Спустя час после этой атаки еще одна пара МБР-2 засекла продолжавшие отходить на север вражеские корабли, но нанести по ним удар не смогла из-за испортившейся погоды. Другой паре обнаружить противника уже не удалось, но, возвращаясь с боевого задания, авиаторы заметили шлюпку с людьми, спасшимися, вероятно, с РТ-67. Ведущий к-н Г.С.Жа- ров решил приводниться и оказать им помощь, однако при посадке машина наскочила на плававший обломок бревна, получила пробоину и затонула. Экипажу самолета самому пришлось спасаться на резиновой шлюпке, которую позднее подобрал подошедший бот. Кроме того, в тот день МБР-2 вылетали в бухту Гавриловскую для спасения экипажей потопленных кораблей и выбросившегося на берег траулера РТ-32, также входившего в состав разгромленного конвоя.
Следующее столкновение самолетов 118-го полка с немецкими эсминцами произошло 22-24 июля, когда 6-я флотилия проводила очередную набеговую операцию. На сей раз эсминцы были обнаружены сразу после выхода в рейд, в 95 милях к северу от Семи Островов. Пара МБР-2 атаковала их, сбросив восемь ФАБ-100. Немцы поставили дымовую завесу и начали маневрировать, поэтому атака успеха не имела. Не смогли воздушные разведчики и правильно определить курс вражеской группы, которая ушла из-под наблюдения и 24 июля потопила в районе о. Харлов гидрографическое судно «Меридиан». Против эсминцев были брошены самолеты нескольких авиачастей флота, которые совершили 28 вылетов. 16 экипажей (8 МБР-2, 7 СБ, 1 Пе-2) смогли атаковать противника, но удары наносились со значительных высот (летающие лодки – до 2000 м, бомбардировщики – до 4000 м) и причинили кораблям лишь небольшие повреждения, хотя, как часто бывало в таких случаях, по возвращении летчики доложили о потоплении одного эсминца. И все же, действия авиации заставили командира немецкой флотилии отказаться от продолжения похода и вернуться на базу. С советской стороны без потерь не обошлось. В полном составе погиб экипаж командира звена 2-й эскадрильи ст. л-та В.В.Забродина. Еще один МБР-2 из-за поломки мотора совершил вынужденную посадку в 2-3 милях севернее Териберки. Экипаж спасся на резиновой шлюпке и на следующий день прибыл в часть. Самолет через сутки нашли и отбуксировали в губу Грязная.
После неудачной охоты за немецкими кораблями летающие лодки вернулись к своей обычной боевой работе. Летать им приходилось без истребительного прикрытия, и только малочисленность немецкой авиации в Заполярье позволяла тихоходным «амбарчикам>> избегать больших потерь. Чем грозила встреча с «Мессершмиттами», хорошо видно на примере звена МБР-2, которое вело разведку над Баренцевым морем 27 августа и наткнулось на патруль Bf 109. В последовавшем недолгом бою все три гидросамолета были сбиты. Погибли два экипажа. Поэтому закономерно, что уже с октября МБР-2 перешли к боевым вылетам в темное время суток. Как только позволяла погода, они проводили беспокоящие бомбардировки войск противника непосредственно на линии фронта. Этим дело не ограничилось, и в ночь с 5 на 6 декабря летающие лодки атаковали суда в порту Лиинахамари. Прямым попаданием был поврежден пароход «Antje Fritzen» (4330 брт), погибли трое и получили ранения пятеро моряков.
