ресурсный экземпляры Бе-103 (заводские № 3002 и 3004, соответственно).
В середине августа самолёт перелетел из Таганрога в г. Жуковский. Планировалось его участие в авиасалоне МАКС-97. Но 18 августа 1997 г., за день до открытия салона, при выполнении тренировочного полёта первый опытный Бе-103 разбился, лётчик-испытатель Владимир Ульянов погиб. Причиной катастрофы стало сваливание самолёта при непреднамеренном выходе на закритические углы атаки.
Это стало тяжёлым ударом для ТАНТК и КнААПО, но тем не менее, работы по программе было решено продолжать. Что бы не срывать график проведения испытаний машина № 3004 из ресурсного экземпляра стала лётным. Одновременно в Комсомольске-на-Амуре начато строительство ещё трёх машин, одной — для сертификационных испытаний (№ 3102), для эксплуатационных испытаний и для демонстрационных полётов (№ 3102) и ещё одной (№ 3101) для замены на ресурсных испытаниях Бе-103 № 3004.
Построенный второй лётный экземпляр Бе-103 (заводской № 3002, RA-03002) Ил-76 перевёз в Таганрог, где 17 ноября 1997 г. лётчик-испытатель В.П. Дубенский поднял его в воздух с земли и продолжил полёты по программе испытаний. Всего в 1997 г. второй Бе-103 выполнил 13 полётов.
В следующем году испытания продолжились б апреля, выполнением полёта с заводского аэродрома. 9 апреля начался морской этап испытаний, самолёт пилотировал В.П. Дубенский. Целью первого этапа мореходных испытаний было определение поведения самолёта на режимах плавания, руления, при циркуляциях, выходе на режим глиссирования вплоть до взлёта, а также характеристик брызгообразования, нагрузок на конструкцию планера и сравнение результатов лётных испытаний с расчётными. Гидрометеоусловия — от штилевых до волнения с высотой ветровой волны 0,35 м и высотой зыби до 0,17 м. Взлётный и посадочный вес максимальный.
13 и 15 апреля состоялись пробежки с выходом на редан, на скоростях вплоть до взлётных. По оценке лётчика, самолёт хорошо слушался руля направления во всем диапазоне скоростей, продольная устойчивость в норме.
Утром 24 апреля после выполнения пробежки на предвзлётной скорости, в 9.32 по московскому времени, В.П. Дубенский впервые поднял Бе-103 в воздух с воды. Через 12 минут амфибия села и порулила на гидроспуск, где присутствующие принялись качать вылезшего из кабины лётчика-испытателя.
После тщательного осмотра самолёта для определения состояния силового набора лодки и плоскостей самолёта, полёты с воды продолжились 30 апреля. 7 мая свой первый вылет на Бе-103 совершил лётчик- испытатель Г.Г. Калюжный. В конце июня В.П. Дубенский перегнал Бе-103 из Таганрога в Геленджик, где самолёт принял участие во Второй международной выставке по гидроавиации «Геленджик-98» проходившей с 1 по 5 июля 1998 г.
Хотя на «Геленджике-98» самолёт и не был новинкой, состоялась первая публичная демонстрация амфибии, так сказать «во всей красе», в своей родной стихии. Теперь посетители выставки могли наблюдать за полётами Бе-103 с воды.
После возвращения с выставки испытания были продолжены, а в перерыве между ними амфибию продемонстрировали официальной израильской делегации (во главе с послом государства Израиль) посетившей ТАНТК 28 июля 1998 г. Стоит отметить, что перед гостями Бе-103 летала с воды, а высота ветровой волны в тот день достигала 0,4 м.
