Начиная со второй половины 1930-х гг., МП-1, а затем и МП-1 бис стали поступать в управления гражданской авиации на Севере, в Сибири и на Дальнем Востоке – в места, где не хватало аэродромов, зато изобилующие реками и озерами. Благодаря МП-1, начали действовать воздушные линии по реке Лене из Иркутска до бухты Тикси и по Енисею из Красноярска до Дудинки. Летающие лодки возили пассажиров из Хабаровска в Николаевск-на-Амуре и на Сахалин, работали на почтово-пассажирских линиях Мурманск- Ленинград, Мурманск-Архангельск, Ленинград-Петро- заводск. Работали они и на Юге, обслуживая линии Одесса-Сухуми-Батуми и Одесса-Ялта. Помимо пассажиров, МП-1 возили почту и самые различные грузы – от пушнины и золота до прессованного сена. Иногда дело доходило до курьезов. Однажды один ретивый хозяйственник поинтересовался, можно ли на гидросамолете перевезти лошадей. На что ему, не без юмора, ответили, что это возможно, но только лошади должны быть в разобранном виде.
Широко использовала МП-1 Полярная авиация и авиационные подразделения различных организаций и наркоматов. Так, в августе 1935 г. командир авиаотряда Акционерного камчатского общества (АКО) И.М.Макаров перегнал из Владивостока в Петропавловск-Камчатский полученный МП-1. Использовались бериевские летающие лодки также для аэрофотосъемок, ледовой и рыбной разведки, изыскательских работ на БАМе, в Дальстрое, при строительстве Комсомольска-на-Амуре.
На июнь 1941 г. только в ГВФ числилось 55 бериевских летающих лодок. Поскольку с началом Великой Отечественной войны советская авиапромышленность практически прекратила постройку гидросамолетов, то вплоть до начала поставок американских «Каталин» парк МП-1 и МП- 1бис был основным источником восполнения потерь гидроавиации ВМФ. Заложенная при проектировании высокая степень унификации МП-1 и МБР-2 позволяла быстро переоборудовать гражданские машины в боевые. За всю войну флот получил с заводов всего около 50 новых гидросамолетов, а от других ведомств – 141, в основном, мобилизованных МП-1.
После окончания второй мировой войны МП-1 еще некоторое время эксплуатировались в ГВФ, пока их не вытеснили переданные из Вооруженных Сил «Каталины».
На специально подготовленном МП- 1бис было установлено шесть женских мировых рекордов. Сначала 22 мая 1937 г. летчица ПД.Осипенко установила рекорд высоты полета. Спортивные комиссары зарегистрировали 8864 м, что на три с лишним тысячи метров превышало прежнее достижение. 25 мая в двух полетах она установила рекорды высоты с грузом 500 и 1000 кг.
Отважная летчица не остановилась на этих достижениях. Вместе с М.М.Расковой и В.ФЛомако она подала рапорт на имя наркома обороны КЕ.Ворошилова с просьбой разрешить выполнение перелета на МП-1 бис из Севастополя в Архангельск. Нарком не возражал при условии, что конструктор самолета подтвердит техническую возможность его осуществления. Бериев, к которому обратились летчицы, после проведенных расчетов максимальной дальности при допустимой перегрузке на взлете дал «добро». Сразу же в Таганроге началась подготовка к перелету, в которой участвовали работники ЦКБ МС и завода №31 – рабочие, инженеры, летчики. Сам знаменитый перелет состоялся 2 июля 1938 г. Вылетев ранним утром из Севастополя, женский экипаж прошел по маршруту до Киева и дальше на Новгород и Архангельск (озеро Холмовское). Расстояние в 2416 км удалось преодолеть за 10 ч 33 мин со средней скоростью 228 км/ч, установив новый мировой рекорд для женщин в классе гидросамолетов.