МБР-2 оказался в то время практически единственным самолетом, который в советской морской авиации использовался для противолодочной обороны. Поэтому 49-я эскадрилья, вошедшая в состав Беломорской военной флотилии (БВФ), вместе со звеном МБР-2 из 118-го ОРАП, базировавшегося на Иоканьгской военно-морской базе в бухте Гремыха, стали вести поиск подводных лодок в Белом море и на подходах к нему. 4 сентября пара МБР-2 из 49-й эскадрильи (экипажи л-тов Ю.Х.Грязнова и П.П.Марьянкова) обнаружила к западу от мыса Канин Нос немецкую субмарину в надводном положении. Самолеты пошли в атаку и сбросили бомбы по лодке, которая начала срочное погружение. На поверхности моря образовалось масляное пятно. Пополнив запасы топлива и боекомплект, «амбарчики» отбомбились по нему еще раз. Под удар попала U-752, у которой оказались повреждены топливные цистерны, но она вернулась на базу. Хотя немцы и не понесли потерь в субмаринах, противолодочное патрулирование заставило их несколько снизить активность на подходах к Белому морю. «Главный противолодочный калибр» – глубинные бомбы ПЛАБ-100, гидросамолетам довелось применить не только по чужим, но и по своим. 7 октября 1941 г. пара МБР- 2 по ошибке атаковала подводную лодку С-101, совершавшую переход из Беломорска в Полярный.
МБР-2 использовались для противолодочного прикрытия союзных конвоев, следовавших в советские порты. С 6 по 13 июля 1942 г. МБР-2 вели разведку и поиск транспортов печально знаменитого конвоя PQ- 17. Летающие лодки активно действовали при проводке самого большого конвоя PQ-18. 10 сентября 1942 г. пара МБР-2 атаковала совместно со сторожевым кораблем «Гроза» субмарину, застигнутую в надводном положении. После атаки на поверхности появились воздушные пузыри и пятна солярки. 16 сентября два гидросамолета сбросили 4 бомбы на лодку, обнаруженную в 45 милях к западу от губы Белушья.
Летом 1942 г. немецкие подоодки активизировались у Новой Земли, а «карманный линкор» «Адмирал Шеер» прорвался в Карское море, что заставило командование СФ сформировать Новоземельскую военно- морскую базу и 3-ю авиагруппу, основу которой составили 17 МБР-2. Кроме того, в состав Беломорской флотилии ввели 22-й разведывательный полк, переброшенный с Каспия, располагавший 32 «амбарчи- ками». К 5 сентября 9 МБР-2 перелетели на Новую Землю, откуда начали постоянные разведывательные полеты в Карском море, где раньше летали только летчики полярной авиации. Однако широкого применения в Заполярье МБР-2 не нашли, прежде всего, из-за недостаточной дальности полета.
В 1943 г. начался количественный и качественный рост авиации флота. Но, несмотря на появление новой техники, «амбарчики» продолжали весьма интенсивно использоваться – полярные ночи полностью принадлежали им. В ночь с 24 на 25 января в норвежском порту Киркенес прозвучал сигнал воздушной тревоги. Это очередной «визит вежливости» нанесли МБР-2 из 118-го ОРАП. 12 летающих лодок совершили тогда 22 вылета, сбросив 40 ФАБ-100 и 200 осколочных АО-2,5. Прямых попаданий в суда не было, но одна бомба разорвалась вблизи стоявшего на рейде в ожидании разгрузки парохода «Rotenfels» (7854 брт). От близкого разрыва воспламенилось сено, которое вместе с другими грузами находилось на борту. Несмотря на принятые меры (а на «Rotenfels» срочно перебросили норвежскую пожарную команду и 200 советских военнопленных, которым приказали выбросить опасный груз в море), пожар потушить не удалось. Немцам, скрепя сердце, пришлось затопить судно. Хотя его вскоре подняли, было потеряно 4000 т грузов, а сам пароход надолго встал в ремонт. Этот успех скромных «амбарчиков» оказался самой крупной победой всей советской морской авиации в том году.
В 1943-44 гг. накал борьбы на полярных коммуникациях все усиливался. Немецкие подводные лодки стали активно применять знаменитую тактику «волчьих стай». «U-боты» получили на вооружение новейшие акустические и маневрирующие торпеды, по опыту действий в Атлантике усилилось их зенитное вооружение. Теперь «волки» Деница вполне могли отбиться от слабовооруженного МБР-2. Эффективным противолодочным самолетом МБР-2 так и не стал. Прежде всего, из-за отсутствия радиолокационной станции, которая в годы войны прочно вошла в набор средств самолетов ПЛО других стран. Тем не менее, они продолжали активно использоваться в противолодочных целях, например, в 1943 г. из 130 боевых