариковые бомбы»).
В 1994 году было отмечено появление боевых самолетов и у Армении. Известно, что 4 Су-25 были переданы Россией в рамках военного сотрудничества СНГ.
Потери азербайджанской стороны составили более 25 тысяч человек убитыми, в том числе военнослужащих Национальной армии Азербайджана, внутренних войск, бойцов ОМОН, территориальных батальонов, боевиков из различных организаций, а также иностранных наемников.
Армянские формирования подбили более 400 единиц бронетехники (31 % из имеющихся у Республики Азербайджан на тот период времени), в том числе 186 танков (49 %), сбили 20 военных самолетов (37 %), более 20 боевых вертолетов Национальной армии Азербайджана (более половины вертолетного парка ВС Республики Азербайджан). Большую часть подбитой техники (как азербайджанской, так и армянской) Армия обороны НКР захватила, позже отремонтировала и вернула в строй.
О жестокости и масштабе войны говорят также следующие цифры: с 21 ноября 1991 по май 1994 года только на Степанакерт азербайджанской армией было выпущено свыше 21 тысячи снарядов РСЗО «Град», 2700 ракет «Алазань», более 2 тысяч артснарядов, 180 шариковых бомб, 150 полутонных авиабомб (в том числе 8 вакуумных). На территории непризнанной НКР азербайджанской армией было установлено более 100 тысяч противотанковых и еще большее количество противопехотных мин.
В итоге под контроль армянских формирований перешла территория 7 районов бывшей Азербайджанской ССР — Кельбаджарского, Лачинского, Кубатлинского, Джабраильского, Зангеланского — полностью и Агдамского и Физулинского — частично. Общая площадь этих территорий — 7060 кв. км, что составляет 8,15 % территории бывшей Азербайджанской ССР. Под контролем Национальной армии Азербайджана находится 750 кв. км территории непризнанной НКР — Шаумяновский (630 кв км) и небольшие части Мартунинского и Мардакертского районов, что составляет 14,85 % общей площади НКР. Кроме того, под контроль Азербайджана перешла часть территории Республики Армения — Арцвашенский анклав.
Беженцами стали 390 тысяч армян (360 тысяч армян из Азербайджана и 30 тысяч из НКР). Кроме того, в результате блокады и войны Республику Армения покинули более 635 тысяч человек.
Соглашение о прекращении огня действует до сих пор. В настоящее время Нагорный Карабах является фактически независимым государством, именующим себя Нагорно-Карабахской Республикой. Он поддерживает тесные связи с Республикой Армения и использует ее национальную валюту — драм. Армянские власти постоянно подвергаются давлению со стороны внутренних сил, призывающих к аннексии Нагорного Карабаха. Армянское руководство, однако, не идет на это, опасаясь реакции Азербайджана и международного сообщества, которое по-прежнему считает Нагорный Карабах частью Азербайджана. Политическая жизнь Армении и Нагорного Карабаха настолько тесно взаимосвязаны, что бывший президент Нагорно-Карабахской Республики Роберт Кочарян в 1997 году возглавил правительство Армении, а с 1998 по апрель 2008 года был ее президентом.
На мирных переговорах карабахских армян формально представляет ереванское руководство, поскольку Азербайджан отказывается признать их в качестве одной из «сторон конфликта», что не перестает вызывать недовольство в самом Карабахе.
В настоящее время переговорный процесс застопорился, так как Армения и Азербайджан в равной степени проявляют неуступчивость, а Нагорный Карабах исключен из переговорного процесса. Азербайджан полагает, что принадлежность ему Карабаха признана международным правом и вне обсуждений, и требует в качестве предварительного условия для обсуждения статуса Карабаха возвращения всех оккупированных районов «зоны безопасности». Армянская сторона указывает, что не может пойти на такой шаг без гарантий безопасности для НКР, и требует предварительного признания Азербайджаном независимого статуса НКР. Армения, кроме того, считает, что, поскольку НКР провозгласила свою независимость одновременно с приобретением независимости Азербайджаном, она никогда не являлась частью суверенного Азербайджанского государства и обе страны следует в одинаковой степени рассматривать как государства- правопреемники бывшего СССР.
Представители Армении, Азербайджана, Франции, России и США встречались в Париже и Ки-Уэсте (Флорида) весной 2001 года. Детали переговоров не разглашались, но сообщалось, что стороны обсуждали