В строевые части МБР-2 начали поступать в 1934 г., заменяя Дорнье «Валь», МБР-4 и S-62bis в отдельных отрядах и эскадрильях, эксплуатировавших разведчики морской авиации ВВС РККА. Лидировали в освоении новой летающей лодки балтийские и черноморские авиаторы. Например, МБР-2 появились в 14 -й морской разведывательной авиаэскадрилье, 123-й и 124-й тяжелых эскадрильях, 45-м авиационном отряде Морских сил Черного моря. Начиная с 1935 г., МБР-2 в больших количествах начали поступать в Морские силы Дальнего Востока, и уже в начале 1936 г. там числилось 47 таких самолетов. Полностью перевооружение частей Балтийского и Черноморского флотов завершилось в 1937 г., на Тихоокеанском флоте и в Амурской флотилии – на год позже. К 1939 г. МБР-2 получили авиационные подразделения пограничных войск НКВД.
В первую очередь перевооружались разведывательные эскадрильи, а затем отряды и звенья волнового управления, которые одновременно разворачивались в эскадрильи. Так, на Черном море 2-й отдельный отряд бригады торпедных катеров был развернут в 32-ю авиационную эскадрилью волнового управления. Подразделения МБР-2ВУ входили в состав бригад торпедных катеров и постоянно принимали участие в боевой подготовке флота, отрабатывая взаимодействие самолета-водителя и катера, что со временем дало свои результаты. Например, осенью 1937 г. на учениях дивизион балтийских катеров ВУ получил высокую оценку наркома обороны Ворошилова и вошел в число лучших частей флота.
С МБР-2 началась история Военно-воздушных сил самого молодого советского флота – Северного. 17 сентября 1936 г. из Ленинграда в Мурманск отправился эшелон с тремя МБР-2-М-17 из состава 105-й авиабригады Балтфлота. Эти три летающие лодки, объединенные в 7-е отдельное авиационное звено, стали первыми самолетами морской авиации на Севере. Первые полеты там начались только летом следующего года, поскольку гидроаэродром в губе Грязная удалось подготовить лишь в мае 1937 г. 1 сентября того же года, после поступления новой техники и личного состава, 7-е звено преобразовали в 29 -ю отдельную морскую дальнеразведывательную эскадрилью, а в марте 1938 г. – в 45-ю ближнеразведывательную.
МБР-2 поступили также в школу морских летчиков и летнабов в Ейске (позже Военно-морское авиаучилище им. И.В.Сталина) – основную кузницу кадров советской гидроавиации.
К 1937-1938 гг. летающие лодки Бериева стали основными гидросамолетами советской морской авиации. К тому времени МБР-2 были неплохо освоены экипажами строевых частей, получив за свои угловатые формы иронично-ласковое прозвище «амбарчик», а за серебристую окраску возвышенно- романтическое – «морская чайка». Летающие лодки были прочны и надежны, просты и приятны в пилотировании, обладали хорошей мореходностью и не доставляли особых хлопот летчикам. Простая деревянная конструкция позволяла техническому составу проводить ремонт практически любой степени сложности непосредственно в частях. Однако дерево требовало специального ухода. После выкатки МБР-2 на берег лодку следовало тщательно просушить, для чего использовались самые разные способы: насыпанный в чехлы горячий песок, который прикладывался к отсыревшим частям самолета, электролампы, горячий сжатый воздух или бидоны с горячей водой.
Устарел МБР-2 очень быстро. Уже к концу 1930-х гг. командование авиации ВМФ не удовлетворяли его невысокие летные данные, прежде всего, малая скорость, слабое оборонительное вооружение и небольшая бомбовая нагрузка. Кроме того, строящемуся «большому флоту» требовались не ближние, а дальние разведчики. Поэтому на состоявшемся 20 мая 1939 г. заседании Главного военного совета ВМФ было признано необходимым «авиацию РКК ВМФ, наряду с сухопутными типами самолетов, вооружать морскими лодочными гидросамолетами с большой мореходностью и дальностью, способными обеспечить тесное взаимодействие с флотом и непрерывность действия>. Но пока заюд №31 осваивал производство цельнометаллических дальних разведчиков ГСТ (лицензионная PBY-1 «Каталина») и отечественного МДР-6 разработки Четверикова, на вооружение вновь формируемых частей продолжали поступать МБР-2.