Зимой 1999 г. для подготовки к первому полету третьего лётного экземпляра Бе-103 (заводской № 3004, RA-30004) в Комсомольск-на-Амуре выехала бригада специалистов ТАНТК, которую возглавил главный конструктор Бе-103 В.Ф. Пономарёв. Третью Бе-103 поднял в воздух с аэродрома КнААПО, 19 февраля 1999 г., В.П. Дубенский. Полёт продолжался 20 минут. Дальнейшие испытания самолёта продолжил заводской лётчик-испытатель А.В. Пуленко.
Весной Бе-103 (№ 3002) начали готовить к участию в Международном салоне лёгкомоторной и спортивной авиации «AER0-99» проходящим в немецком Фридрихсхафене. 15–18 апреля 1999 г. Бе-103 совершил перелёт по маршруту Таганрог-Воронеж-Брянск-Гомель-Брест- Вроцлов-Прага-Фридрихсхафен. Управлял самолётом В.П. Дубенский. После окончания выставки, во время которой самолёт успел сделать два тренировочных и всего один демонстрационный полёт, тем не менее, вызвав большой интерес специалистов и широкой публики, амфибия перелетела на аэродром Вальмюле вблизи немецкого города Штраубинг, в котором располагается фирма MT-Propeller — изготовитель винтов установленных на самолёте. Планировалось, что самолёт совершит ряд полётов по снятию вибрационных и прочностных характеристик винтов, после чего вернется в Таганрог. Поэтому пришедшее 29 апреля из Германии известие о катастрофе Бе-103 при взлёте и гибели В.П. Дубенского стало настоящим шоком. Причиной трагедии стала попытка пилота поднять самолёт в воздух, установив слишком низкую мощность силовой установки. Неправильная установка мощности была, вероятно, связана с ошибочными действиями пилота для поддержания постоянных оборотов воздушного винта. Велика вероятность того, что лётчик не понял объяснений немецких специалистов во всех подробностях, так как он отказался от услуг переводчика.
Как и в 1997 г., продолжение работ по самолёту опять стало под вопросом. Ещё раз, взвесив все «за» и «против» руководители ТАНТК и КнААПО Г.С. Панатов и В.И. Меркулов решили программу Бе-103 не закрывать. Обязанности главного конструктора Бе-103 вместо В.Ф. Пономарева стал исполнять заместитель Генерального конструктора ТАНТК Н.А. Лавро.
Хотя потеря двух первых лётных экземпляров существенно задержала ход выполнения программы, уже 6 июня транспортный Ил-76 доставил из Комсомольска-на-Амуре третью лётную Бе-103 (№ 3004). Её пилотом стал лётчик-испытатель Г.Г. Калюжный. Кроме того, была выпущена техдокументация на доработку самолёта (усиления планера, установка предкрылков).
Лётные испытания возобновились полётом с аэродрома 29 сентября (самолёт ещё не был доработан). Полёты прекратились в декабре, когда обе Бе-103 (ещё одну амфибию № 3103 в «выставочной» белой окраске привезли на Ил-7б с завода 9 октября) поставили в цех на выполнения доработок. Одновременно аналогично дорабатывался экземпляр для статических испытаний № 3003, а в Комсомольске-на-Амуре достраивался Бе-103 № 3102 (его доставили самолётом в Таганрог 27 ноября 2000 г.).
Доработанный Бе-103 № 3004 облетал 14 апреля 2000 г. Г.Г. Калюжный, после чего возобновились тренировочные полёты и полёты по программе предварительных испытаний, как с суши, так и с воды. Перед облётом, 11 апреля, по решению Генерального конструктора, машину № 3004 освятил священник, отец Виктор Левченко. С 24 апреля в испытаниях самолёта стал участвовать ещё один лётчик- испытатель ТАНТК — К.В. Бабич, позже к нему присоединились Н.Н. Охотников и В.Л. Фортушнов. В общей сложности, к началу мая 2000 г., по программе лётных испытаний Бе- 103 выполнено около 200 полётов.
10 августа 2000 г. Г.Г. Калюжный поднял в воздух сначала с аэродрома, а затем и с воды четвертую
